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Ncarz_00360 : CDS information

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Organism
StrainATCC 15944
Entry nameNeocarzinostatin
Contig
Start / Stop / Direction62,458 / 61,472 / - [in whole cluster]
62,458 / 61,472 / - [in contig]
Locationcomplement(61472..62458) [in whole cluster]
complement(61472..62458) [in contig]
TypeCDS
Length987 bp (328 aa)
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Category5.3 uncharacterized protein (biosynthesis involved)
Producthypothetical protein
Product (GenBank)unknown
GenencsE3
unbL
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • enediyne core
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[15797213] The neocarzinostatin biosynthetic gene cluster from Streptomyces carzinostaticus ATCC 15944 involving two iterative type I polyketide synthases. (Chem Biol. , 2005)
[12536216] A genomics-guided approach for discovering and expressing cryptic metabolic pathways. (Nat Biotechnol. , 2003)
comment
[PMID:15797213]
Neocarzinostatin(NCS)生合成遺伝子クラスターの報告。

ncsE3: unknown protein

ncsE-ncsE11とncsF1-ncsF2が、NCS enediyne core biosynthesisに関与するとしている。
このORFについて機能解析されていない。


[PMID:12536216]
warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)はactinomyceteにおいて全てのenediyne生合成遺伝子座で保存されているが、機能は未知のままである。enediyne warheadのformation, stabilization, or transport に関与しているのではないかと推測している。

このclusterでもwarhead cassetteはNcarz_00320-Ncarz_00360で保存されている。
Related Reference
ACC
Q84HJ1
NITE
Dynm_00150
PmId
[18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008)
comment
Micromonospora chersina_dynU15
DynU15

dynemicin生合成遺伝子クラスターの報告

dynE8, orf8, dynU15, dynU14 and orf23の欠損株を作製し、培養液中の産物をHPLCにて検出。orf8はdynemicin Aが検出出来たが、dynE8, dynU15, dynU14，orf23の欠損株はdynemicin Aが検出出来なかった。ただし、orf23の欠損株はdynemicin Aの新規化合物が検出された。dynE8, dynU15, dynU14 はdynemicin Aに必須であることを示した。

dynU15, dynU14, dynT3, dynE8, dynE7は、minimal enediyne cassetteとして知られている遺伝子。
DynU15, dynU14, dynT3はconserved unknown proteins。

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selected fasta
>hypothetical protein [unknown]
MSTAFGALRRRLLTPPISETTMKVRGFHVKNTESKKRLEQVGETFLQGYAFAVEAGSSAE
AEELLETVPRDFRGFAYEGAAMGAVIHDALPGHGGRLAGLLSGRGRYHDYMIHVGIGWAM
ARLPRPLWPDIRTTDPLLRWLALDGFGFHQAYFKTSAYVRDPSPPAPFRWNGGHNHYTAN
AIDQGIGRALWFVGGTDPDTVAGLIRSYSEPRHADLWAGAGLACAYAGGATEQELALFAR
QAGEHRWALAQGAAFAAEARVRAGLVSEHTHLASRVVCGVSVEQASRMCNGLRPSVASRN
ALPAYENWRRDISARLASESTLRKGADQ
selected fasta
>hypothetical protein [unknown]
GTGTCTACTGCATTCGGTGCGCTTCGGCGCCGGCTACTCACACCTCCCATTTCTGAGACG
ACAATGAAGGTGCGCGGATTCCATGTGAAGAACACGGAATCCAAGAAGCGTCTCGAGCAA
GTCGGCGAGACATTTCTTCAGGGGTACGCCTTCGCTGTCGAGGCGGGTTCGTCGGCCGAG
GCCGAGGAACTCCTCGAGACGGTGCCGCGGGATTTCCGTGGCTTCGCCTACGAGGGGGCC
GCCATGGGCGCCGTCATCCATGACGCGCTCCCCGGTCACGGCGGCCGGCTCGCGGGCCTG
CTGTCCGGCCGCGGCCGGTACCACGACTACATGATCCATGTCGGGATCGGCTGGGCGATG
GCTCGGCTGCCGCGTCCCCTGTGGCCGGACATCCGTACCACGGACCCCCTCCTGCGCTGG
CTGGCCCTGGACGGGTTCGGCTTCCACCAGGCGTACTTCAAGACCTCCGCATACGTGCGC
GACCCCTCCCCGCCCGCGCCCTTCCGCTGGAACGGCGGCCACAACCACTACACCGCCAAC
GCCATCGACCAGGGCATAGGGCGGGCGCTGTGGTTCGTCGGCGGCACGGACCCGGACACG
GTCGCCGGGCTCATCCGCTCCTACTCCGAACCCCGTCACGCCGACCTGTGGGCCGGTGCG
GGACTCGCCTGCGCCTACGCCGGGGGAGCCACGGAGCAGGAACTCGCCCTTTTCGCACGG
CAGGCGGGTGAACACCGCTGGGCCCTCGCCCAGGGGGCGGCGTTCGCGGCCGAGGCCCGG
GTAAGGGCCGGGCTCGTGAGCGAGCACACTCACCTGGCTTCCCGTGTCGTATGCGGCGTC
TCCGTCGAACAGGCGTCCCGGATGTGCAACGGCCTCAGGCCCTCCGTTGCCTCCCGGAAT
GCCCTTCCGGCCTATGAGAACTGGCGCAGAGACATTTCTGCCCGACTCGCTTCCGAATCG
ACTCTCCGGAAAGGTGCCGATCAGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR012964 Protein of unknown function DUF1702 (Family)
[1-317] PF08012
PF08012   DUF1702
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Ncarz_00350 Ncarz_00350   Ncarz_00370 Ncarz_00370
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