Ncarz_00430 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces carzinostaticus
Strain	ATCC 15944
Entry name	Neocarzinostatin
Contig	AY117439
Start / Stop / Direction	69,434 / 68,808 / - [in whole cluster] 69,434 / 68,808 / - [in contig]
Location	complement(68808..69434) [in whole cluster] complement(68808..69434) [in contig]
Type	CDS
Length	627 bp (208 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative TetR family transcriptional regulator putative gamma-butyrolactone receptor
Product (GenBank)	butyrolactone receptor
Gene	ncsR2
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q84H96 PmId [15797213] The neocarzinostatin biosynthetic gene cluster from Streptomyces carzinostaticus ATCC 15944 involving two iterative type I polyketide synthases. (Chem Biol. , 2005) comment Neocarzinostatin生合成遺伝子クラスターの報告。 ncsR2: γ-Butyrolactone receptor protein このORFの機能解析はされていない。
Related Reference	ACC Q6L8I2 PmId [15150228] ( , ) comment Kitasatospora setae KsbA_ksbA bafilomycin B1生合成遺伝子。 ksbAをクローニングしたあと、大腸菌で発現させ、Crude extract中にbutyrolactone結合活性があることを調べている。 ksbA を変異させると、生育曲線や形態的には野生株と変化がない。しかし、bafilomycinの合成が野生株よりも18h早く始まり、産生量も多くなる。 ksbAをプラスミドで戻すとbafilomycinの産生が抑えられるので、ksbAはbafilomycinのリプレッサーとして機能していると考えられる。
	ACC Q60011 NITE Virg_00340 PmId [9371444] Butyrolactone autoregulator receptor protein (BarA) as a transcriptional regulator in Streptomyces virginiae. (J Bacteriol. , 1997) comment Streptomyces virginiae Virginiae butanolide receptor_barA virginiamycin生合成遺伝子barAのクローニングと機能解析論文。 barA mutantを作製し、in vivo,in vitroで発現解析など見ている。 BarAはvirginiamycin生合成の初段階で働くprimary transcriptional regulatorであることを示した。 autoregulator であるvirginiae butanolide(VB)が生産されると、VBはBarAに結合しそのDNA結合能を失わせるため、BarAタンパク質は標的遺伝子プロモーター部位から解離し標的遺伝子の転写が開始し、最終的にvirginiamycin生産へとつながる。 S. virginiaeにおいて，autoregulator receptorであるBarAは，負の制御因子として機能していることが明らかとなった。
	ACC C1KEU4 PmId [19465647] ( , ) comment Streptomyces acidiscabies SabR_sabR angucyclinone polyketide WS5995B生合成遺伝子SabRの機能解析 recombinant SabR精製、SabRはsabS上流領域にARE boxを結合出来た。リアルタイムPCRでsabR mutantsにおけるsabSの転写量が野生株の時より多かったことから、sabSの発現はSabRにより抑制された。S. acidiscabies sabRAS genesは、形態形成やWS5995B productionの制御に関与するシグナル経路をエンコードすると推測。

Sequence

>putative TetR family transcriptional regulator [butyrolactone receptor]
MAEPKQERATRTRALILRAAAEVFDESGYSGASISKIMNRAGVTQGGMYFHFKSKKRLAL
AVMSSQQTFIDFPSEGAGLQRVIDLTFHLAHELQTNPLIRASIRLAVEQGEFGVRDDTAY
QDWVALVETYLLEARQRGELLPEVDEHDFAVVLVSAFTGSQLFSSVASARADLPSRIVLL
WRYLLPGLTPPRTRASLRVEPADRTPAT

>putative TetR family transcriptional regulator [butyrolactone receptor]
ATGGCCGAACCGAAGCAGGAACGGGCCACGAGGACACGAGCGTTGATCCTCCGTGCCGCT
GCTGAGGTGTTCGACGAGAGCGGATACAGCGGGGCGAGCATCAGTAAAATCATGAACCGC
GCCGGCGTGACCCAGGGGGGCATGTACTTCCACTTCAAGTCGAAGAAGAGGCTGGCCCTG
GCAGTGATGAGCAGTCAGCAGACCTTCATCGACTTCCCCTCAGAAGGTGCCGGTCTGCAG
CGAGTGATCGACCTCACCTTCCACCTCGCTCACGAGCTCCAGACCAACCCCCTGATCCGG
GCCAGCATCCGGCTCGCCGTCGAGCAGGGAGAGTTCGGCGTCCGCGACGACACCGCCTAC
CAGGACTGGGTAGCCCTGGTGGAGACCTACCTGCTGGAGGCGCGCCAGCGGGGCGAACTG
CTCCCGGAGGTGGACGAACACGACTTCGCCGTCGTTCTCGTCAGCGCGTTCACCGGTAGC
CAGCTGTTCTCGAGCGTCGCCAGCGCCCGTGCGGATCTGCCCAGCAGGATCGTCCTGCTG
TGGCGTTATCTGCTGCCTGGCCTCACGCCCCCTCGGACGAGGGCCTCCCTGCGGGTCGAG
CCGGCGGACAGGACCCCGGCCACATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001647 DNA-binding HTH domain, TetR-type (Domain) PS50977 HTH_TETR_2 PR00455 HTHTETR PF00440 TetR_N IPR009057 Homeodomain-like (Domain) SSF46689 Homeodomain_like IPR011075 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-related, C-terminal (Domain) SSF48498 TetR_like_C IPR015893 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-like, C-terminal (Domain) G3DSA:1.10.357.10 TetR_C IPR023772 DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site (Conserved_site) PS01081 HTH_TETR_1
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Ncarz_00420 Ncarz_00440