Ncarz_00440 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces carzinostaticus
Strain	ATCC 15944
Entry name	Neocarzinostatin
Contig	AY117439
Start / Stop / Direction	69,554 / 70,507 / + [in whole cluster] 69,554 / 70,507 / + [in contig]
Location	69554..70507 [in whole cluster] 69554..70507 [in contig]
Type	CDS
Length	954 bp (317 aa)

Annotation

Category	4.6 biosynthesis of butyrolactone
Product	putative gamma-butyrolactone biosynthesis enzyme putative regulatory protein
Product (GenBank)	transcriptional regulator
Gene	ncsR1
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q84H95 PmId [15797213] The neocarzinostatin biosynthetic gene cluster from Streptomyces carzinostaticus ATCC 15944 involving two iterative type I polyketide synthases. (Chem Biol. , 2005) comment Neocarzinostatin生合成遺伝子クラスターの報告。 ncsR1: γ-Butyrolactone biosynthesis enzyme ncsR1欠損株はneocarzinostatin産生ができないことから、neocarzinostatin生合成に必須だとしている。
Related Reference	ACC O24738 NITE Virg_00330 PmId [10792718] Identification of an AfsA homologue (BarX) from Streptomyces virginiae as a pleiotropic regulator controlling autoregulator biosynthesis, virginiamycin biosynthesis and virginiamycin M1 resistance. (Mol Microbiol. , 2000) [19778967] Null mutation analysis of an afsA-family gene, barX, that is involved in biosynthesis of the {gamma}-butyrolactone autoregulator in Streptomyces virginiae. (Microbiology. , 2010) comment Streptomyces virginiae BarX_barX [PMID:10792718] virginamycin生合成遺伝子barXの機能解析。 BarX 欠損株は、Virginamycin Mに対してWTよりsensitiveになった。生育や形態的には影響なかったが、Virginamycin M1とVirginamycin Sの生産量は減少した。また、barZ,orf2,varM,orf5の発現は抑制され、barB,varSの発現は抑制解除された。 BarXはBarAのco-repressorとして機能している可能性が示唆され、protein-proteinの相互作用を通じてBarAのDNA-binding活性を行っていると考察。 [PMID:19778967] barXが属するafsA-family gene機能同定論文。 barXはVB生産のためのregulatory pathwayに関与する。 barX null mutant作製により、BarXはvirginiamycin生産を誘発するために必須であるVBの生合成にpositive roleを行うと推測。 AfsAはBarXの機能を相補できたことから、BarXはS.virginiaeのvirginiae butanolide生合成で働く触媒酵素であることが示唆された。
	ACC Q83X19 NITE Lanka_00850* PmId [12791134] The large linear plasmid pSLA2-L of Streptomyces rochei has an unusually condensed gene organization for secondary metabolism. (Mol Microbiol. , 2003) [17526839] gamma-Butyrolactone autoregulator-receptor system involved in lankacidin and lankamycin production and morphological differentiation in Streptomyces rochei. (Microbiology. , 2007) comment Streptomyces rochei Gamma-butyrolactone biosynthesis protein SrrX_srrX [PMID:12791134] Lankamycin_Lankacidin生合成遺伝子。 ORF85の破壊でLM, LC両方とも非産生。 ORF85はS. griseusにおいてA-factorの合成に関与するafsAのhomologue。 A-factor regulatory cascadeおけるすべてのhomologuesがpSLA2-Lに見つかったが、strR-like ORF3の破壊は両産生に影響しない。 --- [PMID: 17526839] srrX(orf85) and srrA(Orf82)がgamma-butyrolactone receptor systemを作ることがgene disruptantsの作製とそれらの表現型の研究で明らかになった。 ssrX mutant: LC, LM(-)、胞子(+) ssrA mutant :LC, LM(+)、胞子(-) plasmidをひとつも持たない株にsrrXを過剰発現し、その株からのethyl acetate extractがsrrX mutantのLC, LM産生を回復する。 srrX mutantに2つめのmutationとしてssrA mutationを導入するとLC, LM産生を回復したので、srrAはgamma-butyrolactone receptor proteinである(S. griseusの検証に倣っている）。 2つめのmutationがssrB(Orf79), ssrC(Orf74)ではLC, LM産生を回復しない。 S. griseus_AfsA(A-factor biosynthetic enzyme)とS. virginiae_BarX(regulatory protein)では報告が異なり矛盾がある。 SrrX proteinなしにgamma-butyrolactone分画の添加によりsrrX mutantで抗生物質産生が回復するので、SrrXはAfsAに似ている。
	ACC P18394 PmId [17277085] ( , ) comment Streptomyces griseus Probable A-factor biosynthesis enzyme_afsA afsAはA-ファクター生合成の鍵酵素をコードすることを示した論文。 AfsAは8- methyl-3-oxononanoyl-acyl carrier proteinからdihydroxyacetone phosphate (DHAP)のヒドロキシル基へbeta-ketoacylをtransferさせ、8-methyl-3-oxononanoyl-DHAP esterを形成させる反応を触媒する。

Sequence

>putative gamma-butyrolactone biosynthesis enzyme [transcriptional regulator]
MLGTDDRPGPVEPALTRTVAKEYVHRAALAEVFLTGWNRTGPDSFLVSAQWPRSHSFYSS
DRGVHDPLLLCESLRQCGLLLTHAAFKVPFGYQLSWSSLRYSANPEAMRIGSTPADIEMH
VQCTDVRYRRSLPVAMTMRIEVVLDSALLAVATITFGQHAPAVYRRLRAGRSDAAGLCAN
APTPAAPIPPYVAGRTRQEDVVLSPTEDRLRWRLRVDTNHPVLFDHPVDHVPGMLLLESV
RQAGHAVHPSGGDVMPTLMDVSFNRYVELDEPCWIEAEAMPSPAGSRKATRVNGLQGGRL
AFTAVTQMTDITGSPPC

>putative gamma-butyrolactone biosynthesis enzyme [transcriptional regulator]
ATGCTTGGTACGGACGACCGTCCGGGCCCCGTTGAACCCGCACTGACCAGGACCGTTGCA
AAGGAGTACGTACACAGGGCCGCGCTCGCGGAAGTGTTCTTGACGGGCTGGAACAGGACC
GGCCCCGACTCATTTCTTGTCAGCGCCCAGTGGCCGCGCTCTCACAGCTTCTACAGCTCC
GATCGCGGTGTCCACGACCCGCTGCTTCTGTGTGAAAGCCTACGTCAGTGTGGCCTGTTG
CTGACCCACGCAGCGTTCAAGGTGCCCTTCGGCTACCAGCTCAGCTGGTCCAGCCTGCGG
TACTCGGCCAACCCCGAGGCGATGCGTATCGGCAGCACCCCCGCCGACATCGAAATGCAT
GTACAGTGCACCGATGTTCGGTACCGGCGCTCCCTGCCCGTCGCGATGACCATGCGCATC
GAGGTGGTGCTCGACTCGGCCCTTCTGGCCGTCGCCACCATCACGTTCGGCCAGCACGCC
CCGGCTGTGTACCGCCGTCTCAGAGCCGGACGGTCGGACGCAGCCGGTCTGTGCGCGAAC
GCCCCGACCCCGGCTGCACCCATCCCCCCGTACGTGGCCGGACGCACCAGGCAGGAGGAC
GTAGTCCTGTCGCCCACGGAAGACCGACTGCGCTGGCGGCTGCGGGTCGACACCAACCAC
CCGGTGCTCTTCGACCACCCGGTCGACCATGTTCCGGGCATGCTGCTCCTGGAGTCCGTA
CGGCAAGCAGGCCATGCTGTACATCCGTCCGGCGGCGACGTGATGCCGACGTTGATGGAC
GTGTCGTTCAACCGCTACGTGGAGCTCGACGAACCCTGCTGGATAGAGGCGGAAGCGATG
CCTTCCCCTGCCGGATCACGAAAGGCGACACGTGTCAACGGTCTTCAAGGCGGGAGACTC
GCCTTCACGGCCGTCACTCAAATGACGGACATAACCGGCTCCCCTCCCTGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR005509 A-factor biosynthesis hotdog domain (Domain) PF03756 AfsA
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Ncarz_00430 Ncarz_00450