Niger_00010 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces violaceusniger
Strain	DSM 4137
Entry name	Nigericin
Contig	DQ354110
Start / Stop / Direction	1,232 / 420 / - [in whole cluster] 1,232 / 420 / - [in contig]
Location	complement(420..1232) [in whole cluster] complement(420..1232) [in contig]
Type	CDS
Length	813 bp (270 aa)

Annotation

Category	3.2 modification methylation
Product	putative O-methyltransferase
Product (GenBank)	NigE
Gene
Gene (GenBank)	nigE
EC number	2.1.1.-
Keyword	C-11
Note
Note (GenBank)	O-methyltransferase; ORF1
Reference	ACC Q27W70 PmId [17584617] Insights into polyether biosynthesis from analysis of the nigericin biosynthetic gene cluster in Streptomyces sp. DSM4137. (Chem Biol. , 2007) comment Streptomyces sp. DSM4137におけるNigericin Biosynthetic Gene Clusterに関する文献。 nigE(270 aa): O-methyltransferase nigE自体の機能実験は行われていない模様。相同性より、O-methyltransferaseと予想し、C-11のhydroxy基のO-methylationに関与するとしている。
Related Reference	ACC Q8KI52 PmId [12619684] ( , ) comment Blast id42% Nocardia aerocolonigenes Methyltransferase_rbmM(rebM) indolocarbazole抗生物質であるrebeccamycin生合成クラスターに関する文献。 rebeccamycin生合成クラスターの11個の遺伝子のうち、 9個の遺伝子について各々のmutantを作成し、生成物を調べることによって各遺伝子の機能を調べている。NMRとLCMSの解析結果より、rebM mutantではrebeccamycinは検出されず、4'-O-demethylrebeccamycinが生成されるに留まっていたことから、rebMはglucose部分の4-hydroxy基をメチル化しているとしている。
	ACC Q9X5Q9 PmId [10099135] ( , ) [11439066] ( , ) comment Blast id40% Streptomyces lavendulae_mitM MitM --- [PMID:10099135](1999) Mitomycin C(MC)の生合成クラスターの解析。配列解析により、47遺伝子で構成されるクラスターであることを同定。また、そのうちの22の遺伝子についてmutantを作製し、MC産生の有無を確認。配列解析でmethyltransferaseと推定されるmitMのmutantではMCの産生がされないことから、 MC産生でmethyltransferaseとして機能することが示唆された。 --- [PMID:11439066](2001) 同じグループの続報。 mitM deletion mutantでmitomycin C産生は完全に廃止されたが、9a-demethyl mitomycin Aが分離された。過剰発現したMitMで活性測定。9a-demethyl mitomycin A から aziridine N-methylated product(9-epi-mitomycin B) への変換を確認。さらにmitomycin A, B, Cを基質としてmethyltransferase活性を見たところ、mitomycin Aのみが基質として役立ち、aziridineのNでメチル化されたmitomycin Fを産生した。よってMitMは、C7にmethoxy基のあるmitomycinsを基質として受け入れるが、C7にamino基のあるmitomycinsは受け入れない。 wild株でも産生されるmitomycin AがmitM deletion mutantでは検出されないことから、mitomycin C産生の廃止は9a-demethyl mitomycin A → 9-epi-mitomycin Bへのルートのブロックによると考えられる。
	ACC Q9S0N6 NITE Aver_00030 PmId [9469930] Cloning of the gene encoding avermectin B 5-O-methyltransferase in avermectin-producing Streptomyces avermitilis. (Gene. , 1998) comment Blast id40% Streptomyces avermitilis_aveD C5-O-methyltransferase avermectin B 5-O-methyltransferaseを欠いたmutantからのaveDクローニング。 AveDのThr23-->Ileへの置換は、O-methyltransferase activityの不活化を引き起こす。

Sequence

>putative O-methyltransferase [NigE]
MTSPSAVPPGDTVSDYYSSLGPLLQMAWDDNFHFGYWDGPSDTSSVQEATDRFTDLLIER
LRVGPGDRVLDVGCGIGKPAMRVATSTGADVLGITISELQVKQAAESARLAGLSDRVAFQ
YADAMAMPFEGAAFDAVLAFESINHMDRPTALREMARVLRPGGRLVLTDVTPPSDGSYRP
DGDPGVVTSLTRLEDWPRLVDEAGLVLDELTDVTENTKDTANRMIDGILRCRREFEARHG
VSVQEVLDAAKSALPTVPSAGCAIVVAHKS

>putative O-methyltransferase [NigE]
ATGACATCTCCATCGGCCGTGCCGCCAGGCGACACGGTGTCGGACTACTACAGCTCGCTG
GGACCGCTTCTCCAGATGGCGTGGGACGACAACTTCCACTTCGGCTACTGGGACGGCCCG
TCGGATACCAGTTCGGTCCAGGAGGCCACCGACCGCTTCACGGATCTGCTGATCGAGCGG
CTGCGGGTGGGGCCCGGGGACCGGGTGCTGGATGTCGGATGTGGTATCGGGAAACCGGCG
ATGCGGGTGGCGACCTCCACCGGCGCCGATGTCCTGGGCATCACGATCAGTGAGCTCCAG
GTCAAACAGGCTGCCGAATCCGCCCGGCTGGCCGGGCTGTCCGACCGGGTGGCATTCCAA
TACGCCGACGCCATGGCCATGCCTTTCGAGGGTGCGGCTTTCGACGCCGTACTCGCATTC
GAATCGATCAATCACATGGACCGTCCGACCGCTCTGCGGGAGATGGCCCGTGTGCTGAGG
CCCGGAGGGCGGCTGGTGCTCACCGATGTCACTCCGCCGAGCGACGGCAGTTACCGGCCG
GACGGCGATCCCGGTGTGGTCACCTCGCTGACCCGGCTGGAGGACTGGCCGCGGCTTGTC
GATGAGGCGGGGCTGGTGCTCGACGAGTTGACCGATGTCACCGAGAACACCAAGGACACC
GCCAACCGGATGATCGACGGCATCCTGCGCTGCCGCCGGGAGTTCGAGGCGCGCCACGGG
GTCAGCGTGCAGGAGGTACTGGACGCCGCCAAGTCGGCACTGCCCACCGTGCCCAGCGCC
GGCTGCGCGATCGTGGTGGCCCACAAGTCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR013216 Methyltransferase type 11 (Domain) PF08241 Methyltransf_11
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

first Niger_00020