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Niger_00100 : CDS information

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Organism
StrainDSM 4137
Entry nameNigericin
Contig
Start / Stop / Direction60,043 / 59,705 / - [in whole cluster]
60,043 / 59,705 / - [in contig]
Locationcomplement(59705..60043) [in whole cluster]
complement(59705..60043) [in contig]
TypeCDS
Length339 bp (112 aa)
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Category1.1 PKS
Productpolyketide synthase
Product (GenBank)NigAXI
Gene
Gene (GenBank)nigAXI
EC number
Keyword
  • modification base
Note
  • It is proposed that this module is not involved in the extension of polyketide chain, but provides a base for modification.
Note (GenBank)
  • acyl carrier protein; ORF4
Reference
ACC
PmId
[17584617] Insights into polyether biosynthesis from analysis of the nigericin biosynthetic gene cluster in Streptomyces sp. DSM4137. (Chem Biol. , 2007)
comment
Streptomyces sp. DSM4137におけるNigericin Biosynthetic Gene Clusterに関する文献。

nigAXI(102 aa): polyketide synthase ACP

nigAXI自体の機能実験は行われておらず、monesin biosynthesis (Streptomyces cinnamonensis)のmonACPXとnanchangmycin biosynthesis (Streptomyces nanchangensis)のNanA10との相同性が示されている。上流のnigAXと共に、nigericin, monesin, nanchangmycin biosynthesis gene clusterで共通して存在する。

また、S. cinnamonensis(monensin-overproducing strain A519)のmonACPX不活化変異株が本論文では作成されており、この変異株ではmonensinAとBの生産が他のdemethyl-, dehydroxy-, epi-monensinと比較して1000分の1に低下すること、monACPXの遺伝子をtransで相補するとmonensin生産が回復することが示されている。polyketide chainの伸長には関係せず、triepoxide intermediateのcorrect cyclizationに重要なのではないかと予想している。

また、これら3種類のfull-length linear polyketide chainはmodular PKSより、それぞれのKS activity(NigAX, MonKSX, NanA9)によってtype II ACPに転移され、その間にoxidative cyclizationや他のtailoring reactionが生じるとしている。

close this sectionPKS/NRPS Module

15
ACP31..98

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selected fasta
>polyketide synthase [NigAXI]
MQTEKTETALDGAALHQALAIATAEEREDIMRETVRAQLADILAPTVVEDDSNFLENGLT
SLTALELTRNLMTLTDVEIPLVAILEYPTPAQLGHYLAEAYAAVNSGDGATA
selected fasta
>polyketide synthase [NigAXI]
ATGCAGACGGAGAAGACCGAGACCGCACTCGACGGAGCGGCGCTGCACCAGGCGCTCGCC
ATCGCCACCGCCGAGGAGCGCGAGGACATCATGCGGGAGACCGTACGGGCGCAGCTCGCC
GACATCCTGGCGCCCACCGTGGTGGAGGACGACAGCAACTTCCTGGAGAACGGGCTCACT
TCGCTGACGGCCCTCGAGCTCACCCGCAATCTGATGACGCTCACCGACGTGGAGATCCCG
CTCGTCGCCATCCTGGAGTACCCCACCCCCGCCCAGCTCGGCCACTATCTCGCCGAGGCG
TACGCCGCGGTCAACTCCGGTGACGGTGCCACGGCGTAG
[15] ACP31..98
[15] ACP91..294

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain)
[22-100] 4.3e-14 G3DSA:1.10.1200.10
G3DSA:1.10.1200.10   ACP_like
[24-100] 1.69999922284049e-13 SSF47336
SSF47336   ACP_like
[34-97] 3.5e-10 PF00550
PF00550   PP-binding
[31-98] PS50075
PS50075   ACP_DOMAIN
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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