Nogl_00140 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces nogalater
Strain	ATCC 27451 (=NBRC 13445)
Entry name	Nogalamycin
Contig	AF187532
Start / Stop / Direction	14,684 / 14,217 / - [in whole cluster] 2,047 / 1,580 / - [in contig]
Location	complement(14217..14684) [in whole cluster] complement(1580..2047) [in contig]
Type	CDS
Length	468 bp (155 aa)

Annotation

Category	5.4 hypothetical protein
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	SnoO
Gene
Gene (GenBank)	snoO
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q9RN65 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) comment S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 snoO: Unknown
Related Reference	ACC Q2PA04 NITE Stref_00110 PmId [16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006) comment Blast 6th, id53%, 4e-31 Streptomyces steffisburgensis_stfX Cyclase [DoBISCUIT]hypothetical protein StfXはpolyketideの4番目の環化をすると考えられていたが、stfX不活化mutantでも4th ring cyclizationされたcompound 1を検出。よってこの環化は自発的に発生し、StfXはこの過程を促進するとされている。
	ACC Q9ZAT9 NITE Adria_00050 PmId [9864344] Doxorubicin overproduction in Streptomyces peucetius: cloning and characterization of the dnrU ketoreductase and dnrV genes and the doxA cytochrome P-450 hydroxylase gene. (J Bacteriol. , 1999) [10631513] A two-plasmid system for the glycosylation of polyketide antibiotics: bioconversion of epsilon-rhodomycinone to rhodomycin D. (Chem Biol. , 1999) comment Blast 15th, id50%, 1e-22, N末60aaほど余る Streptomyces peucetius_dpsH(dnmW) Daunorubicin biosynthesis enzyme [DoBISCUIT]hypothetical protein --- [PMID: 9864344](1999) dpsH::aphII mutantは、有意な量のRHOを蓄積したが、daunorubicin (DNR) or doxorubicin (DXR)はしなかった。(TLC and HPLC analysis) このmutantでの相補実験もしたがdpsH geneの役割についての明白な結論に到達できなかった。 dpsHはdaunosamine生合成またはRHOへのdaunosamine付着に関連する可能性あり？ --- [PMID: 10631513](1999) dpsH(dnmW) geneの役割の再評価をしている。 dpsH in-frame mutantは、RHOの蓄積が増える(160-273%)が、DNR(23-34%) and DXR(10-24%)の産生もまだいくらかある。よってdpsHは、anthracycline glycosides RHOD, DNR and DXRの形成において、重要ではあるが絶対的に必要ではない。これを受けてdpsH→dnmWへ改名している。 DiscussionにdnmQ or dnmWどちらかの欠損は厳しくdTDP-daunosamineの形成を減らす、との記述があるがdTDP-daunosamine量を測定している実験の記載はなく由来不明。
	ACC Q53925 NITE Actino_00020 PmId [17227452] Possible involvement of ActVI-ORFA in transcriptional regulation of actVI tailoring-step genes for actinorhodin biosynthesis. (FEMS Microbiol Lett. , 2007) comment Blast 33rd, id39%, 4e-12 Streptomyces coelicolor_ORFA Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase [DoBISCUIT]hypothetical protein actVI-ORFA mutantはactinorhodin産生減少、中間体(S)-DNPAとshunt産物(S)-NHABを蓄積。相補で回復。また、同じmutantでactVI-ORF1発現量が減少。相補で回復。よってActVI-ORFAは、post-PKS tailoring enzymeであるactVI-ORF1の発現を通してactinorhodin産生に影響を与えるregulatory roleを持つ可能性あり。

Sequence

>hypothetical protein [SnoO]
MSVRTDQTAAPEDRAAATDPGFGHLYAQVQQFYARQMQLLDSGAAEEWAATFTEDGTFAR
PSSPEPARGHAELAAGARAAAERLAAEGLSHRHVIGMTAVRREPDGSVFVRSYAQVFATR
RGEAPRLHLICVCEDVLVREGPGLKVRERVVTHDA

>hypothetical protein [SnoO]
ATGTCGGTACGCACCGATCAGACGGCGGCACCGGAAGACCGAGCGGCGGCCACGGATCCC
GGGTTCGGGCACCTGTACGCGCAGGTGCAGCAGTTCTACGCCCGGCAGATGCAGCTCCTC
GACTCCGGCGCGGCCGAGGAGTGGGCCGCCACCTTCACCGAGGACGGCACGTTCGCCCGG
CCCTCCTCGCCGGAACCGGCACGCGGCCACGCCGAACTGGCCGCCGGCGCCCGCGCCGCC
GCCGAACGCCTCGCCGCCGAGGGCCTTTCGCACCGGCACGTCATCGGCATGACCGCGGTA
CGCCGGGAACCCGACGGCAGCGTGTTCGTACGCAGCTACGCCCAGGTCTTCGCCACCCGC
CGCGGGGAAGCTCCCCGGCTGCATCTGATCTGCGTCTGCGAGGACGTGCTCGTGCGGGAG
GGGCCGGGGCTGAAGGTGCGGGAACGGGTTGTCACGCACGACGCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	No significant hit
SignalP	Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

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