Nogl_00180 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces nogalater
Strain	ATCC 27451 (=NBRC 13445)
Entry name	Nogalamycin
Contig	AF187532
Start / Stop / Direction	17,690 / 18,862 / + [in whole cluster] 5,053 / 6,225 / + [in contig]
Location	17690..18862 [in whole cluster] 5053..6225 [in contig]
Type	CDS
Length	1,173 bp (390 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	glycosyltransferase
Product (GenBank)	putative glycosyl transferase
Gene
Gene (GenBank)	snogD
EC number
Keyword	C-1 OH group nogalamine
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q9RN61 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) [22120896] Identification of late-stage glycosylation steps in the biosynthetic pathway of the anthracycline nogalamycin. (Chembiochem. , 2012) [22804797] Crystal structure of the glycosyltransferase SnogD from the biosynthetic pathway of nogalamycin in Streptomyces nogalater. (FEBS J. , 2012) comment [PMID: 11683270](2001) S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 snogD: glycosyltransferase snogDの産物は、iroB, UrdGT1b and urdGT1c, OleG1 and OleG2に似ている。 sno clusterには3つのGTsが同定されている(snogE, D, Z)が配列解析からは基質特定ができなかった。 --- [PMID: 22120896](2012) aglycone生合成とdeoxysugar形成に必要な29ORFsを含むpSnogaoriを異種ホストS. albusに導入。・3',4'-demethoxynogalose-1-hydroxynogalamycinone ・nogalamineがC-C結合ありrhodosamineで置換されたnogalamycin R ・nogalamineがC-C結合なし2-deoxyfucoseで置換されたnogalamycin F がS. albus/pSnogaoriで産生された。 pSnogaoriにはGT候補snogZが含まれないが上記産物を得るので、deoxysugarの付着とC-C結合の形成にsnogZは必要ない。残るGTs(snogEとsnogD)の機能検証のため、各geneをノックアウト。 S. albus/pSno-Delta-gE →　nogalamycinone産生 S. albus/pSno-Delta-gD →　3',4'-demethoxynogalose-1-hydroxynogalamycinone産生 His-tag付きSnogDを用いて基質特異性を確認。正反応での実験はうまくいかなかったので、多くのGTsは逆反応もできることを利用。 SnogD + nogalamycin F + UDP or TDP nucleotides → 3',4'-demethoxynogalose-1-hydroxynogalamycinone への酵素依存形成でSnogDの活性を確認している。 UDP or TDP nucleotidesの存在は活性に必須。さらなるインキュベーションでもnogaloseは除去されない。よってSnogDはaglyconeのC1でのO-glycosylationを特異的に認識する。 --- [PMID: 22804797](2012) recombinant SnogD(apo型とdUDP結合型)の構造解析。 2量体形成。 His25 and His301が、vivoでもvitroでも活性に重要。
Related Reference	ACC C4NCL8 PmId [20418426] Formation and attachment of the deoxysugar moiety and assembly of the gene cluster for caprazamycin biosynthesis. (Appl Environ Microbiol. , 2010) comment Blast 4th, id42%, 2e-65 Streptomyces sp. MK730-62F2_cpz31 Rhamnosyltransferase E.coliで過剰発現、生成し、His-tagしたCpz31が、caprazamycin aglyconesにdTDP-L-rhamnoseを付着させることを確認している。

Sequence

>glycosyltransferase [putative glycosyl transferase]
MRVPGSCRTGGIMRALFITSPGLSHILPTVPLAQALRALGHEVRYATGGDIRAVAEAGLC
AVDVSPGVNYAKLFVPDDTDVTDPMHSEGLGEGFFAEMFARVSAVAVDGALRTARSWRPD
LVVHTPTQGAGPLTAAALQLPCVELPLGPADSEPGLGALIRRAMSKDYERHGVTGEPTGS
VRLTTTPPSVEALLPEDRRSPGAWPMRYVPYNGGAVLPDWLPPAAGRRRIAVTLGSIDAL
SGGIAKLAPLFSEVADVDAEFVLTLGGGDLALLGELPANVRVVEWIPLGALLETCDAIIH
HGGSGTLLTALAAGVPQCVIPHGSYQDTNRDVLTGLGIGFDAEAGSLGAEQCRRLLDDAG
LREAALRVRQEMSEMPPPAETAAKLVALAG

>glycosyltransferase [putative glycosyl transferase]
ATGCGTGTTCCAGGTTCATGTCGAACAGGGGGCATCATGCGTGCGTTGTTCATCACTTCA
CCCGGGCTCAGCCACATCCTGCCGACGGTGCCGCTGGCACAGGCGCTGCGCGCTCTCGGC
CACGAGGTCCGCTACGCCACGGGGGGCGACATCCGCGCCGTCGCGGAGGCCGGGCTGTGC
GCCGTGGACGTGTCGCCCGGCGTGAACTACGCGAAGCTGTTCGTGCCCGACGACACCGAC
GTCACCGACCCGATGCACTCCGAGGGGCTGGGCGAGGGCTTCTTCGCCGAGATGTTCGCC
CGGGTATCGGCGGTGGCCGTCGACGGGGCGCTGCGGACGGCGCGGAGCTGGCGGCCCGAC
CTCGTCGTGCACACTCCGACACAGGGCGCGGGCCCGCTGACGGCGGCAGCGCTGCAACTG
CCGTGCGTAGAGCTGCCGCTGGGTCCCGCGGACAGCGAGCCGGGGCTCGGCGCGCTCATC
CGGCGGGCGATGTCCAAGGACTACGAGCGCCACGGCGTCACCGGCGAGCCGACCGGTTCC
GTGCGGCTGACGACGACACCGCCGAGCGTGGAGGCGCTGCTGCCGGAGGACCGGCGCTCC
CCGGGTGCCTGGCCGATGCGGTACGTCCCCTACAACGGCGGAGCGGTGCTGCCGGACTGG
CTGCCGCCCGCGGCCGGCCGGCGGCGTATCGCGGTGACGCTGGGCTCCATCGACGCGCTG
TCGGGCGGCATCGCCAAGCTGGCCCCGCTGTTCTCCGAAGTGGCGGACGTGGACGCGGAG
TTCGTGCTGACCCTGGGCGGCGGCGACCTGGCCCTGCTCGGTGAACTGCCCGCGAACGTA
CGGGTGGTGGAGTGGATTCCGCTGGGCGCGCTGCTGGAGACGTGCGACGCGATCATCCAT
CACGGGGGCAGCGGCACACTGCTGACGGCCCTGGCCGCCGGCGTCCCGCAGTGCGTCATC
CCGCACGGCTCCTACCAGGACACCAACCGCGATGTGCTGACCGGGCTGGGCATCGGGTTC
GATGCCGAGGCGGGATCGCTGGGTGCCGAGCAGTGCCGACGGCTGCTGGACGACGCGGGG
TTGCGGGAGGCGGCCCTGCGGGTGCGGCAGGAGATGAGCGAGATGCCGCCGCCGGCCGAG
ACGGCCGCCAAGCTCGTGGCGCTGGCCGGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR004276 Glycosyl transferase, family 28 (Domain) PF03033 Glyco_transf_28 IPR010610 Domain of unknown function DUF1205 (Domain) PF06722 DUF1205
SignalP	Eukaryota Bacteria, Gram-positive
TMHMM	No significant hit

Nogl_00170 Nogl_00190