Nogl_00250 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces nogalater
Strain	ATCC 27451 (=NBRC 13445)
Entry name	Nogalamycin
Contig	AF187532
Start / Stop / Direction	25,095 / 25,877 / + [in whole cluster] 12,458 / 13,240 / + [in contig]
Location	25095..25877 [in whole cluster] 12458..13240 [in contig]
Type	CDS
Length	783 bp (260 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase
Product (GenBank)	putative polyketide cyclase
Gene
Gene (GenBank)	snoaM
EC number
Keyword	2nd and 3rd ring
Note	The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
Reference	ACC Q9RN54 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment [PMID: 11683270](2001) S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 snoaM: polyketide cyclase snoaMは、aknW, orf1, dpsY, mtmYなどpolyketide cyclaseと有意な類似性あり。 promoter下にsnoaMを含むplasmid pSYE66は、S.peucetius mutant D2を相補し、D2の特徴的な産物である間違って環化されたanthracycline代謝産物(UWM5)の代わりに、anthracycline glycosidesを産生させることができる。 --- [PMID: 12715874](2003) cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。内在性cyclaseを持つS. lividans TK24株でsnoaMを含んだplasmidを発現すると、10倍のauramycinoneを産生をもたらした。内在性活性による影響のないS. coelicolor CH999では、snoaMを含んだplasmidでのみ、auramycinoneが形成される。
Related Reference	ACC Q9L4U2 NITE Acla_00250 PmId [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 5th, id74%, 1e-106 Streptomyces galilaeus_aknW Putative cyclase 異種性遺伝子発現によるanthracycline生合成での2nd and 3rd ring cyclizationの研究に焦点を合わせた論文。 cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。
Related Reference	ACC O68500 NITE Adria_00160 PmId [9573189] The Streptomyces peucetius dpsY and dnrX genes govern early and late steps of daunorubicin and doxorubicin biosynthesis. (J Bacteriol. , 1998) [10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999) comment Blast 6th, id71%, 1e-102 Streptomyces peucetius_dpsY Polyketide cyclase -- [PMID: 9573189](1998) daunorubicin(DNR),doxorubicin(DXR)生合成に関与。mutantが別の変換体であるUWM5を蓄積することから、合成系初期の12-deoxyaklanonic acid(aklanonic acid)形成反応を触媒すると考えられる。 -- 同じ著者らの続報 [PMID: 10419974](1999) pWHM1011: tcmJ+dpsABCDGEF = UWM5 pWHM1012: tcmJ+dpsABCDGEFY = AA dpsYがないとshunt産物UWM5産生。 dpsYがあるとaklanonic acid(AA)産生。

Sequence

>putative cyclase [putative polyketide cyclase]
MRLIDLSSPVDSSQYEPDPVVHDVLTPRQGAEHMCAEMREHFGVEFSPDELPDGEFLSLD
RITLTTHTGTHVDAPSHYGSRALYGDGVPRHIDQMPLEWFFGRGVVLDLTDAPTGTVSAA
RLEKELARTGCALRPGDIVLLHTGAQRHAGTPRYFTDFAGLDGPAVRMLLDHGVRVIGTD
AFSLDAPFGHIIDRYRATGDRSVLWPAHVVGREREYCQIERLANLDRLPVSFGFRVCCFP
VKVAGAGAGWTRAVALVDED

>putative cyclase [putative polyketide cyclase]
GTGCGGCTCATCGACCTTTCGTCACCGGTGGATTCCTCACAGTACGAGCCCGACCCGGTG
GTGCACGACGTCCTCACGCCCCGGCAGGGCGCGGAACACATGTGCGCGGAGATGCGCGAG
CACTTCGGTGTCGAGTTCTCTCCGGACGAACTGCCGGACGGCGAGTTCCTGTCACTGGAC
AGGATCACGCTGACCACGCACACCGGCACGCACGTCGACGCGCCGTCGCACTATGGTTCG
CGCGCGCTGTACGGGGACGGCGTCCCCCGCCACATCGACCAGATGCCGCTGGAGTGGTTC
TTCGGGCGCGGGGTGGTGCTGGACCTCACCGACGCTCCGACGGGCACCGTGAGCGCCGCG
CGCCTGGAGAAGGAACTGGCCCGGACCGGGTGCGCGTTGCGGCCCGGGGACATCGTGCTG
CTGCACACCGGTGCCCAGCGGCACGCGGGCACCCCGCGCTACTTCACGGACTTCGCCGGT
CTCGACGGGCCCGCGGTACGGATGCTTCTCGACCACGGGGTCCGGGTGATCGGGACCGAT
GCCTTCAGCCTGGACGCGCCCTTCGGCCACATCATCGACCGGTACCGCGCGACCGGCGAC
CGATCGGTGCTGTGGCCCGCGCACGTGGTGGGCCGGGAGCGGGAGTACTGCCAGATCGAG
CGGCTGGCGAACCTCGACCGCCTGCCGGTCTCCTTCGGGTTCCGCGTCTGCTGCTTCCCG
GTCAAGGTCGCCGGCGCCGGCGCCGGGTGGACCCGGGCGGTCGCCCTGGTGGACGAGGAC
TGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR007325 Putative cyclase (Family) PF04199 Cyclase
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Nogl_00240 Nogl_00260