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Nogl_00410 : CDS information

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Organism
StrainATCC 27451 (=NBRC 13445)
Entry nameNogalamycin
Contig
Start / Stop / Direction42,819 / 41,785 / - [in whole cluster]
14,117 / 13,083 / - [in contig]
Locationcomplement(41785..42819) [in whole cluster]
complement(13083..14117) [in contig]
TypeCDS
Length1,035 bp (344 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productdemethoxynogalose C-2' O-methyltransferase
Product (GenBank)SnogY
Gene
Gene (GenBank)snogY
EC number2.1.1.-
Keyword
  • nogalose
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[8668120] A gene cluster involved in nogalamycin biosynthesis from Streptomyces nogalater: sequence analysis and complementation of early-block mutations in the anthracycline pathway. (Mol Gen Genet. , 1996)
[11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001)
[22120896] Identification of late-stage glycosylation steps in the biosynthetic pathway of the anthracycline nogalamycin. (Chembiochem. , 2012)
comment
[PMID: 8668120](1996)
S. nogalaterのanthracycline生合成gene clusterを解析。
11kb領域に11ORFs(snoEDCBA123XYZ)が同定されている。

snoYの推定AA配列は、似ているものなし。

---
[PMID: 11683270](2001)
S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。
nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。

配列比較で、snogY, snogL, snogMがnogalose生合成のために必要なO-methylTFかもしれないと明らかになった。どれがどこのメチル化を担うか、またその順番はわかっていない。

snogYの同定はこの論文ではなく、上記論文を引用している。

---
[PMID: 22120896](2012)
aglycone生合成とdeoxysugar形成に必要な29ORFsを含むpSnogaoriを異種ホストS. albusに導入。
・3',4'-demethoxynogalose-1-hydroxynogalamycinone
・nogalamineがC-C結合ありrhodosamineで置換されたnogalamycin R
・nogalamineがC-C結合なし2-deoxyfucoseで置換されたnogalamycin F
がS. albus/pSnogaoriで産生された。

sno clusterにあるO-methyltransferase候補のうち、pSnogaoriにはsnogYが含まれるが、snogM and snogLは含まれない。
S. albus/pSnogaoriの産物はどれもnogalose部分のC2'にmethoxy基を含むので、SnogYがC2'でのO-methylationを担う。

提唱経路schemeでは、aglyconeに付着されてからメチル化を受けるとされている。
Related Reference
ACC
Q83WF2
PmId
[19415708] Functional analysis of MycE and MycF, two O-methyltransferases involved in the biosynthesis of mycinamicin macrolide antibiotics. (Chembiochem. , 2009)
comment
Blast 6th, id47%, 3e-83
Micromonospora griseorubida_mycE
Methyltransferase

mycinamicin生合成における2つのO-methyltransferase、MycE と MycFの機能を解析している。
mycE, mycFそれぞれの遺伝子をHis-tagを付けてE. coliで発現させて精製し、各々の機能を調べている。

各酵素はS-adenosyl-L-methionine (SAM)-dependent deoxysugar methyltransferaseであることが確認された。MycEの最適反応には、MycFよりも明白にMg(2+)が必要。

MycE → aglycone付着6-deoxyalloseのC2''-OHをmethylation = javose
MycF → aglycone付着javoseのC3''-OHをmethylation = mycinose

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selected fasta
>demethoxynogalose C-2' O-methyltransferase [SnogY]
MAGVLLAEVAFRCPPPVNTLPVHVGLDLEHDGAVRRSALRLVRDEPVTVHPRPQEGTPTL
LRFSLADLVRRLFGPEEAGQGGDFHNEFLPQPPGAENMMETWSAVSHATHTVMTALSTLT
PDLGELAVRYGSDKWASFHWYTPHYDHHFRPLRNTPVRVLEIGVGGYEEYDGGGSLKMWK
RYFRRGLIHGLDIVDKTRLSEPRLTVLTGDQNDPETLERIVREHGPFDVVIDDGSHVNQH
VHTSFRTLFPHLRSGGLYVIEDLQTSYWPEFGGTDGPNAAPDTSLGLVKQLLDDLHHQER
PKDRDTADATRSTVTGVHVYHNIAFVTKGVNGEAPLPDWMLQGH
selected fasta
>demethoxynogalose C-2' O-methyltransferase [SnogY]
GTGGCCGGCGTCCTCCTCGCGGAGGTCGCGTTCCGCTGCCCGCCGCCGGTCAACACGCTC
CCCGTCCACGTGGGCCTCGATCTCGAACACGACGGTGCGGTGCGGCGCTCGGCCCTGCGG
CTGGTCCGGGACGAACCGGTGACCGTCCACCCACGCCCGCAGGAGGGCACCCCCACACTG
CTGCGCTTCAGCCTCGCAGACTTGGTACGGCGGTTGTTCGGTCCCGAGGAAGCCGGCCAG
GGCGGGGACTTCCACAACGAGTTCCTGCCGCAGCCACCCGGTGCCGAGAACATGATGGAG
ACCTGGAGCGCCGTCTCCCACGCGACCCACACGGTGATGACCGCGCTCTCCACCCTCACC
CCCGATCTCGGTGAACTCGCCGTCCGGTACGGCTCCGACAAGTGGGCCAGCTTCCACTGG
TACACCCCGCACTACGACCACCATTTCCGCCCACTGCGGAACACGCCCGTCCGTGTGCTG
GAGATCGGCGTCGGCGGCTACGAGGAGTACGACGGCGGCGGCTCGCTGAAGATGTGGAAG
CGCTACTTCCGGCGCGGCCTGATTCACGGTCTCGACATCGTCGACAAGACGCGGCTGAGC
GAGCCCCGGCTGACCGTGCTCACCGGCGACCAGAACGACCCGGAGACGCTGGAGCGGATC
GTCCGCGAGCACGGACCGTTCGACGTCGTCATCGACGACGGAAGCCACGTCAACCAGCAC
GTCCACACGTCGTTCCGCACCCTCTTCCCGCACCTGCGGTCCGGCGGGCTGTACGTGATC
GAGGACCTGCAAACCTCGTACTGGCCCGAGTTCGGGGGCACCGACGGCCCCAACGCCGCC
CCGGACACCTCCCTGGGCCTGGTCAAACAACTGCTGGACGACCTGCACCACCAGGAGCGC
CCCAAGGACCGCGACACGGCGGACGCGACGCGGAGCACGGTCACCGGCGTGCACGTGTAC
CACAACATCGCCTTCGTCACGAAGGGCGTCAACGGCGAGGCCCCGCTGCCCGACTGGATG
CTCCAGGGGCACTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP
[1-19] 0.84 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Nogl_00400 Nogl_00400   Nogl_00420 Nogl_00420
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