Nogl_00430 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces nogalater
Strain	ATCC 27451 (=NBRC 13445)
Entry name	Nogalamycin
Contig	AJ224512
Start / Stop / Direction	46,854 / 44,515 / - [in whole cluster] 18,152 / 15,813 / - [in contig]
Location	complement(44515..46854) [in whole cluster] complement(15813..18152) [in contig]
Type	CDS
Length	2,340 bp (779 aa)

Annotation

Category	4.4 resistance
Product	putative UvrA-like protein
Product (GenBank)	SnorO
Gene
Gene (GenBank)	snorO
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q9RIP8 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) comment S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 sno clusterの右端っぽいのがsnorO. snorOは他の状況で特徴づけされたresistance gene(K.palmu et al., unpublished results)。
Related Reference	ACC B5LSY9 PmId [20534129] ( , ) comment Blast 3rd, id75%, 0.0 Planobispora rosea ABC transporter ATP-binding protein S. coleicolorのputative membrane proteinと、S. nogalaterのnogalamycin resistance protein SnorOに高い類似性を持つタンパクが抗菌活性をもたらす。これらのタンパクをコードする2つのORFsは、S. lividansにおいてthiostreptonの細胞内量と貯蔵を増やす。
Related Reference	ACC Q54827 NITE Adria_00370 PmId [8655504] The Streptomyces peucetius drrC gene encodes a UvrA-like protein involved in daunorubicin resistance and production. (J Bacteriol. , 1996) [9835035] The DrrC protein of Streptomyces peucetius, a UvrA-like protein, is a DNA-binding protein whose gene is induced by daunorubicin. (FEMS Microbiol Lett. , 1998) comment Blast 86th, id54%, 0.0 Streptomyces peucetius_drrC Daunorubicin resistance protein -- [PMID: 8655504](1996) DrrCはDNAの除去修復に関連するE.coli_UvrAに強いAA配列類似あり。 S.lividansへのdrrC導入はDNR抵抗性を与える。 DNR and DXR antiporterによって抵抗性をもたらすDrrABのシステムと異なり、たぶんゲノムDNAへのDNR and DXRの結合を抑制または不安定化をしうる。 -- 同じ著者らの続報 [PMID: 9835035](1998) E.coliで発現して得たDrrCは、ATPとDNRの存在下でのみ、DNR産生遺伝子のpromoter領域を含むDNA segmentを結合。 S.peucetiusにおけるDrrCの出現はDNR産生の開始と同時に起こり、drrC geneはDNRによって誘導される。 DnrN and DnrI regulatory proteinsはdrrC発現のために必要。 DrrAは、DrrCと同じ様式で調節された。 -- 参照[PMID: 20158521](2010) この論文での実験にdrrCは絡んでいないが、総合的なFigあり。細胞内DNR濃度が上昇したときに、DNR biosynthetic genes and resistance genesのactivatorであるDnrI のpromoter領域へfeedback阻害のために結合したDNR（本来はDnrNが結合）を、再活性化のために離すことに関連しているのではないかと言っている。

Sequence

>putative UvrA-like protein [SnorO]
MSLRDDTDGTRGGPGTDPADSHDVIQVRGARENNLKRVSLDIPKRRLTVFTGVSGSGKSS
LVFDTIAAESRRLINETYTAFIQSFLPALARPDVDGLHNLSAAIVVDQERMGVNSRSTVG
TATDALEMLRIIFSRLSTPHVGGPGAFGFNSPDGMCRHCEGLGRVADIDVDQLVDRERSL
NEGAITVPGYAVGSWNWQIFAESGLLDPDLRLRDYSPDQWHDLMHKPATKIRHNSLNVTY
EGLLVKVRRTHLAKERESMQAHIRAFVERAVVFGPCPACGGARLNPAALAATVNGRNIAE
CSALQVSDLLDFVRGIDAAEVRPLTEALRGTLESMVEIGLGYLSLDRESGSLSGGEAQRV
KMVRHLGSSLTDVTYVFDEPTTGLHPHDVQRMNALLLRLRDKGNTVLVVEHKPEVIAIAD
HVVDLGPGAGDAGGQLCYAGDVPGLRASDTLTGRCLDHRVPLRAQPRRPRGHLAIRNASL
HNLKDVSVDIPLGVLTAVTGVAGSGKSSLIHGMLGHREGVVVVDQSPIRGSRRSSPATYT
KLFDGVRAAFARANGVSASLFSANSEGACPRCKGVGVVYTDLMMMADVASVCEECGGRRF
TPEVLSYTLRGRNISEVLGMSVTEARDFFPTGRVRASLDRLADVGLGYVGLGQPLNTLSG
GERQRLKLAVHMADQPTAYVLDEPTNGLHLADVDKLLTLLDRLVDGGNTVIVIEHHQAVM
AHADWLIDLGPGAGHDGGRVVFTGTPAELVETGDTLTAHHLRRYVGRARAQAEPVGAAR

>putative UvrA-like protein [SnorO]
ATGAGCCTCCGTGACGACACCGACGGCACCCGGGGCGGACCCGGCACCGACCCGGCGGAC
AGCCACGATGTGATCCAGGTGCGGGGCGCGCGCGAGAACAACCTGAAGAGAGTCTCCCTG
GACATCCCCAAACGGCGTCTGACGGTCTTCACCGGCGTCTCCGGCTCCGGTAAGTCCTCC
CTGGTCTTCGACACCATCGCCGCCGAGTCCCGGCGGCTGATCAATGAGACGTACACCGCG
TTCATCCAGTCGTTCCTGCCGGCCCTCGCGCGGCCCGACGTCGACGGGCTGCACAACCTC
AGCGCCGCCATCGTCGTCGACCAGGAGCGCATGGGGGTCAACTCCCGCTCCACCGTGGGC
ACCGCCACCGACGCGCTGGAGATGCTGCGGATCATCTTCAGCAGGCTCTCCACCCCGCAC
GTGGGCGGCCCCGGCGCCTTCGGTTTCAACAGCCCCGACGGCATGTGCCGGCACTGTGAG
GGCCTGGGGCGTGTCGCCGACATCGACGTCGATCAACTCGTCGACAGGGAGCGCTCCCTG
AACGAAGGGGCGATCACCGTGCCGGGCTACGCCGTCGGCTCCTGGAACTGGCAGATCTTC
GCCGAGTCGGGCCTGCTCGACCCCGACCTCAGGCTCCGGGACTACAGCCCCGACCAGTGG
CACGACCTCATGCACAAGCCCGCCACGAAGATCAGGCACAACAGCCTCAACGTCACCTAC
GAGGGGCTGCTGGTGAAGGTGCGCCGCACACACCTCGCCAAGGAACGGGAGTCCATGCAG
GCGCACATCCGGGCCTTCGTGGAGCGGGCCGTGGTCTTCGGCCCCTGCCCCGCGTGCGGC
GGGGCGCGGCTGAACCCGGCGGCACTGGCGGCCACCGTCAACGGCCGTAACATCGCCGAG
TGCTCCGCCCTGCAGGTCAGCGACCTGCTCGACTTCGTCCGCGGCATCGACGCCGCCGAG
GTGCGTCCCCTGACCGAGGCGCTGCGTGGCACCCTGGAGTCGATGGTGGAGATCGGCCTG
GGATATCTCAGCCTGGACCGCGAGTCGGGCAGCCTCTCCGGCGGCGAGGCCCAGCGGGTG
AAGATGGTCCGCCACCTCGGCTCCAGCCTCACCGACGTCACCTACGTCTTCGACGAGCCC
ACCACCGGACTGCACCCGCACGACGTCCAGCGGATGAACGCCCTGCTGCTGCGGCTGCGC
GACAAGGGCAACACGGTGCTGGTCGTCGAGCACAAGCCGGAGGTCATCGCCATCGCCGAC
CACGTCGTGGACCTCGGACCCGGCGCGGGCGATGCCGGGGGACAGCTCTGTTACGCCGGT
GACGTGCCCGGGCTGCGCGCTTCCGATACCCTCACCGGCCGCTGTCTCGACCACCGGGTG
CCCCTGCGTGCGCAACCCCGACGGCCTCGCGGACACCTGGCGATCAGGAACGCCTCGCTG
CACAACCTCAAGGACGTCAGCGTCGACATCCCGCTCGGGGTGCTCACCGCCGTCACGGGT
GTCGCCGGATCCGGCAAGAGTTCCCTGATCCACGGGATGCTGGGCCACCGGGAAGGGGTC
GTGGTGGTCGACCAGTCGCCGATCCGCGGCTCCCGGCGCAGCAGCCCCGCCACCTACACC
AAGCTCTTCGACGGGGTACGCGCCGCCTTCGCCCGGGCCAATGGGGTGAGCGCCTCGCTG
TTCAGCGCCAACTCCGAAGGAGCGTGCCCTCGCTGCAAAGGCGTCGGCGTCGTCTACACC
GACCTGATGATGATGGCGGACGTGGCGTCGGTCTGCGAGGAGTGCGGGGGCCGGCGCTTC
ACCCCCGAGGTGCTGTCGTACACGCTCCGCGGCAGGAACATCAGCGAGGTGCTCGGGATG
TCCGTGACCGAGGCCCGCGACTTCTTCCCCACCGGCCGCGTCCGTGCCTCGCTGGACCGG
CTGGCCGACGTGGGGCTGGGCTACGTGGGACTGGGGCAGCCGCTCAACACGCTCTCCGGC
GGGGAACGGCAGCGGCTGAAGCTGGCCGTGCACATGGCGGATCAGCCCACGGCCTACGTG
CTGGACGAGCCGACGAACGGCCTGCACCTCGCCGACGTGGACAAGCTCCTCACCCTGCTG
GACCGGCTCGTGGACGGCGGCAACACGGTCATCGTCATCGAGCACCACCAGGCCGTCATG
GCCCACGCCGACTGGCTCATCGACCTCGGCCCGGGCGCGGGCCACGACGGTGGGCGGGTC
GTCTTCACCGGCACGCCGGCCGAACTGGTGGAAACCGGTGACACGCTGACGGCACATCAT
CTGCGGCGGTACGTCGGCCGGGCCCGGGCACAGGCGGAGCCGGTCGGCGCGGCGCGTTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003439 ABC transporter-like (Domain) PF00005 ABC_tran PS50893 ABC_TRANSPORTER_2 IPR003593 AAA+ ATPase domain (Domain) SM00382 AAA
SignalP	Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

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