Pact_00020 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces pactum
Strain	ATCC 27456 (=NBRC 13433)
Entry name	Pactamycin
Contig	AB303063
Start / Stop / Direction	5,000 / 3,807 / - [in whole cluster] 5,000 / 3,807 / - [in contig]
Location	complement(3807..5000) [in whole cluster] complement(3807..5000) [in contig]
Type	CDS
Length	1,194 bp (397 aa)

Annotation

Category	3.3 modification reduction
Product	putative cytochrome P450
Product (GenBank)	cytochrome P450 monooxygenase
Gene	pctA ptmY
Gene (GenBank)	pctA
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC A8R0I4 PmId [17827660] Cloning of the pactamycin biosynthetic gene cluster and characterization of a crucial glycosyltransferase prior to a unique cyclopentane ring formation. (J Antibiot (Tokyo). , 2007) [19670201] Deciphering pactamycin biosynthesis and engineered production of new pactamycin analogues. (Chembiochem. , 2009) [21513878] Biosynthetic studies and genetic engineering of pactamycin analogs with improved selectivity toward malarial parasites. (Chem Biol. , 2011) comment [PMID:17827660] Pactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。 PctA: cytochrome P450 hydroxylase 相同性より機能付けされている。このORFの機能解析はされていない。シクロペンタン環の修飾過程において、PctA(このORF)とPctB(Pact_00030)によりシクロペンタン環のbranched ethyl groupをhydroxyethyl化すると推測している。 [PMID:19670201] S.pactum ATCC27456のPactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。 PtmY: cytochrome P450 monooxygenase PtmYの機能解析はされていない。 [PMID:21513878] putative tailoring genesの解析報告(S.pactum ATCC27456)。 PtmY: hydroxylase ptmY knockout mutantは培養上清から7-deoxypactamycinだけでなく少量のpactamycinも検出した。野生株でもこれらの化合物は常に異なる割合で培養上清で検出される。したがって、PtmYはC-7のヒドロキシル化に直接の関与はしていないか、ptmY knockout mutantではその機能は他のmonooxygenaseによって相補されるかどちらかであると考察している。
Related Reference	ACC O87605 NITE Pikro_00170 PmId [9770448] A gene cluster for macrolide antibiotic biosynthesis in Streptomyces venezuelae: architecture of metabolic diversity. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1998) [9778370] Characterization of the macrolide P-450 hydroxylase from Streptomyces venezuelae which converts narbomycin to picromycin. (Biochemistry. , 1998) [9831532] Hydroxylation of macrolactones YC-17 and narbomycin is mediated by the pikC-encoded cytochrome P450 in Streptomyces venezuelae. (Chem Biol. , 1998) comment pikromycin→pikC picromycin→picK pikromycin=picromycin UniProt entryにも両者が登録されている。 --- [PMID: 9770448] 12員環骨格を持つMethymycin and Neomethymycinと、14員環骨格を持つNarbomycin and Pikromycinの生合成で共有されるclusterの同定。 PikC: P450 hydroxylase pikC挿入変異株を作成し、YC-17 (at C-10 and C-12) と narbomycin (at C-12)の両方のhydroxylationを行っていることを確認している。 --- [PMID: 9778370] E.coliで発現させたPicKが、narbomycin → picromycinへのC-12 hydroxylationを担うことを確認。 kinetic analysisあり。 --- [PMID: 9831532] E.coliで発現、精製されたPikCがin vitroで・YC-17のC-10をhydroxylationしてmethymycin ・YC-17のC-12をhydroxylationしてneomethymycin ・narbomycinのC-12をhydroxylationしてpikromycin を産生することを確認。kinetic analysisあり。

Sequence

>putative cytochrome P450 [cytochrome P450 monooxygenase]
MHTPTLDDLARPGTGLSDNPYPVLARLRARGPVHRLRTGDTQEVWVIVGHDEARAALADP
RLRNDARHADGADDAGHAVGRNMLQVDPPHHTRLRRLVAAQFAARRIEALRPRVRAITDD
LLEKMVPLGRADLVERFAQPLPLAVICELLGVPAADRKAFGEWSADIVTPGSPAAADSAA
TMTGYLTGLVEDKRRDGGDDLLSALVAARDGGDRLTPEETIGMAFLLLVAGYETTVNLIS
SGVCALLLRPEQLAALRDDPSLLDGAVEEMLRHESPLGTSAYRYTTEPVEIAGTRIPAGQ
RVLVVLNAADRDPDRFPDPDRFDIRRDARGHLAFGHGLHHCLGAPLARLEATVALRGLLE
RAPGLRLAADPATLTWRSGLMRGLHRLPVTFGPVPEP

>putative cytochrome P450 [cytochrome P450 monooxygenase]
ATGCACACCCCCACCCTCGACGATCTGGCGCGCCCCGGCACCGGGCTGTCCGACAACCCC
TATCCGGTCCTCGCGCGGCTGCGCGCCCGGGGACCGGTCCACCGCCTGCGCACCGGCGAC
ACCCAGGAGGTCTGGGTGATCGTCGGACACGACGAGGCCAGGGCCGCGCTCGCCGACCCC
CGGCTGCGCAACGACGCCCGTCACGCCGACGGCGCGGACGACGCCGGCCACGCGGTCGGC
CGGAACATGCTCCAGGTGGACCCGCCCCACCACACCCGGCTGCGGCGGCTGGTCGCCGCA
CAGTTCGCCGCCCGGCGCATCGAGGCGCTGCGGCCCCGGGTGCGGGCGATCACCGACGAC
CTGCTGGAGAAGATGGTGCCGCTGGGCCGGGCCGATCTGGTGGAACGTTTCGCCCAGCCG
CTGCCGCTGGCCGTCATCTGCGAGCTGCTCGGCGTCCCGGCGGCCGACCGGAAGGCGTTC
GGCGAATGGTCGGCGGACATCGTCACCCCGGGCAGCCCGGCCGCCGCCGACTCCGCCGCG
ACGATGACCGGCTACCTCACCGGGCTGGTCGAGGACAAGCGCCGCGACGGCGGGGACGAC
CTGCTCAGCGCCCTGGTCGCGGCCCGTGACGGCGGTGACCGGCTCACCCCGGAGGAGACG
ATCGGCATGGCGTTCCTGCTGCTCGTCGCCGGGTACGAGACCACCGTCAACCTGATCTCC
AGCGGCGTGTGCGCGCTGCTGCTGCGGCCGGAGCAGCTGGCCGCGCTGCGGGACGACCCG
TCCCTGCTGGACGGCGCGGTGGAGGAGATGCTCCGGCACGAGAGCCCGCTGGGCACCTCC
GCCTACCGCTACACCACCGAACCGGTGGAGATCGCGGGCACCCGCATCCCGGCCGGGCAG
CGGGTGCTGGTGGTGCTGAACGCCGCCGACCGCGACCCGGACCGCTTCCCGGACCCGGAC
CGCTTCGACATCCGGCGCGACGCCCGCGGCCACCTGGCGTTCGGCCACGGCCTCCACCAC
TGCCTGGGCGCGCCGCTCGCCCGGCTGGAGGCCACGGTGGCGCTGCGCGGCCTGCTGGAA
CGCGCTCCCGGCCTCCGCCTCGCCGCGGACCCCGCCACCCTCACCTGGCGCTCCGGCCTG
ATGCGCGGCCTGCACCGCCTCCCGGTCACCTTCGGCCCGGTGCCCGAGCCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001128 Cytochrome P450 (Family) G3DSA:1.10.630.10 Cyt_P450 PR00385 P450 PF00067 p450 SSF48264 Cytochrome_P450 IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family) PR00359 BP450 IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site) PS00086 CYTOCHROME_P450
SignalP	Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

Pact_00010 Pact_00030