Pact_00060 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces pactum
Strain	ATCC 27456 (=NBRC 13433)
Entry name	Pactamycin
Contig	AB303063
Start / Stop / Direction	8,934 / 10,037 / + [in whole cluster] 8,934 / 10,037 / + [in contig]
Location	8934..10037 [in whole cluster] 8934..10037 [in contig]
Type	CDS
Length	1,104 bp (367 aa)

Annotation

Category	5.3 uncharacterized protein (biosynthesis involved)
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	Fe-S Radical SAM oxidoreductase
Gene	pctE ptmC
Gene (GenBank)	pctE
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC A8R0I8 PmId [17827660] Cloning of the pactamycin biosynthetic gene cluster and characterization of a crucial glycosyltransferase prior to a unique cyclopentane ring formation. (J Antibiot (Tokyo). , 2007) [19670201] Deciphering pactamycin biosynthesis and engineered production of new pactamycin analogues. (Chembiochem. , 2009) comment [PMID:17827660] Pactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。 PctE: Fe-S Radical SAM oxidoreductase 相同性より機能付けされている。このORFの機能解析はされていない。シクロペンタン環の修飾過程において、cyclopentane中間体はputative　dehydrogenase PctE or PctPによってoxidationと cyclizationが起こりエネジオール中間体を経由してそのisomerへ異性化されると推測している。 [PMID:19670201] S.pactum ATCC27456のPactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。 PtmC: Fe-S Radical SAM oxidoreductase ptmC knockout mutantはpactamycin生産が検出できなかったことから、ptmCはpactamycin生合成に関与するとしている。glucosaminyl-3-aminoacetophenoneからcyclopentitol coreへのラジカルを仲介した再構成に関与すると推察している。このORFの機能解析はされていない。

Sequence

>hypothetical protein [Fe-S Radical SAM oxidoreductase]
MFAHRDGQNRLKLLMNDMVIEEQLCQMRCSYCLTEDFNLLMNVPDARLRLTTDRRADWHE
ILDAYHRTVDSPIMRLSGGEFFWLKGSTEFVEECSAKYEVVQVITNGVFLTPPRLEALAA
LGNVQLCLSLDGHTLEMNGHRFPPKQHRLFDVIMGHLDHAVELGIPIEIQSVLSDLNVTR
QADFAEFLLERYGSGVMLYFFPVRGETRTTHAPALGDHFAELLERYDELSAVLPPRAFVA
HIANQLSTGVRTLRCYATATMVQLFGQGDVSCCPYAWLKPMGNIKNEPELIHEQFGKHQH
YEMFMQPRPRFPYCKSCTGPIDVVNLYLFGGITEEEIARCAPYAGPRALERLRELKSAFD
PMFQAAE

>hypothetical protein [Fe-S Radical SAM oxidoreductase]
ATGTTCGCACATCGCGACGGACAGAACCGCCTCAAACTCCTGATGAACGACATGGTCATC
GAGGAGCAGTTGTGCCAGATGCGCTGCTCCTACTGCCTCACCGAGGACTTCAACCTCCTC
ATGAACGTCCCGGACGCCCGGCTGCGGCTGACCACCGACCGGCGGGCGGACTGGCACGAG
ATACTCGACGCCTACCACCGCACCGTGGACAGCCCCATCATGCGGCTGAGCGGCGGTGAG
TTCTTCTGGCTGAAGGGCTCCACCGAGTTCGTCGAGGAGTGCAGTGCCAAGTACGAGGTG
GTGCAGGTCATCACCAACGGGGTCTTCCTGACCCCGCCGCGGCTGGAGGCGCTGGCCGCG
CTCGGCAACGTCCAGCTCTGCCTGTCGCTGGACGGCCACACGCTGGAGATGAACGGGCAC
CGGTTCCCGCCCAAGCAGCACCGGCTGTTCGACGTCATCATGGGCCACCTGGACCACGCG
GTGGAGCTGGGCATCCCGATCGAGATCCAGTCGGTGCTCAGTGACCTGAACGTCACCCGG
CAGGCGGACTTCGCCGAGTTCCTGCTGGAACGGTACGGCAGCGGCGTGATGCTGTACTTC
TTCCCGGTCCGCGGCGAGACCCGCACCACCCACGCGCCGGCGCTCGGCGATCACTTCGCC
GAGCTGCTGGAACGCTACGACGAGCTGTCGGCCGTGCTGCCGCCGCGCGCCTTCGTGGCG
CACATCGCGAACCAGCTGAGCACCGGGGTCCGTACGCTGCGCTGCTACGCGACGGCCACC
ATGGTGCAGCTTTTCGGCCAGGGCGACGTCTCCTGCTGCCCCTATGCCTGGCTCAAGCCC
ATGGGGAATATCAAGAACGAGCCCGAGCTGATTCACGAGCAGTTCGGCAAGCACCAGCAC
TACGAAATGTTCATGCAGCCGCGGCCCCGCTTCCCGTACTGCAAGAGCTGCACCGGGCCG
ATCGACGTGGTGAATCTCTACCTGTTCGGCGGCATCACCGAGGAAGAAATCGCGCGCTGT
GCGCCGTACGCCGGGCCCCGGGCGCTGGAGCGTCTGCGGGAGCTGAAGTCGGCATTCGAC
CCGATGTTCCAGGCGGCCGAATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	No significant hit
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Pact_00050 Pact_00070