Pact_00070 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces pactum
Strain	ATCC 27456 (=NBRC 13433)
Entry name	Pactamycin
Contig	AB303063
Start / Stop / Direction	10,103 / 11,179 / + [in whole cluster] 10,103 / 11,179 / + [in contig]
Location	10103..11179 [in whole cluster] 10103..11179 [in contig]
Type	CDS
Length	1,077 bp (358 aa)

Annotation

Category	3.2 modification methylation
Product	N,N-dimethyltransferase
Product (GenBank)	methyltransferase
Gene	pctF ptmD
Gene (GenBank)	pctF
EC number	2.1.1.-
Keyword	urea moiety
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC A8R0I9 PmId [17827660] Cloning of the pactamycin biosynthetic gene cluster and characterization of a crucial glycosyltransferase prior to a unique cyclopentane ring formation. (J Antibiot (Tokyo). , 2007) [19670201] Deciphering pactamycin biosynthesis and engineered production of new pactamycin analogues. (Chembiochem. , 2009) [21513878] Biosynthetic studies and genetic engineering of pactamycin analogs with improved selectivity toward malarial parasites. (Chem Biol. , 2011) comment [PMID:17827660] Pactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。 PctF: N-methyltransferase 相同性より機能付けされている。このORFの機能解析はされていない。シクロペンタン環の修飾過程における最終段階で機能すると予測。PctDによりcyclopentane中間体のアミノ基をcarbamoyl groupへcarbamoyl化し、PctFによりdimethyl化すると推測している。 [PMID:19670201] S.pactum ATCC27456のPactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。 PtmD: HemK family melthyltransferase PtmDの機能解析はされていない。 [PMID:21513878] putative tailoring genesの解析報告(S.pactum ATCC27456)。 PtmD: SAM-dependent N-methyltransferase ptmD knockout mutantはpactamycinあるいは7-deoxypactamycinの生産が検出出来なかったが、新規の2つの化合物(N,N- didemethyl-7-deoxypactamycin, N,N-didemethylpactamycin)を検出したことから、PtmDはurea moietyのN-methylationに関与することを示した。

Sequence

>N,N-dimethyltransferase [methyltransferase]
MISVDGISADDFAGAGLSRLLRLPQHDLLTLAGDWLGELAPWRNTETLAAISTTLSAEAQ
LAALFIFGEPVAEAEARDRLPGPLLDLLLRTGALAADSGKLSARYCLVRGDGMSLLAAWR
AAGRDVGGYAPWVGTDSMTLSRLVAARRDVRTALDLGCGTGILGLSAARNGADVVSVDVN
PECTAAATVNAHINGLGERLTAVEGDIMSLDLDRRFDLVISNPPCLPLRRGSLGWLAGEA
GLDGLEFFWELLRRVPGLLTGEGEALLQAAAYGDERGPFFVEELEAELRRLKVSGRLLLR
PSTPPRWPAFAPRDEEGQLTGPLGDEVREYVNRIGATHYYGFVLSVRAGEGLDVGRFS

>N,N-dimethyltransferase [methyltransferase]
ATGATATCCGTGGACGGGATTTCGGCCGACGATTTCGCGGGTGCCGGACTGAGCAGGCTG
CTCAGGCTGCCGCAGCACGACCTGCTCACCCTCGCCGGTGACTGGCTCGGCGAACTGGCG
CCCTGGCGGAACACCGAGACCCTGGCGGCGATCTCCACCACGCTGTCCGCCGAGGCCCAG
TTGGCCGCCCTGTTCATCTTCGGCGAGCCGGTCGCCGAGGCCGAGGCCCGCGACCGGCTC
CCCGGCCCGCTGCTCGACCTGCTGCTGCGCACCGGGGCGCTGGCCGCGGACTCCGGGAAG
CTGTCGGCCCGGTACTGCCTGGTCCGAGGCGACGGGATGTCGCTGCTCGCCGCGTGGCGG
GCGGCCGGCCGCGACGTGGGCGGCTACGCGCCGTGGGTCGGCACCGACTCCATGACGCTC
TCCCGGCTGGTCGCCGCCCGCCGGGACGTGCGCACCGCGCTGGACCTGGGGTGCGGCACC
GGCATCCTGGGCCTGTCGGCGGCCCGCAACGGGGCCGACGTGGTGTCGGTGGACGTCAAC
CCCGAGTGCACCGCCGCCGCCACGGTCAACGCCCACATCAACGGACTGGGCGAGCGGCTC
ACCGCGGTCGAGGGCGACATCATGTCCCTGGACCTGGACCGCCGGTTCGACCTGGTGATC
TCCAACCCGCCCTGCCTGCCGCTGCGCCGCGGGTCGCTGGGCTGGCTGGCCGGCGAGGCG
GGGCTGGACGGGCTGGAGTTCTTCTGGGAGCTGCTGCGCCGGGTGCCCGGGCTGCTGACC
GGCGAGGGTGAGGCGCTGCTGCAGGCCGCCGCCTACGGTGACGAGCGCGGCCCGTTCTTC
GTCGAGGAGCTGGAGGCGGAGCTGCGGCGGCTGAAGGTGTCCGGGCGGCTGCTGCTGCGC
CCCTCCACGCCGCCGCGCTGGCCGGCCTTCGCGCCCCGCGACGAGGAGGGGCAGCTGACC
GGTCCGCTCGGCGACGAGGTCCGCGAGTACGTCAACCGGATCGGTGCCACGCACTACTAC
GGGTTCGTGCTCTCCGTGCGGGCCGGTGAGGGCCTGGACGTCGGCCGGTTCAGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	No significant hit
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Pact_00060 Pact_00080