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Pact_00220 : CDS information

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Organism
StrainATCC 27456 (=NBRC 13433)
Entry namePactamycin
Contig
Start / Stop / Direction34,577 / 33,060 / - [in whole cluster]
34,577 / 33,060 / - [in contig]
Locationcomplement(33060..34577) [in whole cluster]
complement(33060..34577) [in contig]
TypeCDS
Length1,518 bp (505 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative carboxylic acid--CoA ligase
putative acyl-CoA synthetase
Product (GenBank)putative AMP-forming acyl-CoA synthetase
GenepctU
ptmS
Gene (GenBank)pctU
EC number6.2.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17827660] Cloning of the pactamycin biosynthetic gene cluster and characterization of a crucial glycosyltransferase prior to a unique cyclopentane ring formation. (J Antibiot (Tokyo). , 2007)
comment
Pactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。

PctU: acyl-CoA synthetase

相同性より機能付けされている。
このORFの機能解析はされていない。

PctUはrifamycin生合成のRifA PKSの initial A domain(PKS CoL domain)に似ている。これは、3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA)のadenylationを触媒し、PKSの下流のpeptidyl carrier proteinにそれをloadingすることが知られている。3-aminobenzoic acidとAHBAの構造が似ていることから、3-aminobenzoic acidはPctUによりbeta-ketoacyl CoA中間体を形成するacetyl-CoAとの縮合反応を触媒するかもしれないと推測している。
Related Reference
ACC
Q9LAR4
PmId
[1847615] ( , )
[10871057] ( , )
comment
Bradyrhizobium japonicum
Malonyl CoA synthetase(blr0509)
identity: 26%

[PmId:1847615]
Rhizobium japonicumのMCSを精製、酵素活性を測定している。

[PmId:10871057]
大腸菌にクローニング、Malonyl-CoA synthetase (MCS)の評価実験をおこなったところ、MCSであることを示した。また、Lys175、His211はmalonyl-AMP（ATP←→AMP）変換に、Glu308は、malonate binding siteなのではないかと示唆している。
ACC
B7TWM6
PmId
[19670201] Deciphering pactamycin biosynthesis and engineered production of new pactamycin analogues. (Chembiochem. , 2009)
comment
S.pactum ATCC27456のPactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。

PtmS: acyl-CoA synthetase

このORF(Pact_00220)と1aa違いでPtmSとして登録している。PtmSの機能解析はされていない。
Conflict
Sequence
A (306..306)
Comment
conflict with B7TWM6 (G)

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selected fasta
>putative carboxylic acid--CoA ligase [putative AMP-forming acyl-CoA synthetase]
MTSARAELLARLRDRAARLGDAPLVVAGDTVTGARELLARTEAKVRALGELGVGPGALVG
TVAGPPAEFISDVFAIIEAGGVAVPLSRKLTRWELDRLQEGCPLDFLAAPPESPLTLAGP
VTGCGDRALSRGPGRIRPAFAEAATAQLTSGTTGRPRVALRPAAALLAEADHYRDALRLT
PRTTLLCPVPLQHAYGFGLCALAAPLAGAPVRQLPPDRPRMLLRELAAGDVALFVGVPPM
LRLLAKSARGPVPAGRPVGFLSAGMALDAHTAEQVAVRLGGNVGEVYGTTETGPICVRAP
RPWRPALRRPGVPLPGVKVTLAPVPGDAPEAGAGTGSGDATRADATGPRDATGPGAGPGA
GTGLVTVESPSMMLGYADGDAVDTGPSRGGFTTGDLARWEGDDLVLAGRLSTCINVAGAK
VSPEEVEAVLLAWPEVASCLVTGVPDPVLGQRVSATVTPETVDLAALDRFCRERLSDSRT
PHTFAAVAELPTTETGKVIRPRNDQ
selected fasta
>putative carboxylic acid--CoA ligase [putative AMP-forming acyl-CoA synthetase]
ATGACCTCCGCCCGCGCGGAGCTGCTCGCCCGGCTCCGGGACCGGGCCGCCCGGCTCGGT
GACGCCCCGCTGGTGGTGGCGGGCGACACCGTCACCGGCGCCCGGGAGCTGCTGGCCCGG
ACCGAGGCCAAGGTCCGGGCCCTCGGCGAGCTGGGCGTGGGGCCGGGCGCCCTGGTGGGC
ACCGTGGCCGGACCGCCGGCCGAGTTCATCAGCGATGTGTTCGCGATCATCGAGGCCGGC
GGGGTGGCCGTCCCGCTCTCCCGCAAGCTCACCCGGTGGGAGCTGGACCGGCTCCAGGAG
GGCTGCCCGCTCGACTTCCTGGCCGCGCCGCCCGAATCGCCGCTCACCCTCGCCGGCCCG
GTCACCGGGTGCGGGGACCGGGCGCTGAGCCGGGGGCCGGGGCGTATCCGGCCGGCGTTC
GCCGAGGCCGCCACCGCGCAGCTCACCTCGGGCACCACCGGCCGGCCGCGGGTGGCGCTG
CGCCCGGCCGCCGCCCTGCTCGCGGAGGCGGACCACTACCGTGACGCGCTGCGGCTGACC
CCCAGGACCACGCTGCTGTGCCCGGTGCCGCTCCAGCACGCCTACGGGTTCGGGCTGTGC
GCGCTGGCCGCCCCGCTGGCCGGCGCGCCGGTCCGCCAGCTGCCGCCGGACCGGCCGCGG
ATGCTGCTGCGGGAGCTGGCCGCCGGGGACGTGGCGCTCTTCGTCGGGGTGCCGCCGATG
CTGCGGCTGCTGGCGAAGTCGGCCCGCGGCCCGGTGCCCGCCGGGCGCCCGGTCGGGTTC
CTCTCCGCCGGGATGGCGCTGGACGCGCACACCGCCGAACAGGTCGCGGTGCGGCTCGGC
GGGAACGTCGGCGAGGTGTACGGGACCACCGAGACCGGGCCGATCTGTGTCCGGGCCCCC
CGGCCGTGGCGGCCGGCCCTGCGGCGGCCCGGCGTACCGCTGCCCGGGGTGAAGGTCACC
CTGGCGCCGGTTCCGGGGGACGCGCCGGAGGCCGGGGCCGGAACGGGGTCCGGGGACGCG
ACGAGGGCCGATGCGACGGGGCCCCGGGACGCGACGGGGCCCGGAGCCGGGCCCGGGGCC
GGGACGGGGCTGGTGACCGTGGAGTCGCCGTCGATGATGCTCGGTTACGCGGACGGGGAC
GCGGTCGACACCGGCCCGTCGCGCGGCGGGTTCACCACCGGTGACCTGGCCCGGTGGGAG
GGGGACGACCTGGTCCTGGCCGGGCGGCTGTCCACCTGCATCAACGTCGCCGGCGCGAAG
GTCAGTCCGGAGGAGGTGGAGGCGGTCCTGCTCGCCTGGCCGGAGGTCGCCTCCTGCCTG
GTGACCGGCGTACCGGATCCGGTCCTGGGGCAGCGCGTCAGCGCCACGGTGACCCCGGAG
ACGGTGGACCTCGCCGCGCTGGACCGCTTCTGCCGGGAGCGTCTGTCGGACTCCCGGACC
CCCCACACCTTCGCCGCCGTGGCGGAACTGCCGACGACCGAGACCGGGAAGGTCATCAGG
CCGCGGAACGATCAGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000873 AMP-dependent synthetase/ligase (Domain)
[35-326] 2.90000000000001e-28 PF00501 [358-441] 4.6e-12 PF00501
PF00501   AMP-binding
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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