Pact_00200 Pact_00200   Pact_00220 Pact_00220

Pact_00210 : CDS information

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Organism
StrainATCC 27456 (=NBRC 13433)
Entry namePactamycin
Contig
Start / Stop / Direction33,046 / 31,970 / - [in whole cluster]
33,046 / 31,970 / - [in contig]
Locationcomplement(31970..33046) [in whole cluster]
complement(31970..33046) [in contig]
TypeCDS
Length1,077 bp (358 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative 6-methylsalicylyltransferase
Product (GenBank)ketoacyl-ACP synthase
GenepctT
ptmR
Gene (GenBank)pctT
EC number
Keyword
  • 6-methylsalicylic acid
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17827660] Cloning of the pactamycin biosynthetic gene cluster and characterization of a crucial glycosyltransferase prior to a unique cyclopentane ring formation. (J Antibiot (Tokyo). , 2007)
comment
Pactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。

PctT: ketoacyl-ACP synthase

相同性より機能付けされている。
このORFの機能解析はされていない。

PctTは6-methylsalicylic acid (6-MSA)を形成に関与すると推測しており、その生合成経路は2つの仮説を立てている。
・PctK(discrete ACP)へacetyl-CoAと共にPctT(ketoacyl-ACP synthase)が運ばれpriming reactionが起こりPctS(iterative type I PKS)により6-MSAを合成。
・PctSがacetyl-CoAとself-primingし6-MSAを合成。産生した6-MSAはPctKと一緒にPctTにより活性化し6-MSA-ACPを合成。
Related Reference
ACC
B7TWM5
PmId
[19670201] Deciphering pactamycin biosynthesis and engineered production of new pactamycin analogues. (Chembiochem. , 2009)
comment
S.pactum ATCC27456のPactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。

PtmR: 3-oxoacyl-(ACP) synthase

このORF(Pact_00210)と1aa短い配列でPtmRとして登録している。PtmRの機能解析はされていない。

NBRC株にて6-MSA合成に関与するとされたPctK,T,Mに相当するORF PtmI,R,Kは6-MSAの合成ではなく3-aminoacetophenoneの側鎖形成に関与すると推測している。これに関して本文中記述なし。
ACC
Q0R4P5
NITE
Chth_00090
PmId
[19266533] Dissection of two acyl-transfer reactions centered on acyl-S-carrier protein intermediates for incorporating 5-chloro-6-methyl-O-methylsalicyclic acid into chlorothricin. (Chembiochem. , 2009)
comment
Streptomyces antibioticus
ChlB3
[DoBISCUIT]6-methylsalicylyltransferase

異種性発現、精製したChlB1 ACP domain, ChlB2, ChlB3, ChlB6を使い、ChlB1(PKS)-ACPからChlB2(ACP)への6-methylsalicyl transferがChlB3によるものであり、ChlB6ではできないことをHPLCで確認している。6-methylsalicylic acid(6-MSA)では活性が検出されないので、ChlB1(PKS)-ACPから6-MSAとして放出されることなく、直接ChlB2(ACP)へ移動される。
Conflict
Sequence
H (295..295)
Comment
conflict with B7TWM6 (delete)

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selected fasta
>putative 6-methylsalicylyltransferase [ketoacyl-ACP synthase]
MRTPGIFLAATGAYLPERTSVEDAVRRGWYERERMESCGWRNVAVADGISAPDMAVAAVR
QAVARSGLSRDDIDLLVHSCAYHQGPDGWSAPHYILRATLGTPVPALTVEQGCNAFLAAL
EMATQYLLCAPTRSGAVVSAADNFGAPSVDRWHAHRDSVLADAGAAVVLSKRSGWAELRA
VESVSLPQFEILNRGHAPIFPPALTLGKKLDMNEHLEAMVAELGPRASEIVEEYGASGTK
LVEQVASEAGITVPDLSHVLHLGAATTDFLDSHLRPMGLDASLGSVEFFRDVGHHAGAAD
VGIHLDHLACSGRLAAGDHLLMLSAGPGLMITAAVVTVLETPASHTAAPADDEGSGAW
selected fasta
>putative 6-methylsalicylyltransferase [ketoacyl-ACP synthase]
GTGAGAACACCGGGCATTTTCCTGGCAGCGACCGGGGCGTACCTCCCCGAGCGGACCAGC
GTGGAGGACGCGGTGCGGCGCGGCTGGTACGAGCGGGAACGGATGGAGTCCTGCGGCTGG
CGGAACGTCGCCGTGGCCGACGGGATATCGGCACCGGACATGGCCGTGGCCGCGGTGCGG
CAGGCGGTGGCACGCTCCGGCCTGAGCCGGGACGACATCGACCTGCTGGTGCACTCGTGC
GCCTACCACCAGGGGCCGGACGGCTGGTCGGCCCCGCACTACATCCTCCGCGCCACCCTG
GGCACCCCGGTCCCGGCGCTCACCGTGGAACAGGGGTGCAACGCGTTCCTGGCCGCGCTG
GAGATGGCCACCCAGTACCTGCTGTGCGCGCCGACGCGCAGCGGTGCCGTGGTGAGCGCC
GCCGACAACTTCGGGGCCCCGTCGGTGGACCGCTGGCACGCGCACCGGGACTCGGTGCTC
GCCGACGCGGGCGCCGCGGTGGTGCTCTCCAAGCGGTCCGGCTGGGCGGAGCTGCGGGCG
GTGGAGTCGGTCTCGCTGCCGCAGTTCGAGATCCTCAACCGCGGGCACGCCCCGATCTTC
CCGCCGGCGCTCACCCTCGGGAAGAAGCTCGACATGAACGAGCACCTGGAGGCGATGGTC
GCGGAACTGGGCCCCCGGGCGTCGGAGATCGTCGAGGAGTACGGCGCGAGCGGCACCAAG
CTGGTGGAGCAGGTGGCGAGCGAGGCCGGGATCACCGTGCCGGACCTGTCCCACGTGCTC
CACCTGGGGGCGGCCACCACCGACTTCCTCGACAGCCACCTGCGGCCGATGGGCCTGGAC
GCCTCGCTCGGGTCGGTGGAGTTCTTCCGCGACGTGGGCCACCACGCGGGCGCCGCCGAC
GTCGGCATCCACCTCGACCACCTGGCCTGCTCCGGGCGGCTGGCCGCGGGCGACCACCTG
CTGATGCTCAGCGCCGGCCCGGGACTGATGATCACCGCCGCGGTGGTGACGGTGCTGGAG
ACGCCCGCGTCCCACACGGCGGCACCGGCGGACGACGAGGGGAGCGGCGCGTGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR013747 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C-terminal (Domain)
[248-337] 8.5e-10 PF08541
PF08541   ACP_syn_III_C
IPR013751 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III (Domain)
[109-172] 1.5e-05 PF08545
PF08545   ACP_syn_III
IPR016038 Thiolase-like, subgroup (Domain)
[3-166] 5.00000000000001e-21 G3DSA:3.40.47.10 [167-174] 4.6e-14 G3DSA:3.40.47.10 [207-337] 4.6e-14 G3DSA:3.40.47.10
G3DSA:3.40.47.10   Thiolase-like_subgr
IPR016039 Thiolase-like (Domain)
[3-341] 4.19999771339581e-21 SSF53901
SSF53901   Thiolase-like
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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