Pact_00230 Pact_00230   Pact_00250 Pact_00250

Pact_00240 : CDS information

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Organism
StrainATCC 27456 (=NBRC 13433)
Entry namePactamycin
Contig
Start / Stop / Direction36,153 / 36,908 / + [in whole cluster]
36,153 / 36,908 / + [in contig]
Location36153..36908 [in whole cluster]
36153..36908 [in contig]
TypeCDS
Length756 bp (251 aa)
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Category3.3 modification reduction
Productputative oxidoreductase
Product (GenBank)putative short-chain dehydrogenase/reductase
GenepctW
ptmU
Gene (GenBank)pctW
EC number
Keyword
Note
  • The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17827660] Cloning of the pactamycin biosynthetic gene cluster and characterization of a crucial glycosyltransferase prior to a unique cyclopentane ring formation. (J Antibiot (Tokyo). , 2007)
[19670201] Deciphering pactamycin biosynthesis and engineered production of new pactamycin analogues. (Chembiochem. , 2009)
comment
[PMID:17827660]
Pactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。

PctW: dehydrogenase/reductase

相同性より機能付けされている。このORFの機能解析はされていない。相同性より、PctE(Pact_00060)やPctP(Pact_00170)の代わりにdehydrogenase reactionsに関与しているかもしれないと予測している。

PctW(Pact_00240)とPctX(Pact_00250)は翻訳の向きが上流で機能的にアサインされたorfsと反対であるためこれらはpct clusterのoutsideかもしれないとも予測している。


[PMID:19670201]
S.pactum ATCC27456のPactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。

PtmU: hydrolase or acyltransferase

PtmUの機能解析はされていない。
Related Reference
ACC
Q988B7
PmId
comment
Rhizobium loti
3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase (pldh-t)(mlr6807)

補助基質としてNAD+を利用。
mlr6807欠損株は唯一の炭素源、窒素源としてpyridoxine or pyridoxamineを含んだ培地では生育出来なかった。
mlr6807はvitamin B6 compoundsの資化に必須であり、pyridoxineのための分解経路で機能することが示された。
ACC
Q9F5J1
PmId
[11959542] Biosynthetic gene cluster of simocyclinone, a natural multihybrid antibiotic. (Antimicrob Agents Chemother. , 2002)
[12115055] Cloning and analysis of the simocyclinone biosynthetic gene cluster of Streptomyces antibioticus Tu 6040. (Arch Microbiol. , 2002)
comment
Streptomyces antibioticus
Putative 3-keto-acyl-reductase SimD2(simJ1,simD2)

[PMID:11959542]
Streptomyces antibioticus Tü6040
simocyclinone biosynthetic cluster (sim gene cluster)に含まれる。

[PMID:12115055]
Streptomyces antibioticus Tü 6040
simJ1 のmutatnt作製。simocyclinone D8 formationが完全に欠損。simJ1のmutatntはsimocyclinone D8のgenuine 8-chlor aminocoumarin moietyをcarried outする事が出来なかった。simJ1はβ-hydroxy-tyrosyl ->β-keto-tyrosyl intermediateへの形成（oxidation step）に関与すると推測している。SimJ1の機能解析はされていない。
Family/Domain
FD
IPR002198
comment
[IPR002198] Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (Domain)

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selected fasta
>putative oxidoreductase [putative short-chain dehydrogenase/reductase]
MSSRRAVAVVTGAGSGLGAAVALRLAATHDLVLTHLTEDDALAETAGRAAAAGARVLATV
PGDLTDRRTVDRLEARMAEHAEHLDVLVCNAGAYRYVPWPETSWEDIRAAVEVNLLAHIA
CIHAATPHLVARGMGRIVAISTVLTQLGRVELAPYIAAKGGLESLVRALARELGPHGITV
NAVRPGSIELSVEQRRHPDYPTWRQREFARQCIKRHGRPEDVAAAVAFLVSPEAGFITGQ
SLTVDGGWDLN
selected fasta
>putative oxidoreductase [putative short-chain dehydrogenase/reductase]
ATGTCGTCTCGCCGAGCCGTCGCCGTGGTCACCGGGGCGGGGTCGGGACTGGGCGCCGCC
GTCGCGCTGCGGCTGGCCGCCACCCATGACCTGGTACTGACCCATCTGACCGAGGACGAC
GCGCTCGCCGAGACCGCCGGGCGGGCCGCGGCGGCCGGCGCCCGGGTGCTGGCCACCGTC
CCCGGTGACCTCACCGACCGGCGGACCGTGGACCGGCTCGAAGCGCGGATGGCCGAACAC
GCCGAACACCTCGACGTCCTGGTGTGCAACGCGGGCGCCTACCGTTACGTGCCCTGGCCG
GAAACCTCCTGGGAGGACATCCGGGCGGCCGTGGAAGTCAATCTGCTGGCGCATATCGCG
TGCATACACGCCGCAACCCCGCATTTGGTGGCACGCGGAATGGGCCGCATCGTCGCGATT
TCCACGGTTCTCACCCAACTCGGACGGGTGGAACTCGCGCCGTACATTGCCGCGAAGGGT
GGACTGGAGTCACTCGTTCGTGCGCTGGCTCGCGAACTCGGGCCGCACGGCATTACAGTG
AATGCCGTTCGACCAGGGTCGATCGAGCTGAGTGTGGAACAAAGGCGCCACCCGGATTAT
CCCACCTGGCGGCAGCGCGAGTTCGCGCGGCAGTGCATCAAACGCCACGGGCGCCCGGAA
GATGTCGCGGCGGCGGTGGCCTTTCTGGTTTCCCCGGAGGCCGGATTCATCACGGGCCAG
AGTCTGACCGTGGACGGCGGGTGGGATCTCAACTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002198 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (Family)
[82-93] 3.7e-07 PR00080 [135-143] 3.7e-07 PR00080 [155-174] 3.7e-07 PR00080
PR00080   SDRFAMILY
IPR002347 Glucose/ribitol dehydrogenase (Family)
[7-24] 3.5e-34 PR00081 [82-93] 3.5e-34 PR00081 [129-145] 3.5e-34 PR00081 [155-174] 3.5e-34 PR00081 [176-193] 3.5e-34 PR00081 [212-232] 3.5e-34 PR00081
PR00081   GDHRDH
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[7-249] 1.6e-66 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   no description
SignalP No significant hit
TMHMM
[7-26] Transmembrane (i-o)
Transmembrane 1   
Pact_00230 Pact_00230   Pact_00250 Pact_00250
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