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Pact_00250 : CDS information

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Organism
StrainATCC 27456 (=NBRC 13433)
Entry namePactamycin
Contig
Start / Stop / Direction36,946 / 37,626 / + [in whole cluster]
36,946 / 37,626 / + [in contig]
Location36946..37626 [in whole cluster]
36946..37626 [in contig]
TypeCDS
Length681 bp (226 aa)
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Category5.2 function unknown
Producthistidine phosphatase family protein
Product (GenBank)putative phosphatase
GenepctX
ptmV
Gene (GenBank)pctX
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17827660] Cloning of the pactamycin biosynthetic gene cluster and characterization of a crucial glycosyltransferase prior to a unique cyclopentane ring formation. (J Antibiot (Tokyo). , 2007)
[19670201] Deciphering pactamycin biosynthesis and engineered production of new pactamycin analogues. (Chembiochem. , 2009)
comment
[PMID:17827660]
Pactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。

PctX: phosphatase

相同性より機能付けされている。
このORFの機能解析はされていない。

phosphoglycerate mutasesとホモロジーを示すことからphosphatase reactionに関与しているかもしれないと推測しているが、pactamycin生合成にこのようなphosphataseに関連した反応はない。pctX遺伝子産物はphosphatase activityの利用による転写制御システムに関与しているのかもしれないと予測している。

PctW(Pact_00240)とPctX(Pact_00250)は翻訳の向きが上流で機能的にアサインされたorfsと反対であるためこれらはpct clusterのoutsideかもしれないとも予測している。


[PMID:19670201]
S.pactum ATCC27456のPactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。

PtmV: phosphoglycerate mutase

PtmVの機能解析はされていない。
Family/Domain
FD
IPR013078
comment
[IPR013078] Histidine phosphatase superfamily, clade-1 (Domain)

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selected fasta
>histidine phosphatase family protein [putative phosphatase]
MTLMAYGEQPLTRVLLVRHAQSHASVRKVVAGAATCEGLTEHGREQAGRLAARLAAERLR
PDALLTSPVRRARETATVLAAGLGLPEPVVEPEVRELDFGAADGLSIDEYGRRHGTFDMT
AEPDRPFAPGGESWSGFRGRAGRVMGELADRYPGGTVLVVCHAGLIVAATSGLLDVAPPV
LFTDASPAATSVNEFVRSDTGWSLLRFDDAAHLEGAAGPLPGEPVR
selected fasta
>histidine phosphatase family protein [putative phosphatase]
ATGACGCTGATGGCGTACGGAGAACAACCCCTCACGCGCGTGCTGCTGGTGCGGCACGCC
CAGTCCCACGCCAGTGTCCGGAAGGTCGTGGCCGGCGCCGCGACCTGCGAGGGCCTCACG
GAACACGGCCGTGAACAGGCCGGACGCCTGGCCGCCCGGCTGGCCGCCGAACGGCTGCGC
CCGGACGCCCTGCTGACCAGCCCGGTCCGCCGGGCCCGGGAGACCGCCACCGTCCTCGCG
GCCGGCCTCGGCCTGCCGGAACCGGTGGTCGAGCCCGAGGTGCGGGAACTGGACTTCGGC
GCGGCGGACGGCCTGTCGATCGACGAGTACGGCCGCCGCCACGGCACCTTCGACATGACC
GCCGAGCCCGACCGGCCCTTCGCCCCCGGCGGCGAGAGCTGGTCCGGGTTCCGCGGCCGG
GCCGGCCGGGTGATGGGCGAGCTGGCCGACCGGTACCCGGGCGGCACCGTCCTGGTGGTC
TGCCACGCCGGCCTCATCGTCGCCGCCACCTCCGGGCTGCTGGACGTCGCCCCGCCGGTC
CTCTTCACCGACGCCTCCCCGGCCGCCACGTCCGTCAACGAGTTCGTCCGCTCCGACACC
GGCTGGAGCCTGCTCCGGTTCGACGACGCCGCGCACCTGGAAGGAGCCGCCGGGCCGCTG
CCGGGCGAACCGGTGCGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR013078 Histidine phosphatase superfamily, clade-1 (Domain)
[13-166] 4.40000000000001e-26 PF00300
PF00300   His_Phos_1
[13-169] 9.30000048475975e-18 SM00855
SM00855   PGAM
SignalP
[1-24] 0.212 Signal
Bacteria, Gram-negative   
[1-33] 0.303 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
Pact_00240 Pact_00240   Pact_00260 Pact_00260
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