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Pladi_00080 : CDS information

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Organism
StrainMer-11107
Entry namePladienolide
Contig
Start / Stop / Direction72,725 / 70,017 / - [in whole cluster]
72,725 / 70,017 / - [in contig]
Locationcomplement(70017..72725) [in whole cluster]
complement(70017..72725) [in contig]
TypeCDS
Length2,709 bp (902 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
ProductLuxR family transcriptional activator
Product (GenBank)transcriptional regulator
Gene
Gene (GenBank)pldR
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18997414] Organization of the biosynthetic gene cluster for the polyketide antitumor macrolide, pladienolide, in Streptomyces platensis Mer-11107. (Biosci Biotechnol Biochem. , 2008)
[20133795] Genome-minimized Streptomyces host for the heterologous expression of secondary metabolism. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2010)
comment
[PMID: 18997414](2008)
Streptomyces platensis Mer-11107におけるpladienolide biosynthetic gene clusterに関する文献。
PldR(902 aa): putative transcriptional regulator (LuxR family)

pldR 自体の機能実験は行われておらず、相同性よりLAL(Large ATP-binding regulators of the LuxR family)に属するtranscriptional regulatorとして機能すると予想している。

---
[PMID: 20133795](2010)
S. avermitilisを使った異種発現用ホストの検討。
streptomycin, cephamycin C, pladienolideのclusterを発現させている。

pladienolide生合成clusterの発現は、ermE promoter下でtranscriptional activator pldRを過剰発現しないと産物を得られない。これはS. avermitilis内にpldRを活性化する適切なregulatorがないためと考えられている。
Related Reference
ACC
Q9S0N8
NITE
Aver_00010
PmId
[10449723] Organization of the biosynthetic gene cluster for the polyketide anthelmintic macrolide avermectin in Streptomyces avermitilis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1999)
[19148632] Characterization of a regulatory gene, aveR, for the biosynthesis of avermectin in Streptomyces avermitilis. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2009)
[20012992] The pathway-specific regulator AveR from Streptomyces avermitilis positively regulates avermectin production while it negatively affects oligomycin biosynthesis. (Mol Genet Genomics. , 2010)
comment
6th, id37%, 1e-125
Streptomyces avermitilis_aveR
LuxR-family transcriptional regulator
avermectinにはpositiveに、oligomycinにはnegativeに作用するregulator.

--
[PMID:10449723](1999)
avermectin生合成gene clusterの報告。
AveR: positive regulator

aveR mutantsの表現型、DNA segmentsを導入することによるその相補特性、helix-turn-helix motifを持つタンパクへの配列類似から、AveRがpotential regulatory functionを持つことが示される。

---
[PMID: 19148632](2009)abstract
aveR 不活化mutantは、avermectin中間体をいかなるavermectin派生体にも変換できない。よってAveRは、avermectinの生合成遺伝子と修飾遺伝子の両方の発現を調節するpositive regulatorであることが示唆された。
また、多量のaveRはavermectinの完全な損失をもたらすことから、aveRには最高許容限界濃度がある。

---
[PMID: 20012992](2010)abstract
aveR deletion mutantはavermectin産生を消失し、oligomycin産生が増える。この表現型はaveR geneのsingle copyによって相補された。

AveRのC末HTH domainの除去はavermectin生合成を消失。
ave clusterとolm clusterの両方のpredicted promoter regionsがAveRのtarget sitesであり、AveRのDNA-binding activityはHTH domainに依存的である。
aveの構造遺伝子の転写はAveRに依存的であるが、olmの構造遺伝子とputative pathway-specific regulatory genesの転写はaveR mutantsで増える。

avermectin PKS_AVES1をコードするaveA1の転写がAveRによって活性化される。
aveRの過剰発現でavermectin産生増加。

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selected fasta
>LuxR family transcriptional activator [transcriptional regulator]
MHLFGRDSELDLLKSLLVECEIGKAVTVVLEGGAYCGKSELLVNFGEHVKASGAVVVNAR
DLGFDNVPRMSSMSSAQTAEFVEFCGRLEALADRSPVVVCLDDLQDLDSLSWRWLLEATR
ARLRSSRLMLIVVQALRTSLGPEFHCELLRQPNLHRIALRPMTRDHVVDLVGALEGRPAE
DTFLDDVFRLSGGNPLLVRALLEEHRVRNAAGQTAPWPAADGLFAQAAVNCVQGNDPAVV
SLATGIAVLGEDSRPELLEELLGLNAAEIARGILALASAGLVDGYRFQHPLVERATLNII
GPKQRAELRHRAAELLSRHGVGSRTIARHLLEAGSATEPWHVGALRHAAEEALDSDDAEQ
AGAYLELAHDASTDSWERGHIRLKRALVRWRVDPCSVERHHLDGYCGERAPGPELCPVDA
VLLIQLLVSLGRVEEAGELLREVRPTLRGLRSTTDLTVVGNTWLWFFPPMTGMPAAWCAG
SRALADGLSGKDCADGTSRSDALGALATWIKELGRKPGDIQDSEKLLRTTPLSDMTLSLI
LTELNSLTRVGRLDLAATWCDVFLKNATVRGIPGWQRLFAAVRADIALRQGKLTEAETFA
WMSLDGLAEPSSTWLHGGPLTVLMTVYTEMGRYKDVAHLLDRPVPEALFRSVYGLPYLRA
RGHYALAVNRPHLALSDFLSIGRLAERWGLAPSAELPWQVDSAHAWLRLNDREQAERMLA
EYDSATAGIGAATDGAVLRVRAMFAEPGERTRLLIQAAERLQETGDRLQLAKVLADLAST
YEELGVGRRADAIRHMARQIAGDCSAEVPSEPIGSSHRPSPEGGMSSALEFRGADVGANL
SESERRVAALAAKGLTNREISAKLFITMSTVEQHLTRVYRKLDITRREELPLELQLALPQ
TA
selected fasta
>LuxR family transcriptional activator [transcriptional regulator]
ATGCATCTCTTCGGGCGGGACTCGGAACTTGATCTACTGAAATCCTTGCTTGTCGAATGC
GAGATCGGCAAGGCTGTGACCGTGGTATTGGAGGGCGGTGCCTACTGCGGGAAAAGCGAA
TTACTGGTAAATTTCGGCGAGCATGTGAAGGCCTCCGGAGCGGTCGTGGTGAACGCCCGC
GACCTTGGATTCGACAATGTTCCCAGGATGAGCTCGATGAGTTCGGCACAAACCGCCGAG
TTCGTGGAGTTCTGCGGCCGACTCGAGGCCCTGGCCGACCGGTCACCGGTGGTCGTCTGC
CTCGACGACCTACAGGATCTCGACAGCCTGAGCTGGCGCTGGCTGCTGGAGGCCACACGG
GCCAGGCTCCGGTCCAGCAGGCTGATGCTGATCGTCGTACAGGCACTCCGCACATCACTC
GGGCCGGAGTTCCACTGCGAGCTCCTGCGGCAGCCCAATCTCCACCGGATCGCGCTGCGC
CCAATGACCCGGGACCATGTCGTCGACCTGGTCGGCGCCCTGGAGGGCCGGCCGGCGGAG
GACACCTTCCTGGACGACGTGTTCCGGCTGAGCGGCGGCAACCCCCTGCTCGTGCGGGCG
CTGTTGGAAGAACACCGGGTCCGCAACGCCGCAGGCCAAACCGCCCCGTGGCCTGCCGCC
GACGGCCTCTTCGCGCAGGCCGCGGTCAACTGCGTGCAGGGCAACGACCCCGCGGTGGTG
TCCCTCGCCACCGGCATCGCGGTCCTGGGCGAGGACTCCAGGCCGGAACTGTTGGAGGAG
CTGCTCGGGCTGAACGCCGCCGAGATCGCGCGCGGTATCCTTGCGTTGGCCTCGGCCGGA
CTGGTCGACGGCTACCGTTTCCAGCACCCCTTGGTCGAGCGCGCGACCCTGAACATCATC
GGCCCCAAGCAGCGCGCCGAACTGCGCCACCGGGCCGCGGAACTGCTGAGTCGGCACGGC
GTCGGCAGCCGTACGATCGCCCGCCACCTGCTCGAAGCGGGCTCGGCGACGGAACCCTGG
CATGTGGGAGCCCTGCGGCACGCCGCCGAGGAGGCGTTGGACTCGGACGACGCCGAACAG
GCCGGCGCGTACCTCGAACTGGCCCATGACGCCTCCACCGACTCCTGGGAGCGGGGCCAC
ATCCGCCTGAAGCGGGCACTCGTCAGGTGGCGCGTCGACCCCTGTTCCGTCGAACGCCAC
CATCTCGACGGCTACTGCGGGGAGCGGGCACCGGGACCCGAGCTCTGCCCCGTCGATGCC
GTTCTGCTGATCCAACTGCTGGTCAGCCTGGGCCGCGTGGAGGAAGCGGGAGAACTGCTG
CGGGAGGTACGGCCCACCCTGCGCGGTCTTCGCAGTACAACGGACCTGACGGTCGTCGGC
AACACGTGGCTGTGGTTCTTCCCCCCGATGACCGGCATGCCGGCGGCCTGGTGTGCCGGA
TCCCGCGCTCTGGCGGACGGTCTGTCCGGAAAGGACTGCGCCGATGGCACCTCCCGCAGC
GACGCGCTGGGGGCGCTGGCCACTTGGATCAAGGAGCTGGGACGCAAGCCCGGGGATATC
CAGGACTCGGAGAAACTGCTGCGGACCACGCCGCTGTCCGACATGACGCTCAGCCTCATC
CTCACCGAGCTGAACTCGCTCACGCGGGTCGGCCGGCTGGATCTGGCGGCTACGTGGTGC
GACGTTTTCCTGAAGAACGCGACCGTGCGGGGTATCCCGGGCTGGCAACGGCTGTTCGCC
GCCGTGCGAGCCGATATCGCGCTGAGACAGGGCAAGCTGACCGAGGCCGAGACGTTCGCA
TGGATGTCCCTGGACGGCCTCGCCGAACCGTCCAGCACCTGGCTGCACGGCGGCCCGCTG
ACCGTCCTGATGACTGTCTACACCGAGATGGGACGTTACAAGGACGTCGCTCATCTGCTG
GACCGCCCGGTTCCCGAGGCGCTGTTCCGGAGTGTCTACGGGCTCCCGTATCTCCGTGCC
CGCGGCCACTACGCCCTGGCCGTCAACCGGCCCCACCTCGCGCTCTCCGACTTCCTCAGC
ATCGGCCGGCTCGCGGAGCGCTGGGGTCTGGCTCCGTCGGCAGAACTGCCCTGGCAGGTG
GACTCCGCCCATGCCTGGCTCCGGCTCAACGATCGGGAGCAGGCGGAACGGATGCTGGCC
GAGTACGACAGCGCGACGGCCGGCATAGGCGCGGCGACGGACGGTGCAGTGCTGCGCGTC
CGCGCGATGTTCGCCGAGCCGGGCGAACGGACACGACTGCTCATCCAGGCTGCCGAGCGG
TTACAGGAGACCGGGGACCGGCTGCAACTGGCCAAGGTCCTCGCTGACCTGGCGTCCACC
TACGAGGAACTGGGCGTGGGCAGGCGTGCCGACGCCATCCGCCATATGGCGCGGCAGATC
GCAGGCGATTGCAGTGCGGAGGTCCCGTCCGAGCCGATCGGCTCCAGCCATCGTCCCTCC
CCCGAGGGTGGCATGTCCTCGGCGCTCGAATTCCGCGGAGCGGACGTCGGCGCCAATCTG
AGCGAGTCCGAGCGCCGAGTTGCCGCACTGGCGGCCAAGGGTCTGACCAACCGTGAAATC
TCGGCCAAGTTGTTCATCACGATGAGCACGGTGGAGCAGCACCTGACCCGCGTGTACCGC
AAGCTCGACATCACCCGCCGGGAGGAGTTGCCTCTCGAGCTCCAGCTGGCCCTGCCCCAG
ACGGCATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000792 Transcription regulator LuxR, C-terminal (Domain)
[840-854] 2.19999900980708e-09 PR00038 [854-870] 2.19999900980708e-09 PR00038 [870-882] 2.19999900980708e-09 PR00038
PR00038   HTHLUXR
[833-898] PS50043
PS50043   HTH_LUXR_2
[854-881] PS00622
PS00622   HTH_LUXR_1
[838-890] 7.59999999999999e-13 PF00196
PF00196   GerE
[837-894] 1.50000306971104e-20 SM00421
SM00421   HTH_LUXR
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[838-890] 4.5e-18 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[818-890] 3.70000251046782e-14 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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