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Polk_00360 : CDS information

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Organism
StrainTü6028
Entry namePolyketomycin
Contig
Start / Stop / Direction44,497 / 43,553 / - [in whole cluster]
44,497 / 43,553 / - [in contig]
Locationcomplement(43553..44497) [in whole cluster]
complement(43553..44497) [in contig]
TypeCDS
Length945 bp (314 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative cyclase/dehydratase
Product (GenBank)PokC3
Gene
Gene (GenBank)pokC3
EC number
Keyword
  • 1st ring
  • unreduced polyketide
Note
Note (GenBank)
  • putative aromatase
Reference
ACC
PmId
[19266534] Organisation of the biosynthetic gene cluster and tailoring enzymes in the biosynthesis of the tetracyclic quinone glycoside antibiotic polyketomycin. (Chembiochem. , 2009)
comment
polyketomycin生合成clusterの解析論文。

機能推定は配列解析から。
pokC3: aromatase

pok clusterには環化に先立つKR候補が見られない。
polyketomycinは非還元polyketideから環化が起こると提唱されている。
Related Reference
ACC
Q2PA00
NITE
Stref_00150
PmId
[16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006)
comment
Blast 2nd, id51%, 5e-75
Streptomyces steffisburgensis_stfQ
Aromatase

steffimycin生合成gene clusterのクローニング、特徴づけ。
36ORFsが見つかり、そのうち24ORFsを含む26.5 kb領域がおそらくsteffimycin生合成に関連する。

配列解析からの機能推定。
stfQ: Aromatase

stfP,K,S(minmal PKS), stfQ(aromatase), stfY(CYC), stfOI(oxygenase), stfX(?), and stfT(C7 KR) genesを含んでいるpEM4KSEHをS.albusに導入し、異種性にsteffimycin中間体(2-O-demethyl-8-demethoxy-10-deoxysteffimycinone)が形成されることを確認している。

steffimycinは非還元polyketideから1st ringを形成すると提唱されている。
ACC
Q54221
NITE
Griseu_00050
PmId
[8169211] Cloning, sequencing, and analysis of the griseusin polyketide synthase gene cluster from Streptomyces griseus. (J Bacteriol. , 1994)
[9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997)
[10467128] Heterologous expression, purification, reconstitution and kinetic analysis of an extended type II polyketide synthase. (Chem Biol. , 1999)
comment
Blast 15th, id36%, 2e-46
Streptomyces griseus
Putative cyclase/dehydrase

---
[PMID: 8169211](1994)
griseusin PKS gene clusterの報告。
ORF4 for a cyclase-dehydrase

actVII領域との比較によりcyclaseと推定される。
act PKS genesに対応しているORF1-ORF4までの5ORFsを2回組み換えしてermEにすると、griseucinA, Bを産生しない。

--
[PMID: 9195917](1997)
TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。
monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。
didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。

gris ARO/CYCのC末domainはaromtase活性がない状況で発現されたときtetracenomycin (tcm) minimal PKSの鎖長特異性を変調し、予想された20C産物に加えて、新規の18C産物の形成を導いた。

--
[PMID: 10467128](1999) abstract
act minimal PKS + act KR + gris ARO/CYCで構成された拡張PKSが、act minimal PKS + act KR または act minimal PKSのみより高い代謝回転数を持つことが明らかになった。

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selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [PokC3]
MEGTPVVNTQAPVGESVVVDAPAKVVLDLITDPDPLHYLSPSVVHADRTARGGAQDSVTI
WTITDDERVWSRTQDRTLDADGLRVSFEDTPESSLAGVRGAWVLRAVSEDKTEIELRQDT
SALTSPEDLARAESARSDLLSTVAYAAANRQELSDLVVDFRDPLFAAGSAEDAYRILYEA
DRWPERLAHVSRIDMTEDVPGIQFFDMDTTTSDGAPHTTRSVRICFPHSKIVYKQIGLPA
LLDAHTGHWLFTPTREGIVVESRHVAVIKPSALPILGEGTTVEDARRYLRRVLSTNSMTN
LRLSKEFAEEQARA
selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [PokC3]
GTGGAAGGAACACCAGTGGTCAACACCCAAGCCCCCGTGGGCGAATCGGTCGTCGTCGAC
GCGCCGGCGAAGGTCGTCCTCGACCTGATCACCGATCCCGATCCGCTGCACTACCTCTCC
CCCTCCGTCGTCCACGCGGACCGGACCGCCCGGGGCGGGGCGCAGGACTCCGTGACGATC
TGGACCATCACCGACGACGAGCGGGTGTGGTCCCGCACCCAGGACCGCACGCTGGACGCC
GACGGCCTGCGGGTCTCGTTCGAGGACACGCCCGAGTCCTCGCTCGCCGGTGTGCGCGGC
GCGTGGGTGCTGCGCGCGGTCTCGGAGGACAAGACCGAGATCGAGCTGCGGCAGGACACG
AGCGCGCTGACCTCCCCCGAGGACCTCGCTCGTGCGGAGTCGGCACGCTCCGACCTGCTG
TCGACGGTGGCGTACGCCGCCGCGAACCGGCAGGAACTGTCCGACCTGGTCGTCGACTTC
CGGGACCCGCTGTTCGCCGCGGGGTCCGCCGAGGACGCGTACCGGATCCTGTACGAGGCC
GATCGCTGGCCCGAGCGGCTCGCCCACGTCTCCCGGATCGACATGACCGAGGACGTGCCC
GGCATCCAGTTCTTCGACATGGACACCACGACGTCCGACGGCGCCCCGCACACGACCCGT
TCGGTGCGGATCTGCTTCCCGCACTCCAAGATCGTCTACAAGCAGATCGGGCTGCCGGCG
CTGCTGGACGCGCACACCGGGCACTGGCTGTTCACCCCGACCCGGGAGGGCATCGTCGTC
GAGTCGCGGCACGTCGCCGTCATCAAGCCGTCGGCGCTGCCGATCCTCGGCGAGGGCACC
ACGGTCGAGGACGCACGCCGCTATCTGCGCCGGGTGCTGAGCACCAACTCCATGACCAAC
CTGCGGCTGTCCAAGGAGTTCGCGGAGGAGCAGGCGCGTGCGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family)
[14-135] 1.2e-08 PF10604
PF10604   Polyketide_cyc2
SignalP
[1-23] 0.125 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-46] 0.054 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Polk_00350 Polk_00350   Polk_00370 Polk_00370
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