Pyrlo_00090 : CDS information

Location

Organism	Actinosporangium vitaminophilum
Strain	ATCC 31673 (=NBRC 14294)
Entry name	Pyrrolomycin
Contig	EF140901
Start / Stop / Direction	10,788 / 11,351 / + [in whole cluster] 10,788 / 11,351 / + [in contig]
Location	10788..11351 [in whole cluster] 10788..11351 [in contig]
Type	CDS
Length	564 bp (187 aa)

Annotation

Category	3.3 modification reduction
Product	putative flavin reductase
Product (GenBank)	flavin reductase
Gene
Gene (GenBank)	pyr9
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC A3R4Q0 PmId [17158935] Cloning and characterization of the pyrrolomycin biosynthetic gene clusters from Actinosporangium vitaminophilum ATCC 31673 and Streptomyces sp. strain UC 11065. (Antimicrob Agents Chemother. , 2007) comment pyrrolomycin biosynthetic gene clustersに関する文献。 pyr9(584 a.a.): flavin reductase pyr9自体の機能実験は行われていないが、相同性よりflavin reductaseと予測し、halogenasesへFADH2を供給している可能性を記している。
Related Reference	ACC Q02058 NITE Actino_00230 PmId [7615536] Identification of a flavin:NADH oxidoreductase involved in the biosynthesis of actinorhodin. Purification and characterization of the recombinant enzyme. (J Biol Chem. , 1995) [18245777] Mechanism and regulation of the Two-component FMN-dependent monooxygenase ActVA-ActVB from Streptomyces coelicolor. (J Biol Chem. , 2008) [19246012] Biosynthesis of actinorhodin and related antibiotics: discovery of alternative routes for quinone formation encoded in the act gene cluster. (Chem Biol. , 2009) [22086671] Epoxyquinone formation catalyzed by a two-component flavin-dependent monooxygenase involved in biosynthesis of the antibiotic actinorhodin. (Chembiochem. , 2011) comment <Actinorhodin polyketide dimerase(actVB), BLAST list外, id=30%> [Actino_00230]NADH-dependent FMN reductase -- [PMID:7615536](1995) ActVB の機能同定論文。 ActVB proteinはflavin:NADH oxidoreductaseであると示されている。 -- [PMID:18245777](2008) ActVA-ORF5/ActVB systemの論文を複数出しているValton J.らの報告。 ActVA-ORF5はActVBとFMN-dependent two-component monooxygenase systemを構成する。 ActVA-ORF5は還元型flavinを利用するmonooxygenase。 AvtVBはNADH:flavin oxidoreductaseで、ActVA-ORF5に還元型FMNを供給する。 ActVA-ORF5/ActVB systemはdihydrokalafunginのhydroxylationを触媒。 ActVBが還元型FMNの移動を調節して、monooxygenase活性を調節しうる。 -- [PMID:19246012](2009) actinorhodinで多く論文を出しているIchinose K.らの報告。 deletion mutantでvivo表現型確認。 emodinanthroneを基質としてvitro活性測定。 ActVA-ORF6よりActVA-ORF5/ActVBのほうがKm値が低い＝親和性高い。 ActVA-ORF5/ActVB systemはC-8 hydroxylationに関与すると考えられていたが、BIQs生合成clustersに共通する遺伝子であることから、共通の反応である quinone形成におけるC-6 oxygenationを担うことが示されている。 ActVA-ORF6もこの反応を担うが、ActVA-ORF5/ActVB systemがメインルート。 6-deoxy-dihydrokalafungin → dihydrokalafungin(DHK) また、ActVA-ORF5/ActVB systemはkalafunginを基質として化合物X, Yを形成。分子量からoxygenated moleculesと推定される。よって、actinorhodin生合成経路における正しい基質は不明だが、追加的oxygenation活性がある。この結果もふまえ、C-8 hydroxylaseとしての割り当ては反証されない。 -- [PMID:22086671](2011) vitroでActVA-ORF5/ActVB systemは、dihydrokalafungin (actinorhodin生合成中間体)から酸化的ラクトン化を通して自発的に形成されるkalafunginに対し、追加的 epoxyquinone-forming activityを持つ。反応産物として、(5S,14R)-epoxykalafungin and (5R,14S)-epoxykalafunginが形成される。
Family/Domain	FD IPR002563 comment [IPR002563] Flavin reductase-like, FMN-binding (Domain) Function GO:0010181 FMN binding GO:0016491 oxidoreductase activity GO:0042602 flavin reductase activity

Sequence

>putative flavin reductase [flavin reductase]
MTLQAHTLTAVPPDDFTEPLPSVDIQTFRFVMGSFASGVSVVTTIDKQDQPRGLTCSAIC
SVSLDPPLLLSSVSNHSGTLESILTTGKFAVNILGSQGQAVSQLFASGAEDKFERVSWEP
GPMTGSPVLQVTVAHAECELYNAVEAGDHTLLIGRLVSGSTEQDRMPLAYWRGSYGRLDQ
ETAPRAS

>putative flavin reductase [flavin reductase]
ATGACGCTCCAAGCACACACCCTGACCGCCGTTCCGCCCGACGACTTCACCGAACCCCTG
CCCTCGGTGGACATCCAGACGTTCCGCTTCGTCATGGGCTCCTTCGCCAGCGGCGTCTCC
GTGGTGACCACCATCGACAAGCAGGACCAGCCACGGGGACTGACCTGCTCGGCGATCTGC
AGTGTCTCCCTGGACCCGCCGCTGCTGCTGTCCAGTGTCAGCAACCACAGCGGCACCCTC
GAGTCGATCCTGACCACCGGCAAGTTCGCGGTGAACATCCTCGGCTCCCAGGGCCAGGCC
GTGTCCCAGTTGTTCGCCTCGGGTGCGGAGGACAAGTTCGAGCGGGTGAGCTGGGAGCCG
GGCCCGATGACCGGCAGCCCGGTGTTGCAGGTGACCGTGGCCCACGCGGAGTGCGAGCTG
TACAACGCCGTGGAGGCCGGTGACCACACACTGCTGATCGGCCGCCTGGTCAGCGGCAGC
ACCGAGCAGGACCGGATGCCGTTGGCCTACTGGCGCGGCTCCTACGGCCGGCTCGACCAG
GAGACCGCGCCGCGGGCGTCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002563 Flavin reductase-like, FMN-binding (Domain) PF01613 Flavin_Reduct SM00903 Flavin_Reduct IPR009002 FMN-binding split barrel-related (Domain) SSF50475 FMN_binding IPR012349 FMN-binding split barrel (Domain) G3DSA:2.30.110.10 PNPOx_FMN_bd
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Pyrlo_00080 Pyrlo_00100