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Pyrlo_00170 : CDS information

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Organism
StrainATCC 31673 (=NBRC 14294)
Entry namePyrrolomycin
Contig
Start / Stop / Direction20,429 / 22,087 / + [in whole cluster]
20,429 / 22,087 / + [in contig]
Location20429..22087 [in whole cluster]
20429..22087 [in contig]
TypeCDS
Length1,659 bp (552 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative halogenase
Product (GenBank)halogenase
Gene
Gene (GenBank)pyr17
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17158935] Cloning and characterization of the pyrrolomycin biosynthetic gene clusters from Actinosporangium vitaminophilum ATCC 31673 and Streptomyces sp. strain UC 11065. (Antimicrob Agents Chemother. , 2007)
comment
pyrrolomycin biosynthetic gene clustersに関する文献。

pyr17(552 a.a.): halogenase

pyr17自体の機能実験は行われていないが、相同性よりhalogenaseと予測している。
通常のhalogenaseに存在する2つのmotifも保存されている。

Pyr16はPyr17と共に、全てのpyrrolomycinに存在する2,4-dichlorophenol moietyの形成や、pyrrolomycinD, Jのpyrrole環に見られる第三のchlorine原子を導入するために必要とされることが予想されている。
Related Reference
ACC
Q71ME2
PmId
[15321684] A novel halogenase gene from the pentachloropseudilin producer Actinoplanes sp. ATCC 33002 and detection of in vitro halogenase activity. (FEMS Microbiol Lett. , 2004)
comment
<Halogenase A(halB), Actinoplanes sp. ATCC 33002, BLAST 3; id=59%>

halBの遺伝子をPseudomonas aureofaciens ACNにおいて発現させて、chlorinating activityをin vitroで確認している。
ACC
Q9X3Q8
NITE
Pyolu_00010
PmId
[10094695] Characterization of the pyoluteorin biosynthetic gene cluster of Pseudomonas fluorescens Pf-5. (J Bacteriol. , 1999)
[16162666] Dichlorination of a pyrrolyl-S-carrier protein by FADH2-dependent halogenase PltA during pyoluteorin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2005)
comment
Blast 77th, id30%, 4e-69
Pseudomonas fluorescens_pltM
Putative halogenase

---
[PMID: 10094695](1999)
pyoluteorin生合成clusterの5'側 pltM-pltGについての論文
pltM: halogenase @pyrrole chlorination

PltA, PltD, and PltMは、二次代謝産物をchlorinateするhalogenase enzymesの新しいクラスに属する。
(fig5では、PKSに取り込まれる前のstarter unit prolineがchlorinateされる経路も示されている。)

NADH cofactor bindingに必要な構造を担うmotifをPltAとPltMは持っているが、PltDは持っていない。
pltMはRBSが見当たらず、上流pltRとoverlapもあることから、pltMとpltRは翻訳共役であると考えられる。

pltMを挿入不活化するとpyoluteorin産生されないので、PltMはpyoluteorin合成に必須。

---
[PMID: 16162666](2005)
PltAとPltMについて検討しているが、pyrrole環のdichlorinationはPltAのみで実行され、PltMは関係しないことが確認されている。PltMの生理学的役割は不明なまま。

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selected fasta
>putative halogenase [halogenase]
MISKANRFDVAIIGAGMGGSMLGAALARNGVKVLLIDGGIHPRFAVGEATIPYTNVSQRI
IAARYNLPELTTLCTLEDCTKAIGPTFGTKTHFGFLRHEQGKPQNPRETNEFHTPGLLHE
AHHLYRQDVDAFVFHLAVRCGCTPLQNWRVADVDFDGSGASLHGEDGSEYRARYVVDASG
YRSPLAKKFNLRDEIPKYKHHSRSMFTHVAGITHTDDLWPDRKPEYVPPVPWYEGTVHHM
FNRGWGWVIGFDNTPLSRNPLCSIGLTVDPRVWPKDPSLSVQEDFDRITGLFPDIKRQYA
GVTPVREWVSTDRLQYSSKQTVGDRWCLLSHAAAFIDPLFSYGLANTGDAVNKLAWRLIR
ACKDDDFSAERFDHIEQWQQARFHYNDEIVNSGFTAFDHFELWKAVFRVWVWGNNYGTFR
ARAGLTKFEQDGNDQHLRDLEKGQYLGYDWPDHEGFKHLFDTMVRNIDAFEAGKITADDA
AEEMWAVLEEVNFMPKPFGFQDRSVHFMSPKPPVIAKTAVWLARHGDPTVRKMLLKSGRQ
AIKLRLTNRKIF
selected fasta
>putative halogenase [halogenase]
ATGATCTCGAAGGCCAACAGGTTCGACGTCGCCATCATAGGCGCCGGCATGGGCGGCTCG
ATGCTGGGCGCCGCTCTCGCCCGCAACGGCGTCAAGGTCCTGCTGATAGACGGCGGCATA
CACCCCCGGTTCGCCGTTGGTGAGGCGACGATCCCCTACACCAACGTCTCCCAGCGCATC
ATCGCCGCGCGGTACAACCTCCCCGAGCTGACCACCCTGTGCACCCTCGAGGACTGCACC
AAGGCGATCGGCCCGACGTTCGGCACCAAGACCCACTTCGGCTTCCTGCGGCACGAGCAG
GGCAAGCCGCAGAACCCGCGGGAGACCAACGAGTTCCACACCCCCGGGCTGCTGCACGAG
GCCCACCACCTGTACCGGCAGGACGTGGACGCCTTCGTGTTCCACCTGGCGGTGCGCTGC
GGGTGCACCCCGCTGCAGAACTGGCGCGTCGCCGACGTGGACTTCGACGGGTCGGGCGCG
AGCCTGCACGGCGAGGACGGCTCGGAGTACCGGGCGCGCTACGTGGTGGACGCCAGTGGC
TACCGTTCGCCCCTGGCGAAGAAGTTCAACCTGCGCGACGAGATCCCCAAGTACAAGCAC
CACTCGCGGTCGATGTTCACCCACGTCGCCGGGATCACGCACACCGACGACCTGTGGCCG
GACCGCAAGCCGGAGTACGTGCCGCCGGTTCCGTGGTACGAGGGCACCGTCCACCACATG
TTCAACCGTGGTTGGGGGTGGGTCATCGGGTTCGACAACACCCCGCTGTCCCGGAACCCG
CTGTGCTCCATCGGTCTGACCGTGGACCCGCGGGTGTGGCCCAAGGACCCCAGCCTCTCC
GTCCAGGAGGACTTCGACCGGATCACCGGGCTCTTCCCGGACATCAAGCGGCAGTACGCC
GGGGTCACCCCGGTCCGCGAATGGGTTTCCACGGACCGCCTCCAGTACTCCTCGAAGCAG
ACCGTCGGTGACCGCTGGTGCCTGCTGTCGCACGCCGCGGCCTTTATCGACCCGCTGTTC
TCGTACGGTCTGGCCAACACCGGCGACGCGGTGAACAAGCTGGCCTGGCGGCTCATCCGG
GCCTGCAAGGACGACGACTTCTCCGCGGAGCGCTTCGACCACATCGAGCAGTGGCAGCAG
GCCCGCTTCCACTACAACGACGAGATCGTCAACTCCGGTTTCACCGCGTTCGACCACTTC
GAGCTCTGGAAGGCCGTCTTCCGGGTCTGGGTGTGGGGCAACAACTACGGCACCTTCCGG
GCGCGGGCCGGGCTGACCAAGTTCGAGCAGGACGGCAACGACCAGCACCTGCGGGACCTG
GAGAAGGGCCAGTACCTGGGTTACGACTGGCCGGACCACGAGGGCTTCAAGCACCTGTTC
GACACCATGGTGCGGAACATCGACGCCTTCGAGGCCGGGAAGATCACCGCGGACGACGCG
GCCGAGGAGATGTGGGCGGTGCTGGAGGAGGTCAACTTCATGCCCAAGCCCTTCGGCTTC
CAGGACCGCTCGGTGCACTTCATGAGCCCCAAGCCGCCGGTCATCGCCAAGACCGCGGTC
TGGCTCGCCCGGCACGGTGACCCCACCGTCCGCAAGATGCTGCTCAAGAGCGGTCGGCAG
GCCATCAAGCTCCGGCTGACCAACCGCAAGATCTTCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003042 Aromatic-ring hydroxylase-like (Domain)
[9-31] 3.99999861686541e-08 PR00420 [171-186] 3.99999861686541e-08 PR00420
PR00420   RNGMNOXGNASE
IPR006905 Tryptophan halogenase (Family)
[9-57] 7.4e-05 PF04820 [117-376] 1.7e-07 PF04820
PF04820   Trp_halogenase
SignalP
[1-27] 0.97 Signal
Bacteria, Gram-negative   
[1-27] 0.782 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
Pyrlo_00160 Pyrlo_00160   Pyrlo_00180 Pyrlo_00180
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