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R1128_00030 : CDS information

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Organism
StrainR1128
Entry nameR1128
Contig
Start / Stop / Direction3,067 / 4,113 / + [in whole cluster]
3,067 / 4,113 / + [in contig]
Location3067..4113 [in whole cluster]
3067..4113 [in contig]
TypeCDS
Length1,047 bp (348 aa)
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Category1.4 Other
Productacyl-ACP thioesterase
Product (GenBank)acyl transferase
Gene
Gene (GenBank)zhuC
EC number
Keyword
  • type II thioesterase
  • non-acetate starter unit
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[10931852] Cloning, nucleotide sequence, and heterologous expression of the biosynthetic gene cluster for R1128, a non-steroidal estrogen receptor antagonist. Insights into an unusual priming mechanism. (J Biol Chem. , 2000)
[15260498] The acyltransferase homologue from the initiation module of the R1128 polyketide synthase is an acyl-ACP thioesterase that edits acetyl primer units. (Biochemistry. , 2004)
comment
[PMID:10931852](2000)
R1128 gene clusterがあると予測されるStreptomyces sp. R1128の40kb領域をS.lividans K4-114で異種性発現し、産物としてR1128Cと新規産物HU235を検出。
この領域をシークエンスして、生合成genesがすべて含まれていそうな17kb領域をサブクローニング、oligonucleotide walkingして正確な配列を得た。

zhuC: Acyl transferase(AT)
機能提唱は配列解析に基づく。

--
[PMID:15260498](2004)
tcm minimal PKS genesとの発現でZhuCの役割を確認。
tcm minimal PKSは非acetateなacyl基で直接primeされることができる。
ZhuCがあるとacetate-primed decaketides合成がなくなり、hexanoyl-primed octaketides合成のみになる。
ZhuCは、hexanoyl- and octanoyl-ACPより100倍よい特異性をacetyl- and propionyl-ACPに持つ。
ZhuCはacyl-ZhuG から holo-ZhuNへのtransacylationを触媒するが、そのacyl移動率はin vivoで生理学的に関連するためには遅すぎる。

よってZhuCはacetyl-ACP thioesteraseとして働き、PKS伸長moduleをprimeするalkylacyl-ZhuGと競合するacetate primer unitsを一掃する。
Related Reference
ACC
Q9KHK3
NITE
Enter_00120
PmId
[21531566] Policing starter unit selection of the enterocin type II polyketide synthase by the type II thioesterase EncL. (Bioorg Med Chem. , 2011)
comment
Blast 19th, id45%, 7e-55
Streptomyces maritimus_encL
Putative acyl transferase EncL

encL mutantはwildと類似したレベルのenterocinを産生。
encABCNDを含んだplasmidを異種性発現すると、benzoate-primed polyketides wailupemycinsを産生。

8His-tagged EncLをE.coliで産生してin vitro実験に使用。
EncABC + malonyl-CoA でuncharacterized acetate primed polyketidesが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が減る。
EncABCN + benzoyl-CoA, malonyl-CoA でbenzoate-primed wailupemycinsが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が増える。

acetyl- and benzoyl-EncC に EncLを加えたときのholo-EncC, acetyl-EncC, and benzoyl-EncCの量をタイムコースで定量。
acetyl-EncCはEncLを加えて30秒後に枯渇。これに対応するholo-EncC増加あり。
benzoyl-EncCは相対的にゆっくり加水分解された。

これらの結果からEncLは、misprimed acetyl-ACP(EncC)を加水分解してEncCに戻すことにより正しいstarter unit benzoyl-ACP(EncC)が取り込まれ、enterocin合成が進むようにすると提唱。

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selected fasta
>acyl-ACP thioesterase [acyl transferase]
MTIRLVPPRRRVALLLPGQGSQHPGMGLELYGYDGVFTETMDEMFELLGPVDGASLRADW
LAGDALAPELLNDASRAQPLLFAVEYALGRSLLSQGVDVDVLLGHSVGELSAAALAGVVD
LPGAARVMAARTAALAALPPGGMLAVAATAEELAPFVAAEHVEIGVVVGALNAPRQTVLA
GPEPRLTEVEGELRAAGVMFRRVPARQPFHSPASAPAAEVVEKVLSGVTLREPTIPIMST
HSGAYVTREQALDPAFWAWHFVRVVLFWPALDALLSEADHALVELGPGQELTVLARRHKA
VRSGASTVRAVLPRGARGTREAWDDALAELAEYTGPAGGVPLACAAER
selected fasta
>acyl-ACP thioesterase [acyl transferase]
ATGACGATCAGACTGGTTCCGCCGCGCCGCCGTGTCGCCCTGCTGCTGCCGGGGCAGGGC
TCGCAACACCCCGGTATGGGGCTGGAGTTGTACGGCTACGACGGTGTGTTCACCGAGACG
ATGGACGAGATGTTCGAGCTGCTCGGGCCGGTGGACGGCGCGTCGCTGCGCGCCGACTGG
CTGGCCGGCGACGCGCTCGCGCCGGAGCTGCTGAACGACGCGAGCCGCGCGCAGCCGCTG
TTGTTCGCGGTCGAGTACGCGCTGGGCCGCAGCCTGTTGTCGCAGGGCGTCGACGTGGAC
GTGCTGCTCGGGCACAGCGTCGGCGAGTTGTCGGCGGCGGCGTTGGCCGGCGTCGTCGAC
CTGCCGGGCGCGGCGCGCGTGATGGCGGCCCGGACCGCGGCGTTGGCCGCGCTTCCCCCG
GGCGGGATGCTCGCGGTCGCGGCGACCGCCGAGGAGTTGGCGCCGTTCGTGGCCGCCGAG
CACGTCGAGATCGGCGTGGTGGTGGGCGCGTTGAACGCGCCGCGGCAGACCGTACTGGCG
GGGCCCGAGCCGCGGTTGACCGAGGTGGAGGGCGAACTGCGGGCGGCCGGTGTGATGTTC
CGTCGGGTGCCGGCGCGGCAGCCGTTCCACTCCCCCGCGTCGGCGCCGGCCGCCGAGGTG
GTGGAGAAGGTGTTGTCCGGGGTGACGTTGCGCGAGCCGACGATCCCGATCATGTCGACG
CACTCGGGCGCCTACGTGACCCGCGAGCAGGCCCTCGACCCGGCCTTCTGGGCCTGGCAC
TTCGTGCGCGTGGTGTTGTTCTGGCCGGCGTTGGACGCGCTGCTCTCCGAGGCCGACCAC
GCGCTCGTCGAGCTGGGCCCGGGCCAGGAGCTGACGGTGCTGGCGCGCCGGCACAAGGCG
GTCCGGTCGGGCGCCAGCACGGTGCGCGCGGTGTTGCCGCGCGGGGCGCGCGGTACGCGG
GAGGCGTGGGACGACGCGCTGGCCGAACTGGCCGAGTACACCGGGCCGGCCGGGGGTGTG
CCGCTCGCCTGCGCGGCGGAACGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001227 Acyl transferase domain (Domain)
[9-138] 2.99999999999998e-54 G3DSA:3.40.366.10 [207-318] 2.99999999999998e-54 G3DSA:3.40.366.10
G3DSA:3.40.366.10   Ac_transferase_reg
IPR014043 Acyl transferase (Domain)
[16-323] 7.4e-42 PF00698
PF00698   Acyl_transf_1
IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain)
[11-299] 1.49999648196323e-49 SSF52151
SSF52151   Acyl_Trfase/lysoPlipase
IPR016036 Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding (Domain)
[139-206] 1.69999922284049e-13 SSF55048
SSF55048   Malonyl_transacylase_ACP-bd
SignalP
[1-13] 0.44 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
R1128_00020 R1128_00020   R1128_00040 R1128_00040
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