R1128_00070 R1128_00070   R1128_00090 R1128_00090

R1128_00080 : CDS information

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Organism
StrainR1128
Entry nameR1128
Contig
Start / Stop / Direction9,448 / 10,467 / + [in whole cluster]
9,448 / 10,467 / + [in contig]
Location9448..10467 [in whole cluster]
9448..10467 [in contig]
TypeCDS
Length1,020 bp (339 aa)
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Category2.2 modification addition of starter unit
Productbeta-ketoacyl synthase
Product (GenBank)beta-ketoacylsynthase III
Gene
Gene (GenBank)zhuH
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[10931852] Cloning, nucleotide sequence, and heterologous expression of the biosynthetic gene cluster for R1128, a non-steroidal estrogen receptor antagonist. Insights into an unusual priming mechanism. (J Biol Chem. , 2000)
[11732905] In vitro reconstitution and analysis of the chain initiating enzymes of the R1128 polyketide synthase. (Biochemistry. , 2001)
[12767243] Ketosynthases in the initiation and elongation modules of aromatic polyketide synthases have orthogonal acyl carrier protein specificity. (Biochemistry. , 2003)
[19292437] Biosynthesis of aromatic polyketides in bacteria. (Acc Chem Res. , 2009)
comment
UniProt登録ではOrganismがStreptomyces lividansとなっているが、Streptomyces sp. R1128の間違いと思われる。GenBank登録はStreptomyces sp. R1128である。

---
[PMID:10931852](2000)
R1128 gene clusterがあると予測されるStreptomyces sp. R1128の40kb領域をS.lividans K4-114で異種性発現し、産物としてR1128Cと新規産物HU235を検出。
この領域をシークエンスして、生合成genesがすべて含まれていそうな17kb領域をサブクローニング、oligonucleotide walkingして正確な配列を得た。

zhuH: b-Ketoacylsynthase III (KSIII)
機能提唱は配列解析に基づく。

--
[PMID: 11732905](2001) abstract
ZhuHのprimer unit特異性を調べるため、様々なacyl-CoAsとmalonyl-ZhuG(ACP)の存在下で、beta-ketoacyl-ACP形成のkineticsが測定された。Propionyl-CoA and isobutyryl-CoAは、ZhuHの最も好ましい基質であった。しかし、acetyl-CoA and butyryl-CoAも受け入れられ、伸長されることができた。

--
[PMID:12767243](2003)
・2 priming KSs = ZhuH, FrenI
・2 elongation KSs(+CLF) = actI-ORF1+ORF2, tcmK+L
・6 ACPs = FrenN, FrenJ, ZhuN, ZhuG, Gra-ORF3, DpsG
・MAT
を発現、精製して、組み合わせによる活性を確認している。

priming KSであるFrenI は、priming ACPであるFrenJ, ZhuGの存在下でacyl transfer活性が高いが、
minimal PKSのACPであるFrenN, ZhuN, DpsGの存在下では検出されない。

AA配列alignmentから、priming ACPsに特有なtyrosine残基を同定。
R1128のACPでsite-directed mutagenesis(ZhuG-Y45L, ZhuN-M42Y)して、ZhuHによるacyl transferを測定。この変異によりZhuNでも活性が得られるようになった。

--
[PMID:19292437](2009)
initiation PKSの提唱経路の記載あり。

close this sectionPKS/NRPS Module

KS10..331

close this sectionSequence

selected fasta
>beta-ketoacyl synthase [beta-ketoacylsynthase III]
MPGLRVPERRFSRVLGVGSYRPRREVSNKEVCTWIDSTEEWIETRTGIRSRRIAEPDETI
QVMGVAASRRALEHAGVDPAEIDLVVVSTMTNFVHTPPLSVAIAHELGADNAGGFDLSAA
CAGFCHALSIAADAVESGGSRHVLVVATERMTDVIDLADRSLSFLFGDGAGAAVVGPSDV
PGIGPVVRGIDGTGLGSLHMSSSWDQYVEDPSVGRPALVMDGKRVFRWAVADVVPAAREA
LEVAGLTVGDLVAFVPHQANLRIIDVLVDRLGVPEHVVVSRDAEDTGNTSSASVALALDR
LVRSGAVPGGGPALMIGFGAGLSYAGQALLLPDPPSTPA
selected fasta
>beta-ketoacyl synthase [beta-ketoacylsynthase III]
ATGCCCGGACTTCGGGTTCCCGAGCGGCGTTTCAGCCGTGTTCTCGGGGTCGGTTCGTAC
CGGCCCCGCCGTGAGGTGAGCAACAAGGAGGTGTGCACCTGGATCGACTCGACGGAGGAG
TGGATCGAGACGCGCACCGGGATCAGGTCGCGGCGGATCGCCGAGCCGGACGAGACGATC
CAGGTGATGGGGGTGGCCGCGAGCCGCCGCGCGCTGGAGCACGCCGGCGTGGATCCGGCC
GAGATCGACCTGGTCGTGGTCTCCACGATGACCAACTTCGTGCACACGCCGCCGCTTTCG
GTCGCGATCGCGCACGAGCTGGGTGCCGACAACGCCGGCGGGTTCGACCTGTCGGCGGCG
TGCGCGGGGTTCTGCCACGCGTTGTCGATCGCGGCGGACGCGGTGGAGTCCGGCGGTTCG
CGGCACGTGCTCGTGGTGGCGACGGAGCGGATGACCGACGTGATCGACCTGGCGGACCGG
AGCCTGTCGTTCCTGTTCGGCGACGGCGCCGGCGCGGCCGTGGTCGGCCCGTCCGACGTG
CCCGGCATCGGTCCGGTGGTGCGCGGCATCGACGGCACCGGCCTGGGCTCGCTGCACATG
AGCAGTTCGTGGGACCAGTACGTCGAGGACCCCTCGGTGGGCCGGCCGGCGCTGGTGATG
GACGGCAAGCGGGTGTTCCGCTGGGCGGTCGCGGACGTCGTCCCGGCGGCCCGCGAGGCG
CTCGAGGTGGCCGGCCTGACCGTCGGGGACCTGGTGGCGTTCGTCCCGCACCAGGCCAAC
CTGCGGATCATCGACGTGCTGGTGGACCGGCTCGGCGTGCCGGAGCACGTGGTCGTCTCG
CGCGACGCGGAGGACACCGGCAACACCTCGTCGGCGTCGGTGGCCCTGGCCCTGGACCGG
CTGGTGCGCTCCGGCGCGGTGCCCGGCGGCGGGCCCGCGCTGATGATCGGTTTCGGCGCC
GGGCTGAGCTACGCGGGCCAGGCTCTACTGCTTCCCGACCCGCCGTCCACTCCGGCTTGA
KS10..331
KS28..993

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR004655 Beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III (FabH) (Family)
[12-328] 5.09999999999992e-100 TIGR00747
TIGR00747   FabH
IPR013747 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C-terminal (Domain)
[241-329] 8.70000000000003e-26 PF08541
PF08541   ACP_syn_III_C
IPR013751 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III (Domain)
[115-183] 3.60000000000001e-24 PF08545
PF08545   ACP_syn_III
IPR016038 Thiolase-like, subgroup (Domain)
[12-168] 5.10000000000004e-56 G3DSA:3.40.47.10 [169-327] 5.49999999999995e-41 G3DSA:3.40.47.10
G3DSA:3.40.47.10   Thiolase-like_subgr
IPR016039 Thiolase-like (Domain)
[1-334] 2.19999900980707e-58 SSF53901
SSF53901   Thiolase-like
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
R1128_00070 R1128_00070   R1128_00090 R1128_00090
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