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R1128_00070 : CDS information

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Organism
StrainR1128
Entry nameR1128
Contig
Start / Stop / Direction9,182 / 8,922 / - [in whole cluster]
9,182 / 8,922 / - [in contig]
Locationcomplement(8922..9182) [in whole cluster]
complement(8922..9182) [in contig]
TypeCDS
Length261 bp (86 aa)
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Category2.2 modification addition of starter unit
Productacyl carrier protein
Product (GenBank)acyl carrier protein
Gene
Gene (GenBank)zhuG
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[10931852] Cloning, nucleotide sequence, and heterologous expression of the biosynthetic gene cluster for R1128, a non-steroidal estrogen receptor antagonist. Insights into an unusual priming mechanism. (J Biol Chem. , 2000)
[11732905] In vitro reconstitution and analysis of the chain initiating enzymes of the R1128 polyketide synthase. (Biochemistry. , 2001)
[12767243] Ketosynthases in the initiation and elongation modules of aromatic polyketide synthases have orthogonal acyl carrier protein specificity. (Biochemistry. , 2003)
[19292437] Biosynthesis of aromatic polyketides in bacteria. (Acc Chem Res. , 2009)
comment
[PMID:10931852](2000)
R1128 gene clusterがあると予測されるStreptomyces sp. R1128の40kb領域をS.lividans K4-114で異種性発現し、産物としてR1128Cと新規産物HU235を検出。
この領域をシークエンスして、生合成genesがすべて含まれていそうな17kb領域をサブクローニング、oligonucleotide walkingして正確な配列を得た。

zhuG: Acyl carrier protein(ACP)
機能提唱は配列解析に基づく。

--
[PMID: 11732905](2001) abstract
ZhuHのprimer unit特異性を調べるため、様々なacyl-CoAsとmalonyl-ZhuG(ACP)の存在下で、beta-ketoacyl-ACP形成のkineticsが測定された。Propionyl-CoA and isobutyryl-CoAは、ZhuHの最も好ましい基質であった。しかし、acetyl-CoA and butyryl-CoAも受け入れられ、伸長されることができた。

--
[PMID:12767243](2003)
・2 priming KSs = ZhuH, FrenI
・2 elongation KSs(+CLF) = actI-ORF1+ORF2, tcmK+L
・6 ACPs = FrenN, FrenJ, ZhuN, ZhuG, Gra-ORF3, DpsG
・MAT
を発現、精製して、組み合わせによる活性を確認している。

priming KSであるFrenI は、priming ACPであるFrenJ, ZhuGの存在下でacyl transfer活性が高いが、
minimal PKSのACPであるFrenN, ZhuN, DpsGの存在下では検出されない。

AA配列alignmentから、priming ACPsに特有なtyrosine残基を同定。
R1128のACPでsite-directed mutagenesis(ZhuG-Y45L, ZhuN-M42Y)して、ZhuHによるacyl transferを測定。この変異によりZhuNでも活性が得られるようになった。

--
[PMID:19292437](2009)
initiation PKSの提唱経路の記載あり。

close this sectionPKS/NRPS Module

ACP5..78

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selected fasta
>acyl carrier protein [acyl carrier protein]
MDPFTLDDLKRLIDACVGTDDAVQLDETGAATPFLDLGLDSLAVYEVVTRIQDERGVAIS
DDDIDGLETPRDMVAFVNGLLVETAG
selected fasta
>acyl carrier protein [acyl carrier protein]
ATGGACCCCTTCACGCTCGACGACCTCAAGCGGCTGATCGACGCGTGCGTCGGCACCGAC
GACGCGGTCCAGCTCGACGAGACCGGCGCGGCCACCCCGTTCCTGGACCTCGGCCTCGAC
TCGCTCGCCGTCTACGAGGTCGTCACCCGGATCCAGGACGAGCGCGGCGTCGCCATCTCC
GACGACGACATCGACGGCCTGGAGACACCGCGCGACATGGTCGCGTTCGTCAACGGCCTG
CTCGTCGAGACCGCGGGCTGA
ACP5..78
ACP13..234

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain)
[5-82] 2.4e-17 G3DSA:1.10.1200.10
G3DSA:1.10.1200.10   ACP_like
[5-78] PS50075
PS50075   ACP_DOMAIN
[1-86] 9.80000272130218e-15 SSF47336
SSF47336   ACP_like
[26-77] 3.1e-12 PF00550
PF00550   PP-binding
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
R1128_00060 R1128_00060   R1128_00080 R1128_00080
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