Rimoc_00040 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces diastaticus
Strain	108
Entry name	Rimocidin
Contig	AY442225
Start / Stop / Direction	5,254 / 6,636 / + [in whole cluster] 5,254 / 6,636 / + [in contig]
Location	5254..6636 [in whole cluster] 5254..6636 [in contig]
Type	CDS
Length	1,383 bp (460 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	glycosyltransferase
Product (GenBank)	RimE
Gene
Gene (GenBank)	rimE
EC number
Keyword	mycosamine
Note
Note (GenBank)	glycosyl transferase
Reference	ACC Q6T2C3 PmId [15123265] Starter unit choice determines the production of two tetraene macrolides, rimocidin and CE-108, in Streptomyces diastaticus var. 108. (Chem Biol. , 2004) [16242652] A tailoring activity is responsible for generating polyene amide derivatives in Streptomyces diastaticus var. 108. (Chem Biol. , 2005) comment [PMID: 15123265](2004) Streptomyces diastaticus var. 108におけるrimocidin と CE-108の二つのtetraene macrolidesの生産に関する文献。 rimE; glycosyl transferase rimE破壊変異株では、rimocidin非生産となることを確認している。また、このrimE破壊変異株でのrimocidinとCE-108 の両aglyconesの存在をHPLC-MSで確認しており、これはRimEが両aglyconesへのtransglycosylateを担うglycosyl transferaseとして機能することを示すとしている。さらに、この両aglyconesは抗真菌活性を示さないことより、amino sugarのの生体的役割も確かめられたとしている。 --- [PMID:16242652](2005) RimE disruptant mutantで検出されるのは、C-14がmethyl基のrimocidin C/CE-108Cのaglyconeと、C-14がCOOH基のrimocidin/CE-108のaglycone. よって、RimEはaglyconeのC-17にmycosamineを結合させるGTaseであり、polyene amidesが見られないことからamidotransferase活性にはC-17でのmycosamineの取り込みが必要であると示唆される。
Family/Domain	FD IPR002213 comment [IPR002213] UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase (Family) Function GO:0016758 transferase activity, transferring hexosyl groups

Sequence

>glycosyltransferase [RimE]
MESARRPILFVSLPEAGLANPLLVLAEELSRQDVPDLWFATDEPRREDVKKISVGSPVEF
ASLGEVVPELSAVTWGDEVYREVTQSSRFKAHRAVIRHSYVPRAQEEKFQKLAAVVDEIR
PALIVVDCISSYGVELAMARKIPYVLSVPFTPSNVLTAFTPFAKGYTPKDFPVPHTGLPY
PMNLPQRVRNMLFKLRTLAMFCNPTMSKVLAEDNRRRKAHGLGQMSPMARIDHADLVLCN
SIAELDYPFDIPEKFRMVGTMVPPLPEAEQEDELSRWLDEQPSVVYAGFGTITRLTREQV
HSMVEVARRLQGRHQVLWKLPSGQQHLLPPKESLPDNLRIENWVPSQLDVLAHPNVKLFF
THAGGNGYNEGVYFGKPLVVRPLWVDCYDQAVRGRDFGISLTLDRPRDLDVDDVVDKLTR
VLETPSFRENAERLGALQRAAGGRAAAAEVILGHPALARA

>glycosyltransferase [RimE]
ATGGAATCCGCCCGACGGCCGATCCTCTTCGTCAGTCTTCCGGAGGCCGGGCTGGCCAAT
CCGCTGCTCGTCCTGGCCGAGGAACTCTCCCGCCAAGACGTGCCGGATCTCTGGTTCGCC
ACCGACGAGCCGCGGCGCGAGGACGTGAAGAAGATTTCGGTGGGGTCTCCGGTGGAATTC
GCCTCACTGGGCGAGGTGGTCCCCGAACTGTCGGCCGTGACCTGGGGCGACGAGGTGTAC
CGGGAAGTCACCCAGTCGTCGCGGTTCAAGGCGCACCGCGCGGTGATCCGGCACTCGTAC
GTGCCCCGCGCGCAGGAGGAGAAGTTCCAGAAGCTCGCGGCCGTCGTCGACGAGATCCGG
CCGGCGCTGATCGTCGTCGACTGCATCAGTTCGTACGGCGTGGAGCTGGCCATGGCGCGG
AAGATCCCGTACGTGCTCAGCGTGCCGTTCACCCCGAGCAATGTGCTGACGGCGTTCACC
CCCTTCGCCAAGGGCTACACCCCGAAGGACTTCCCCGTACCGCACACGGGGCTGCCCTAT
CCGATGAATCTCCCGCAGCGGGTGCGCAACATGCTCTTCAAACTGCGGACCCTCGCGATG
TTCTGCAACCCCACGATGAGCAAGGTACTGGCCGAGGACAACCGGCGGCGCAAGGCGCAC
GGGCTCGGGCAGATGAGCCCGATGGCGCGGATCGACCACGCCGATCTGGTGCTGTGCAAT
TCCATCGCCGAGCTGGACTATCCCTTCGACATTCCGGAGAAGTTCCGGATGGTCGGCACG
ATGGTGCCGCCCCTGCCGGAGGCGGAGCAGGAGGACGAGCTCTCGCGGTGGCTGGACGAA
CAGCCCTCGGTCGTCTACGCGGGATTCGGAACCATCACCCGGCTCACCCGGGAACAGGTC
CATTCCATGGTCGAGGTGGCCCGCCGGCTCCAGGGGCGGCACCAGGTGCTGTGGAAACTG
CCCTCGGGACAGCAGCACCTGCTGCCGCCGAAGGAATCCCTGCCGGACAATCTCCGTATC
GAGAACTGGGTCCCTTCGCAGCTCGATGTCCTCGCGCATCCGAACGTGAAGCTGTTCTTC
ACCCACGCCGGCGGCAACGGCTACAACGAAGGCGTGTATTTCGGCAAGCCGCTCGTGGTA
CGGCCGCTGTGGGTGGACTGCTACGACCAGGCCGTACGCGGCCGGGATTTCGGCATCAGC
CTGACCCTCGACCGGCCCCGGGACCTCGATGTCGACGACGTCGTCGACAAGCTGACCCGA
GTGCTCGAAACCCCCTCCTTCCGCGAGAACGCGGAGCGGCTCGGCGCCCTGCAGCGTGCG
GCGGGCGGCCGTGCGGCCGCTGCCGAGGTGATCCTCGGACACCCGGCCCTGGCCCGGGCG
TAA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002213 UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase (Family) PF00201 UDPGT
SignalP	Eukaryota Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

Rimoc_00030 Rimoc_00050