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Stref_00050 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 3193 (=NBRC 13446)
Entry nameSteffimycin
Contig
Start / Stop / Direction3,953 / 6,091 / + [in whole cluster]
3,953 / 6,091 / + [in contig]
Location3953..6091 [in whole cluster]
3953..6091 [in contig]
TypeCDS
Length2,139 bp (712 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)putative membrane protein
Gene
Gene (GenBank)sfrA
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006)
comment
steffimycin生合成gene clusterのクローニング、特徴づけ。
36ORFsが見つかり、そのうち24ORFsを含む26.5 kb領域がおそらくsteffimycin生合成に関連する。

sfrA: Transmembrane efflux protein

sfrA and sfrBはsteffimycin抵抗性に関連する候補。
SfrAはMMPL familyの膜内在性タンパク(pfam03176)に、 SfrBはMFS familyのpermeases(COG0477)に似ている。

S.steffisburgensisは少なくとも50μg/mlのsteffimycinに抵抗性を示す。
Stf2B3(sfrBあり)を発現したS.albusは25μg/ml steffimycinに抵抗性あり。
pEM4KSEH(sfrAあり)を発現したS.albusはsteffimycinへの抵抗性を全く示さない。
(data not shown)

この結果は、実際の抵抗性決定因子としてSfrBを指摘する。しかしsfrBだけの導入では抵抗性が落ちるので、S.steffisburgensisで観察されたレベルの抵抗性を与えるためにはSfrB and SfrAの協力が必要なのかもしれない。
Related Reference
ACC
Q53902
NITE
Actino_00150
PmId
[8636024] Production of actinorhodin-related "blue pigments" by Streptomyces coelicolor A3(2). (J Bacteriol. , 1996)
comment
Blast 8th, id53%, 0.0
Streptomyces coelicolor_actII-3
Putative membrane protein
[DoBISCUIT]hypothetical protein_actII-ORF3

actII-ORF3の破壊は、全体的な青色色素産生や排出を損なわなかった。
しかし、gamma-actinorhodin(lactone型actinorhodin)合成は廃止された。

したがって、hypothetical dehydrogenase反応がこの遺伝子の産物によって触媒されるかもしれない。
他のdehydrogenasesには似ていないが、ひとつのputative NAD binding domain(GXGXXG)を示す。

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selected fasta
>hypothetical protein [putative membrane protein]
MKQGIGHLVCGRRAKWLVVGLWLVVLFVAAPFAMKLTDAQDNDAASWLPGSAESTQVLEI
AEDFRPAQIPAVVIYARDSGLTAQDRARIAEDVTQLRELRDHGVIGERTRGPVFDRQTDP
RAAQVFVPITMDEEGWERISPAVDSIRDDVGESGAGLAVHVTGPGGTSADFAEGFEGIDS
TLLFAAMGVVIVMLLITYRSLTLLLVPLVAVVCALFTAQALIYLLAEHAGLTVNGQSAGI
LTVLVFGAGTDYALLLVARYREELRRHEDRHEAMALALHRAGPAVLASGATVVLSMLVLL
AAEMNSTRGLGPVAAIGVAVALLAMMSLFPALLVVFGRWIFWPVIPRLGTPDPTERGVWA
RMGRRIARRPRVTWGVTALALAVCSLGLIQLRAEGISNAEAFTGKPDSITGQEVSARYFP
AGSGDPLVIVSNQAQAVQVGRTVAGTEGVVPTSLGLPPGTKPAFEGRVLFEATMTAPADS
EAAKQTVERVRDAVHAVPDADAKVGGGTAALLDMDEATTHDNVLIIPLVLAVVMLILCVL
LRALIAPLLLIGTVILSFTAALGISALAFRYVFDYAGETTDFPLFVFVFLVALGIDYNIF
LTTRIREEAVRQGTRPGVVTGLATTGAVITSAGLVLAGTFAALGTLPMVAFAEIGFTVAL
GVLIDTFIVRSVLVTSLFLDAGPKVWWPHRLAKEDGAAPAVSETERVGRPGG
selected fasta
>hypothetical protein [putative membrane protein]
ATGAAGCAGGGCATTGGTCATCTCGTCTGCGGGAGACGGGCCAAGTGGCTCGTGGTGGGA
CTGTGGCTGGTGGTGCTGTTCGTCGCCGCGCCGTTCGCCATGAAGCTCACCGACGCGCAG
GACAACGACGCCGCGTCCTGGCTGCCGGGGTCCGCGGAGTCCACACAGGTGCTGGAGATC
GCCGAGGACTTCCGGCCGGCGCAGATTCCGGCGGTGGTGATCTACGCCCGGGACAGCGGG
CTGACGGCCCAGGACCGGGCCCGGATCGCCGAGGACGTCACACAGCTGAGGGAGCTGCGT
GACCACGGCGTCATCGGGGAGCGGACCAGAGGCCCCGTCTTCGACCGGCAGACCGATCCG
CGTGCGGCGCAGGTGTTCGTGCCGATCACGATGGACGAGGAGGGCTGGGAGCGGATCTCG
CCCGCCGTCGACTCCATCCGGGACGACGTCGGCGAGAGCGGTGCGGGGCTGGCCGTGCAC
GTCACCGGCCCGGGCGGCACCTCCGCGGACTTCGCCGAGGGCTTCGAGGGCATCGACTCG
ACGCTGCTGTTCGCGGCGATGGGCGTCGTCATCGTCATGCTGCTCATCACGTACCGCAGC
CTGACCCTGCTGCTGGTCCCCCTGGTGGCGGTGGTGTGCGCGCTGTTCACCGCGCAGGCG
CTGATCTATCTGCTGGCGGAGCACGCGGGCCTGACGGTCAACGGGCAGAGCGCCGGCATC
CTCACGGTGCTCGTCTTCGGCGCGGGGACGGATTACGCCCTGCTGCTCGTCGCCCGCTAC
CGGGAGGAGCTGCGCCGGCACGAGGACCGGCACGAGGCGATGGCCCTGGCGCTGCACCGC
GCGGGCCCTGCGGTGCTCGCCTCCGGCGCGACGGTCGTGCTGAGCATGCTGGTGCTGCTG
GCCGCCGAGATGAACTCCACGCGCGGCCTGGGACCGGTCGCGGCGATCGGGGTCGCGGTC
GCCCTGCTGGCGATGATGAGCCTGTTCCCCGCCCTGCTGGTGGTGTTCGGCCGGTGGATC
TTCTGGCCGGTGATCCCGCGCCTGGGCACACCCGACCCGACCGAACGCGGCGTCTGGGCG
CGCATGGGCCGGCGTATCGCCCGCCGGCCGCGGGTGACCTGGGGCGTGACGGCGCTGGCG
CTGGCGGTCTGTTCGCTGGGGCTGATCCAGCTGCGCGCGGAGGGCATCAGCAACGCGGAG
GCGTTCACCGGGAAGCCCGACTCGATCACCGGACAGGAGGTGTCGGCGCGCTACTTCCCG
GCGGGCAGCGGCGATCCCCTGGTCATCGTCAGCAACCAGGCGCAGGCCGTGCAGGTCGGC
CGCACGGTCGCCGGGACCGAGGGTGTGGTCCCCACGTCCCTGGGGCTGCCGCCCGGTACG
AAACCGGCCTTCGAGGGCAGGGTTCTCTTCGAGGCCACCATGACCGCTCCGGCGGACAGT
GAGGCCGCGAAACAGACGGTGGAGCGGGTCCGCGACGCCGTGCACGCGGTGCCGGACGCC
GACGCCAAGGTGGGCGGCGGAACGGCGGCCCTGCTGGACATGGACGAGGCGACCACGCAC
GACAACGTGCTGATCATCCCGCTGGTGCTGGCGGTCGTCATGCTGATCCTGTGCGTCCTG
CTCCGTGCGCTGATCGCGCCGCTGCTGCTGATCGGGACGGTGATCCTGTCGTTCACCGCG
GCGCTGGGCATCAGTGCGCTCGCCTTCCGCTACGTCTTCGACTACGCGGGCGAGACGACC
GACTTCCCCCTGTTCGTCTTCGTCTTCCTGGTCGCCCTGGGCATCGACTACAACATCTTC
CTGACCACTCGTATCCGCGAGGAGGCGGTCCGGCAGGGCACCAGACCGGGCGTGGTCACC
GGGCTCGCCACCACCGGCGCGGTCATCACCTCCGCCGGCCTGGTTCTGGCCGGCACCTTC
GCCGCCCTCGGCACCCTCCCGATGGTCGCCTTCGCCGAGATCGGCTTCACGGTCGCGCTG
GGTGTCCTCATCGACACGTTCATCGTGCGCTCGGTCCTGGTGACCTCCCTGTTCCTGGAC
GCAGGCCCGAAGGTGTGGTGGCCGCACCGACTGGCGAAGGAGGACGGCGCAGCGCCCGCC
GTGTCCGAGACGGAGCGGGTCGGCCGGCCCGGCGGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000731 Sterol-sensing domain (Domain)
[203-335] PS50156
PS50156   SSD
IPR004869 Membrane transport protein, MMPL type (Domain)
[47-371] 1.10000000000001e-69 PF03176 [472-690] 1.2e-49 PF03176
PF03176   MMPL
SignalP
[1-39] 0.955 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-39] 0.753 Signal
Eukaryota   
TMHMM
[16-33] Transmembrane (i-o) [177-196] Transmembrane (o-i) [203-225] Transmembrane (i-o) [235-257] Transmembrane (o-i) [278-300] Transmembrane (i-o) [315-337] Transmembrane (o-i) [371-393] Transmembrane (i-o) [523-545] Transmembrane (o-i) [550-572] Transmembrane (i-o) [582-601] Transmembrane (o-i) [621-643] Transmembrane (i-o) [647-669] Transmembrane (o-i)
Transmembrane 12   
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