Stref_00130 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces steffisburgensis
Strain	NRRL 3193 (=NBRC 13446)
Entry name	Steffimycin
Contig	AM156932
Start / Stop / Direction	11,796 / 12,668 / + [in whole cluster] 11,796 / 12,668 / + [in contig]
Location	11796..12668 [in whole cluster] 11796..12668 [in contig]
Type	CDS
Length	873 bp (290 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative transcriptional regulator
Product (GenBank)	SARP family regulator
Gene
Gene (GenBank)	stfRI
EC number
Keyword	SARP family
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q2PA02 PmId [16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006) comment steffimycin生合成gene clusterのクローニング、特徴づけ。 36ORFsが見つかり、そのうち24ORFsを含む26.5 kb領域がおそらくsteffimycin生合成に関連する。 stfRI : SARP family regulator 配列解析のみ。 StfRI は、S.peucetius_DnrI を含むStreptomyces antibiotic regulatory proteins(SARP)に似ている。 StfRII は、S.peucetius_DnrNのようなputative regulatory proteinsに似ている。 Daunorubicin生合成に関してDnrI の発現をDnrNが調節するので、StfRII がStfRI の転写に必須なのかもしれない。
Related Reference	ACC P25047 NITE Adria_00210 PmId [1729206] Regulation of secondary metabolism in Streptomyces spp. and overproduction of daunorubicin in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1992) [7868593] Functional characterization and transcriptional analysis of the dnrR1 locus, which controls daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1995) [8971703] Purification and characterization of the DNA-binding protein DnrI, a transcriptional factor of daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (Mol Microbiol. , 1996) [16545946] Feedback regulation of doxorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (Res Microbiol. , 2006) [20529134] Modulation of dnrN expression by intracellular levels of DnrO and daunorubicin in Streptomyces peucetius. (FEMS Microbiol Lett. , 2010) [20158521] Daunorubicin efflux in Streptomyces peucetius modulates biosynthesis by feedback regulation. (FEMS Microbiol Lett. , 2010) comment Blast 13th, id54%, 7e-69 Streptomyces peucetius_dnrI Regulatory protein dnrI [Adria_00210]transcriptional activator -- [PMID: 1729206](1992) ATCC 29050 strainでdnrI を不活化したら、RHO産生とdaunorubicin (DNR)産生ができなくなり、DNRへの抵抗性が著しく減った。 --- 同じ著者らの続報。 [PMID: 7868593](1995) dnrI::aphII mutantでは、DNR生合成におけるearly- and late-acting enzymesの両方をコードする転写物が存在しない。よってdnrI は、直接または間接的にDNR生合成遺伝子のすべてを調節している。 dnrI::aphII and dnrN::aphII strainsでresistance genes=drrAB and drrC転写物は消失。よって、dnrI はDNR抵抗性の重大なregulatorであり、dnrNはdnrI を通して間接的にその影響を発現する、と示唆される。 -- [PMID: 8971703](1996) abstract DNA-binding assays. ・dnrG-dpsABCD と dpsEF の間・dnrC gene と dnrDKPSQ の間の遺伝子間領域を含んだDNA断片へ特異的に結合する。 -- [PMID: 16545946](2006) abstract dnrI promoter活性を増やすためにはDnrO and DnrN の両方が必要であった。 -- [PMID: 20529134]や[PMID: 20158521]で、dnrO, dnrN, dnrI, DNRが関与する細胞内DNR濃度維持システムが提唱されている。 dnrI promoterにはDnrNが結合し活性化される。

Sequence

>putative transcriptional regulator [SARP family regulator]
MQIKTLGPLVAQENQVSLVPSAGKPRQVLSLLALNANRVISVGTLIEEIWGNNPPRSSAT
TLQTYIFQLRRNLDSALDRNDGLTAKDILVTQHNGYLLRARPGDIDVHEFERLAGEARSA
AAAGDDAAAADLFTEALSLWDGPALVDVQAGRILEPEIMRLTEARLAAVEGRLAARLRMG
RHAELLSELTVLTMKYPMHENLCAQFMIALHRSGRSWNALEAYRRLRDTMIEELGLEPSA
RLRRLHQAVLAGDPVLDPSAAADGLDFERQAVTGPPPMRPTSAASPVARV

>putative transcriptional regulator [SARP family regulator]
GTGCAGATAAAGACTCTCGGTCCCCTCGTCGCACAGGAAAACCAGGTCTCCTTGGTGCCC
AGCGCCGGCAAACCGAGGCAGGTCCTCTCACTGCTCGCCCTCAACGCCAACCGCGTCATC
AGCGTGGGAACACTCATCGAGGAAATATGGGGAAACAACCCCCCACGCAGTTCGGCGACC
ACGCTCCAGACCTACATTTTCCAACTGCGCAGAAATCTGGATTCCGCGCTCGACCGGAAC
GACGGGCTGACGGCCAAGGACATCCTGGTCACTCAGCACAACGGGTATCTGCTGCGGGCA
CGGCCCGGAGACATCGATGTCCATGAATTCGAGCGCCTCGCCGGCGAGGCCCGCTCGGCG
GCGGCCGCGGGTGACGACGCGGCGGCCGCGGACCTGTTCACCGAGGCGCTGTCCCTGTGG
GACGGCCCGGCTCTGGTCGACGTACAGGCCGGACGGATCCTCGAACCGGAGATCATGAGA
CTGACGGAGGCCAGGCTTGCCGCGGTGGAGGGACGCCTGGCGGCCCGGCTGCGGATGGGC
CGCCACGCGGAGCTGCTCAGCGAGCTGACCGTCCTGACCATGAAGTACCCGATGCACGAG
AACCTGTGCGCCCAGTTCATGATCGCCCTGCACCGCTCCGGCCGGTCGTGGAACGCCCTG
GAGGCGTACCGCAGGCTGCGGGACACGATGATCGAGGAGCTGGGCTTGGAGCCGTCGGCC
CGGTTACGCCGGCTGCACCAGGCCGTACTCGCCGGTGATCCGGTGCTCGACCCGTCCGCG
GCCGCGGACGGGCTGGACTTCGAACGTCAGGCCGTCACCGGCCCGCCGCCGATGCGTCCG
ACGAGCGCCGCGTCTCCGGTCGCACGCGTATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain) PF00486 Trans_reg_C SM00862 Trans_reg_C IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain) PF03704 BTAD SM01043 BTAD IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain) G3DSA:1.10.10.10 Wing_hlx_DNA_bd IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain) SSF46894 Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Stref_00120 Stref_00140