Stref_00120 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces steffisburgensis
Strain	NRRL 3193 (=NBRC 13446)
Entry name	Steffimycin
Contig	AM156932
Start / Stop / Direction	10,818 / 11,597 / + [in whole cluster] 10,818 / 11,597 / + [in contig]
Location	10818..11597 [in whole cluster] 10818..11597 [in contig]
Type	CDS
Length	780 bp (259 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase
Product (GenBank)	cyclase
Gene
Gene (GenBank)	stfY
EC number
Keyword	2nd and 3rd ring
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q2PA03 PmId [16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006) comment steffimycin生合成gene clusterのクローニング、特徴づけ。 36ORFsが見つかり、そのうち24ORFsを含む26.5 kb領域がおそらくsteffimycin生合成に関連する。配列解析からの機能推定。 stfY: Second- and third-ring cyclase stfP,K,S(minmal PKS), stfQ(aromatase), stfY(CYC), stfOI(oxygenase), stfX(?), and stfT(C7 KR) genesを含んでいるpEM4KSEHをS.albusに導入し、異種性にsteffimycin中間体(2-O-demethyl-8-demethoxy-10-deoxysteffimycinone)が形成されることを確認している。
Related Reference	ACC Q9RN54 NITE Nogl_00250 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 4th, id74%, 1e-108 Streptomyces nogalater_snoaM Putative polyketide cyclase -- [PMID: 11683270](2001) S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 snoaM: polyketide cyclase snoaMは、aknW, orf1, dpsY, mtmYなどpolyketide cyclaseと有意な類似性あり。 promoter下にsnoaMを含むplasmid pSYE66は、S.peucetius mutant D2を相補し、D2の特徴的な産物である間違って環化されたanthracycline代謝産物(UWM5)の代わりに、anthracycline glycosidesを産生させることができる。 --- [PMID: 12715874](2003) cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。内在性cyclaseを持つS. lividans TK24株でsnoaMを含んだplasmidを発現すると、10倍のauramycinoneを産生をもたらした。内在性活性による影響のないS. coelicolor CH999では、snoaMを含んだplasmidでのみ、auramycinoneが形成される。
	ACC Q9L4U2 NITE Acla_00250 PmId [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 5th, id73%, 1e-107 Streptomyces galilaeus_aknW Putative cyclase 異種性遺伝子発現によるanthracycline生合成での2nd and 3rd ring cyclizationの研究に焦点を合わせた論文。 cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。
	ACC O68500 NITE Adria_00160 PmId [9573189] The Streptomyces peucetius dpsY and dnrX genes govern early and late steps of daunorubicin and doxorubicin biosynthesis. (J Bacteriol. , 1998) [10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999) comment Blast 7th, id69%, 1e-100 Streptomyces peucetius_dpsY Polyketide cyclase -- [PMID: 9573189](1998) daunorubicin(DNR),doxorubicin(DXR)生合成に関与。mutantが別の変換体であるUWM5を蓄積することから、合成系初期の12-deoxyaklanonic acid(aklanonic acid)形成反応を触媒すると考えられる。 -- 同じ著者らの続報 [PMID: 10419974](1999) pWHM1011: tcmJ+dpsABCDGEF = UWM5 pWHM1012: tcmJ+dpsABCDGEFY = AA dpsYがないとshunt産物UWM5産生。 dpsYがあるとaklanonic acid(AA)産生。

Sequence

>putative cyclase [cyclase]
MRIIDLSSPVNAAAYEPDPVKHEILSPREGALHMSAEMREHFGIEFDPTDLPEGEFLSLD
RMSLTTHTGTHVDAPSHYGSRTTYGTGVPRHIDEMPLEWFHARGVVLDLTDQGTGAVGPA
ELEKAFSRIEYVPSPNEIVLLHTGADRRAGTPEYFTDFVGLDGDAVHMLLDLGVKVIGTD
AFSLDAPFGNIIERYRETGDRSVLWPAHFAGREREYCQIERLAHLGDLPEPYGFLVSCFP
VKITGAGAGWTRAVALVED

>putative cyclase [cyclase]
GTGCGCATCATCGACCTGTCCTCGCCCGTGAATGCCGCGGCCTATGAGCCCGACCCCGTG
AAGCACGAGATCCTCAGTCCGCGGGAGGGTGCCCTGCACATGAGCGCTGAGATGCGGGAA
CACTTCGGGATCGAATTCGATCCCACCGACCTGCCCGAAGGGGAATTCCTGTCACTGGAC
CGGATGTCCCTCACCACCCACACGGGCACCCACGTCGACGCCCCCTCCCACTACGGCTCC
CGCACCACCTACGGCACCGGGGTCCCCCGCCACATCGACGAGATGCCGTTGGAGTGGTTC
CACGCCCGCGGTGTGGTGCTGGACCTGACCGACCAGGGCACGGGAGCGGTCGGCCCAGCC
GAGCTGGAGAAGGCCTTCTCCCGGATCGAGTACGTCCCCTCCCCGAACGAGATCGTCCTG
CTGCACACCGGGGCCGACCGGCGCGCGGGCACGCCGGAGTACTTCACGGACTTCGTCGGG
CTCGACGGCGACGCCGTGCACATGCTCCTCGATCTGGGCGTGAAGGTGATCGGCACGGAC
GCGTTCAGCCTGGACGCGCCGTTCGGGAACATCATCGAGCGGTACCGGGAGACCGGCGAC
CGATCGGTCCTGTGGCCGGCCCACTTCGCCGGCCGTGAGCGGGAGTACTGCCAGATCGAG
CGTCTGGCGCATCTGGGAGACCTGCCCGAGCCGTACGGGTTCCTCGTGTCCTGCTTCCCT
GTGAAGATCACCGGCGCCGGGGCCGGCTGGACCAGGGCGGTCGCCCTGGTCGAGGACTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR007325 Putative cyclase (Family) PF04199 Cyclase
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Stref_00110 Stref_00130