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Stref_00110 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 3193 (=NBRC 13446)
Entry nameSteffimycin
Contig
Start / Stop / Direction10,640 / 10,200 / - [in whole cluster]
10,640 / 10,200 / - [in contig]
Locationcomplement(10200..10640) [in whole cluster]
complement(10200..10640) [in contig]
TypeCDS
Length441 bp (146 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)cyclase
Gene
Gene (GenBank)stfX
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006)
comment
steffimycin生合成gene clusterのクローニング、特徴づけ。
36ORFsが見つかり、そのうち24ORFsを含む26.5 kb領域がおそらくsteffimycin生合成に関連する。

StfXは配列解析からpolyketideの4番目の環化をすると考えられていたが、
stfX不活化mutantでも4th ring cyclizationされたcompound 1を検出。
よってこの環化は自発的に発生し、StfXはこの過程を促進するとされている。
Related Reference
ACC
Q9ZAT9
NITE
Adria_00050
PmId
[9864344] Doxorubicin overproduction in Streptomyces peucetius: cloning and characterization of the dnrU ketoreductase and dnrV genes and the doxA cytochrome P-450 hydroxylase gene. (J Bacteriol. , 1999)
[10631513] A two-plasmid system for the glycosylation of polyketide antibiotics: bioconversion of epsilon-rhodomycinone to rhodomycin D. (Chem Biol. , 1999)
comment
Blast 15th, id41%, 3e-16, N末60aa余る
Streptomyces peucetius_dpsH(dnmW)
Daunorubicin biosynthesis enzyme
[DoBISCUIT]hypothetical protein

---
[PMID: 9864344](1999)
dpsH::aphII mutantは、有意な量のRHOを蓄積したが、daunorubicin (DNR) or doxorubicin (DXR)はしなかった。(TLC and HPLC analysis)
このmutantでの相補実験もしたがdpsH geneの役割についての明白な結論に到達できなかった。
dpsHはdaunosamine生合成またはRHOへのdaunosamine付着に関連する可能性あり？

---
[PMID: 10631513](1999)
dpsH(dnmW) geneの役割の再評価をしている。
dpsH in-frame mutantは、RHOの蓄積が増える(160-273%)が、DNR(23-34%) and DXR(10-24%)の産生もまだいくらかある。
よってdpsHは、anthracycline glycosides RHOD, DNR and DXRの形成において、重要ではあるが絶対的に必要ではない。これを受けてdpsH→dnmWへ改名している。

DiscussionにdnmQ or dnmWどちらかの欠損は厳しくdTDP-daunosamineの形成を減らす、との記述があるがdTDP-daunosamine量を測定している実験の記載はなく由来不明。
ACC
Q53925
NITE
Actino_00020
PmId
[17227452] Possible involvement of ActVI-ORFA in transcriptional regulation of actVI tailoring-step genes for actinorhodin biosynthesis. (FEMS Microbiol Lett. , 2007)
comment
Blast 40th, id28%, 0.001
Streptomyces coelicolor_ORFA
Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase
[DoBISCUIT]hypothetical protein

actVI-ORFA mutantはactinorhodin産生減少、中間体(S)-DNPAとshunt産物(S)-NHABを蓄積。相補で回復。
また、同じmutantでactVI-ORF1発現量が減少。相補で回復。
よってActVI-ORFAは、post-PKS tailoring enzymeであるactVI-ORF1の発現を通してactinorhodin産生に影響を与えるregulatory roleを持つ可能性あり。

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selected fasta
>hypothetical protein [cyclase]
MSTAADHRTFEKIYAEVQQFYARHIQLMDEGRAEEAALTFTEDASLLSPPKIAEPIRGRL
KLGAGLRKVADELDAEGVRYRRCHTMMSVEPRPDGQVFVRAYVQVIRTRRGGESTLHAMC
VCEDLLAREDGELKVHRRVVTRDDSR
selected fasta
>hypothetical protein [cyclase]
ATGTCGACAGCTGCCGATCACCGGACGTTCGAGAAGATCTACGCCGAGGTGCAGCAGTTC
TACGCCCGCCATATCCAACTGATGGACGAAGGACGGGCGGAAGAGGCCGCCCTGACCTTC
ACCGAGGACGCCTCCCTGCTCTCCCCGCCGAAGATCGCTGAACCGATCCGGGGACGCCTG
AAGCTCGGCGCCGGCCTGCGGAAGGTGGCGGACGAGCTCGACGCGGAAGGGGTGCGCTAC
CGGCGCTGCCACACGATGATGTCGGTGGAACCACGGCCGGACGGCCAGGTGTTCGTCCGG
GCCTACGTACAGGTGATCCGCACCCGGCGCGGTGGCGAGTCGACCCTGCACGCGATGTGC
GTGTGCGAGGACCTGCTCGCCCGTGAGGACGGCGAGCTGAAGGTCCACCGACGGGTGGTG
ACACGTGACGACTCCCGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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