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Stref_00150 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 3193 (=NBRC 13446)
Entry nameSteffimycin
Contig
Start / Stop / Direction13,694 / 14,623 / + [in whole cluster]
13,694 / 14,623 / + [in contig]
Location13694..14623 [in whole cluster]
13694..14623 [in contig]
TypeCDS
Length930 bp (309 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative cyclase/dehydratase
Product (GenBank)aromatase
Gene
Gene (GenBank)stfQ
EC number
Keyword
  • 1st ring
  • unreduced polyketide
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006)
comment
steffimycin生合成gene clusterのクローニング、特徴づけ。
36ORFsが見つかり、そのうち24ORFsを含む26.5 kb領域がおそらくsteffimycin生合成に関連する。

配列解析からの機能推定。
stfQ: Aromatase

stfP,K,S(minmal PKS), stfQ(aromatase), stfY(CYC), stfOI(oxygenase), stfX(?), and stfT(C7 KR) genesを含んでいるpEM4KSEHをS.albusに導入し、異種性にsteffimycin中間体(2-O-demethyl-8-demethoxy-10-deoxysteffimycinone)が形成されることを確認している。
Related Reference
ACC
Q54490
NITE
Nogl_00320
PmId
[9268006] Isolation and characterization of 8-demethoxy steffimycins and generation of 2,8-demethoxy steffimycins in Streptomyces steffisburgensis by the nogalamycin biosynthesis genes. (J Antibiot (Tokyo). , 1997)
comment
Blast 21st, id36%, 1e-46
Streptomyces nogalater_snoaE
SnoaE

steffimycinは非還元polyketideから1st ringを形成し、この非還元に由来するOH基がmethyl化されたC-2 methoxy基を持つ。
steffimycinを産生するS.steffisburgensisにpSYE35(snoD,snoE)を導入すると、C-2の置換基(methoxy基)がなくなる。KR_snoDだけの導入ではそうならない。
ACC
Q02055
NITE
Actino_00210
PmId
[11851466] Genetic Contributions to Understanding Polyketide Synthases. (Chem Rev. , 1997)
comment
Blast 36th, id37%, 4e-43
Streptomyces coelicolor_actVII
Actinorhodin polyketide synthase bifunctional cyclase/dehydratase
[Actino_00210]cyclase/dehydratase(1st ring)

--
[Pubmed登録なし]Engineered Biosynthesis of Novel Polyketides: actVII and actIV Genes Encode Aromatase and Cyclase Enzymes, Respectively. J. Am. Chem. Soc., 1994, 116 (24), pp 10855-10859

act minimal PKS, KR(actIII ), actVII, actIV の様々な組み合わせのrecombinantsによって産生されたpolyketides構造を測定。

minimal PKS = SEK4
minimal PKS + act KR = mutactin
minimal PKS + act KR + actVII = SEK34
minimal PKS + act KR + actVII + actIV = DMAC

ActVII は1st carbocyclic ringの2つのdehydrationsを触媒することを担うaromataseとして機能する。
ActIV は2つめのringを形成するための分子内aldol縮合を触媒するcyclaseである。

ActVII homologsは、gra, fren, tcm, gris生合成clusterにある。
ActIV homologsは、gra, fren, gris生合成clusterにある。

--
[PMID:11851466](1997)
上記PMIDなし論文がRef採用されているレビュー。

ActVII とgra, fren homologsはdidomain aromataseで、9-KRで還元されたC9-OH基を含み、2分子の水を除去をする。
対して、N末だけActVII と似ているmonodomain aromatase_tcmNは、非還元polykeideを合成するPKSのcomponentである。

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selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [aromatase]
MPTLGKDTLQYTATVAAPAPLVFDLVAGLENWPQFHGPSVHAEPLGRRDGAEEFQHWWVI
DDRTVRTWRARWRFDSQALRIGYTYDPAEPAAPAQHGEWTFRRLSDASTEVRVEYELLGD
EGDAALADRELRELVDCVTDAAERHEERRDLVVDFEDPLFVAGAVDDAYTYLYEADKWPE
RIPHVARLVMEERVPNIQFFDMDTTTPDGSAHTTRSVRVCLPGDKIVYKQIQLPKLLTGH
TGHWKFTPTREGFVLGARHTATIKPSALPILGEGTTVLDARKYLRRVLSANSMGNLRLAK
AFAEERAGV
selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [aromatase]
ATGCCGACTCTGGGCAAAGACACACTCCAGTACACAGCGACCGTCGCCGCGCCGGCACCG
CTGGTGTTCGATCTGGTGGCCGGACTGGAGAACTGGCCTCAATTCCACGGCCCCTCGGTG
CATGCCGAACCGCTGGGACGCCGGGACGGGGCCGAGGAGTTCCAGCACTGGTGGGTGATC
GACGACCGGACCGTGCGCACCTGGCGGGCACGCTGGCGTTTCGACAGTCAGGCGCTGCGG
ATCGGCTACACCTACGACCCGGCCGAACCGGCGGCGCCCGCACAGCACGGCGAGTGGACC
TTCCGCCGCCTGTCCGACGCGTCCACCGAAGTGCGGGTGGAGTACGAGCTCCTCGGCGAC
GAAGGTGACGCGGCCCTGGCCGACCGCGAGCTGCGGGAACTCGTGGACTGCGTCACGGAC
GCCGCCGAGCGCCACGAGGAACGCCGGGATCTGGTCGTCGACTTCGAGGACCCCTTGTTC
GTGGCGGGGGCGGTCGACGACGCGTACACCTACCTGTACGAGGCCGACAAGTGGCCGGAA
CGCATCCCTCACGTCGCCCGGCTCGTGATGGAGGAGCGGGTGCCGAACATCCAGTTCTTC
GACATGGACACCACGACGCCGGACGGCTCGGCGCACACCACCCGGTCGGTCCGCGTCTGC
CTGCCCGGCGACAAGATCGTGTACAAGCAGATCCAGCTGCCGAAGCTGCTGACAGGGCAC
ACCGGTCACTGGAAGTTCACGCCGACGCGCGAGGGATTCGTGCTCGGCGCACGGCACACC
GCGACGATCAAGCCCTCGGCGTTGCCGATCCTCGGCGAGGGCACCACGGTCCTGGACGCT
CGCAAGTACCTGCGCCGGGTGCTCAGTGCGAACAGCATGGGCAACCTGCGGCTGGCGAAG
GCGTTCGCCGAGGAGCGCGCCGGTGTCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR005031 Streptomyces cyclase/dehydrase (Family)
[15-117] 2.1e-06 PF03364
PF03364   Polyketide_cyc
IPR023393 START-like domain (Domain)
[9-116] 3.5e-07 G3DSA:3.30.530.20
G3DSA:3.30.530.20   G3DSA:3.30.530.20
SignalP
[1-42] 0.139 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Stref_00140 Stref_00140   Stref_00160 Stref_00160
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