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Stref_00160 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 3193 (=NBRC 13446)
Entry nameSteffimycin
Contig
Start / Stop / Direction14,616 / 15,293 / + [in whole cluster]
14,616 / 15,293 / + [in contig]
Location14616..15293 [in whole cluster]
14616..15293 [in contig]
TypeCDS
Length678 bp (225 aa)
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Category3.2 modification methylation
ProductC-2 O-methyltransferase
Product (GenBank)O-methyl transferase
Gene
Gene (GenBank)stfMI
EC number2.1.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006)
comment
steffimycin生合成gene clusterのクローニング、特徴づけ。
36ORFsが見つかり、そのうち24ORFsを含む26.5 kb領域がおそらくsteffimycin生合成に関連する。

stfMI : O-Methyltransferase

S. albusにおいて
pEM4KSEH(stfMI incomplete) + cosmid Stf2B3 (stfMI incomplete) = compound 1
pEM4KSEH(stfMI incomplete) + cosmid Stf3E5(stfMI complete) = compound 3

compound 1 = 2-O-demethyl-8-demethoxy-10-deoxysteffimycinone
compound 3 = 8-demethoxy-10-deoxysteffimycinone

よってStfMI は2-O-methylationに関与するかもしれない。
Related Reference
ACC
Q9KHK8
NITE
Enter_00070
PmId
[11893195] Mutational analysis of the enterocin favorskii biosynthetic rearrangement. (Org Lett. , 2002)
[15505225] EncM, a versatile enterocin biosynthetic enzyme involved in Favorskii oxidative rearrangement, aldol condensation, and heterocycle-forming reactions. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2004)
comment
Blast 12th, id40%, 2e-40
Streptomyces maritimus_encK
Putative O-methyl transferase EncK

---
[PMID: 11893195](2002) abstract
S.maritimusのenterocin生合成に関わるencMおよびencKの解析。
どちらのmutantもenterocin産生が停止し、nonrearranged-、nonmethylated polyketideが蓄積。

これまでは、EncMがFavorskii-like rearrangement、EncKがO-methylationを触媒していると考えられていたが、どちらのproductもFavorskii-like rearrangementに関与していることが示された。
特に、EncMについては、その役割から"favorskiiase"とも呼ばれるようである。

---
[PMID: 15505225](2004)
Favorskii-like rearrangementに関与するのがEncM単独であるとわかったのでEncKについて再検討したところ、発酵条件が影響していたことが判明。

異種性に発現したencABCLMN/encDでFavorskii-like rearrangement済のdesmethyl-5-deoxyenterocinを検出。encABCLMN/encDKで5-deoxyenterocinを検出。

よってEncKは desmethyl-5-deoxyenterocin → 5-deoxyenterocinを担う。
このメチル化はenterocin生合成において最後から2番目のステップである。

pyrone環を持っているbicyclic polyketidesはvivoでメチル化されないので、EncKはenterocinのpyrone環のために特異的であるようだ。

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selected fasta
>C-2 O-methyltransferase [O-methyl transferase]
MSDQRETGPTQDQILTGTATYTRRVLSLYDTLVLGVVCRRVWQCDRAEMLAGYDRNIAER
HVDLGPGTGFFLDRCRHRTPRPRIALVDLNPLVLKKAATRLRRFAPATYQRDVLSPFELG
GERYESAGLNFLLHCLPGGMAHKARVFDHVRAHVVPGGRIFGSTVLAEGVPHGKRAYKLL
DSLNEKGTFDNRGDTLSGLEAELDARFTEYRLTVRGSVALFEARA
selected fasta
>C-2 O-methyltransferase [O-methyl transferase]
GTGTCTGACCAGCGGGAGACCGGCCCCACCCAGGACCAGATCCTCACCGGAACGGCGACC
TACACCCGCCGGGTGCTGTCCCTCTACGACACGCTCGTGCTCGGCGTCGTCTGCCGACGG
GTGTGGCAGTGCGACCGCGCGGAGATGCTGGCCGGGTACGACCGCAACATCGCCGAGCGG
CACGTCGACCTCGGCCCGGGAACCGGCTTCTTCCTCGACCGGTGCCGGCACCGGACGCCC
CGGCCTCGCATCGCCCTGGTGGATCTCAATCCGCTGGTGCTCAAGAAGGCGGCCACCCGT
CTGCGGCGGTTCGCTCCCGCCACCTACCAGCGCGACGTGCTCTCTCCGTTCGAACTCGGC
GGAGAGCGGTACGAGTCCGCCGGCCTGAACTTCCTCCTGCACTGTCTGCCGGGCGGAATG
GCCCACAAGGCCAGGGTGTTCGACCATGTGCGCGCCCATGTGGTGCCGGGTGGCCGGATC
TTCGGCAGCACGGTCCTGGCCGAGGGGGTTCCGCACGGCAAGCGGGCGTACAAGCTTCTG
GACTCGCTCAACGAGAAGGGGACTTTCGACAACCGCGGCGACACGCTCAGCGGGCTGGAA
GCCGAACTCGACGCCCGCTTCACCGAGTACCGGCTGACGGTGCGCGGGTCGGTGGCCCTC
TTCGAGGCGCGTGCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR013217 Methyltransferase type 12 (Domain)
[62-160] 1.2e-07 PF08242
PF08242   Methyltransf_12
IPR016584 S-adenosyl-L-methionine dependent methyltransferase, YbcY, predicted (Family)
[1-225] 5.50001754266469e-60 PIRSF011491
PIRSF011491   Mtase_YbcY_prd
SignalP
[1-35] 0.156 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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