Strply_00160 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces lydicus
Strain	NRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry name	Streptolydigin
Contig	FN433113
Start / Stop / Direction	19,279 / 20,601 / + [in whole cluster] 19,279 / 20,601 / + [in contig]
Location	19279..20601 [in whole cluster] 19279..20601 [in contig]
Type	CDS
Length	1,323 bp (440 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative glutamate synthase
Product (GenBank)	ferredoxin-dependent glutamate synthase
Gene
Gene (GenBank)	slgE3
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC D1GLU4 PmId [19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009) [21665968] Amino acid precursor supply in the biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin by Streptomyces lydicus. (J Bacteriol. , 2011) comment [PMID:19875077] streptolydigin生合成gene clusterの報告。上流ORFの挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域に含まれることが示されている。 SlgE1, SlgE2, SlgE3は、NRPSの基質であるbeta-methylaspartic acidの生合成に関与すると考えられ、SlgE3は、一次代謝で誘導された2-oxoglutarateとglutamineからglutamic acidを特異的に供給していると示唆。SlgE3の酵素学的な実験はされていない。 [PMID:21665968] SlgE3はglutamine と2-oxoglutarateからglutamateの生合成を行うferredoxin-dependent glutamatesynthase。 slgE3 不活性化株、slgE3過剰発現株を作製し、glutamic acidの供給による抗生物質生産にferredoxin-dependent glutamatesynthase SlgE3は関与すると示した。不活性化株へのslgE3の導入で合成能が回復した事を見ている。また、slgE3 delete株において生存率にslgE3の欠如が影響しなかったことから、SlgE3の他にchromosome中に存在する3つのhousekeeping glutamatesynthase genesが一次代謝に関与していると示唆した。

Sequence

>putative glutamate synthase [ferredoxin-dependent glutamate synthase]
MTGGSGLSAPGFPEAAVRERARSGTAAAFPPLSGYGHTLLGAAPGAPEAGAPYGTPGELL
ETGRLVPPVFMPRRLEKLIELGREPQHSDVDLTTDIGGFQAPLPLYVSAFGSTRAAGDGL
GTAVGRQAGSLGLPLVIGENVLPVSGYGRPGTASDGGGNAAGLLRRIRAYADELPDGVGG
IAVQQSTEDADAEVWNLVHSDPHVQPLLASGRLAFELKVGQGAKPGLGGMTLVDAAEADR
LADRYRVQDTLGEKGDVLRCSAPGTVTEEILRQQIRFMRSNYPRVRVWVKLFPGRDVDRA
AAVAWQAGADAVTVDGAEGGSGWAPHAFLDGVGLPLGECLRRIAAGPHPLLVSGRMWEGG
RVARSLALGARAAGLGRAALLAADEDPDRGLIRLTACLELELRLLVSALGKYAAAELAPE
DLWPQPAAERRPDPTTREPS

>putative glutamate synthase [ferredoxin-dependent glutamate synthase]
GTGACCGGCGGCAGCGGGCTGTCTGCCCCGGGGTTCCCCGAGGCAGCGGTGCGCGAGCGG
GCACGTTCGGGCACCGCCGCGGCCTTCCCGCCGCTCTCCGGCTACGGGCACACGCTGCTC
GGCGCGGCCCCCGGCGCACCCGAGGCGGGCGCCCCGTACGGCACGCCCGGTGAGCTGCTG
GAGACCGGGCGCCTGGTGCCGCCGGTGTTCATGCCGCGGCGGCTGGAGAAGCTCATCGAG
CTGGGCCGCGAGCCCCAGCACTCCGATGTCGACCTGACCACCGACATCGGCGGCTTCCAG
GCCCCGCTGCCGCTGTACGTCTCGGCGTTCGGCTCGACCCGCGCCGCCGGCGACGGCCTC
GGCACCGCCGTCGGCCGGCAGGCGGGCAGCCTCGGTCTGCCCCTGGTCATCGGGGAGAAC
GTGCTGCCCGTCAGCGGCTACGGACGGCCCGGCACCGCGTCCGACGGCGGCGGGAACGCC
GCCGGCCTGCTGCGCCGCATCCGCGCGTACGCCGACGAACTGCCCGACGGCGTCGGCGGC
ATCGCCGTGCAGCAGAGCACCGAGGACGCCGACGCCGAGGTGTGGAACCTGGTGCACAGC
GACCCGCACGTCCAGCCGCTGCTGGCGTCCGGGCGGCTGGCCTTCGAGCTCAAGGTCGGC
CAGGGCGCCAAACCGGGCCTGGGCGGGATGACCCTGGTGGACGCGGCGGAGGCGGACCGG
CTGGCCGATCGCTACCGGGTGCAGGACACCCTCGGCGAGAAGGGCGACGTGCTGCGCTGC
AGTGCGCCGGGCACCGTCACCGAGGAGATCCTGCGCCAGCAGATCCGCTTCATGCGCAGC
AACTATCCGCGGGTCCGGGTGTGGGTGAAGCTCTTCCCGGGCCGGGACGTGGACCGGGCC
GCGGCGGTGGCGTGGCAGGCCGGTGCCGACGCGGTGACCGTCGACGGCGCCGAGGGCGGC
TCCGGCTGGGCACCGCACGCGTTCCTCGACGGCGTCGGGCTGCCGCTGGGCGAGTGCCTG
CGCCGGATCGCTGCGGGGCCGCACCCGCTGCTGGTCAGCGGGCGGATGTGGGAGGGCGGC
CGGGTGGCCAGGAGCCTGGCCCTGGGCGCCCGCGCGGCCGGTCTGGGCCGGGCCGCGCTG
CTGGCCGCCGACGAGGACCCGGACCGCGGGCTGATCCGGCTGACCGCCTGCCTGGAGCTC
GAACTGCGCCTTCTGGTCAGCGCGTTGGGAAAGTACGCGGCGGCCGAACTGGCCCCGGAG
GACCTGTGGCCGCAGCCGGCCGCCGAGCGGCGGCCGGACCCGACGACGAGGGAGCCCTCG
TGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002932 Glutamate synthase, central-C (Domain) PF01645 Glu_synthase IPR013785 Aldolase-type TIM barrel (Domain) G3DSA:3.20.20.70 Aldolase_TIM
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Strply_00150 Strply_00170