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Strply_00150 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction18,302 / 19,282 / + [in whole cluster]
18,302 / 19,282 / + [in contig]
Location18302..19282 [in whole cluster]
18302..19282 [in contig]
TypeCDS
Length981 bp (326 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative 3-methyl-asparagine synthetase
Product (GenBank)asparaginyl-tRNA synthetase-like
Gene
Gene (GenBank)slgZ
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
[21398531] Biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin in Streptomyces lydicus: tailoring modification of 3-methyl-aspartate. (J Bacteriol. , 2011)
comment
[PMID:19875077]
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

上流ORFの挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域(PKS-NRPS system)に含まれることが示されている。


SlgZは、archaeal asparaginyl-tRNA synthetase-like enzymesと相同性あり。asparaginyl-tRNA synthetasesの触媒中心を保存しているが、N末端のanticodon-binding siteは持っていない。3-methylaspartateのamidationにより3-methylasparagineを産生に関与するかもしれないと推察している。


[PMID:21395831]
tailoring modificationに関与するslgZの欠損株作製。mutant株へのslgZの挿入でstreptolydigin生合成能が回復したことをみている。また、slgZ過剰発現株ではstreptolydigin生合成能が増加したことを確認している。
さらに、slgZの欠損株はstreptolydigine Bを合成したことより、streptolydigin NRPS complexの基質は3-metyl-aspartateの代わりにglutamateを利用していると推測される。
SlgZがaminotransferaseとして機能していると示唆しており、SlgZはasparaginyl-tRNA synthetaseではなく、3-methyl-asparagine synthetaseであると提案している。

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selected fasta
>putative 3-methyl-asparagine synthetase [asparaginyl-tRNA synthetase-like]
MSQLPPSPRKHLDSPRTRAVLRIQQQIVSAARDHLRALGFVELLPPVIGPATDPGGRGAK
QVDVDYYGHRYKLMTSAIMYKQAALLSFDKIFCVAPNVRLEPPETCSTQRHLAEFHQFDV
EIAGAGAQDAMGVAEDLVRAAVRSVTEQLPADLDVLGRDPDAFADLLAQPFDRLTHATAV
AELAVLGHEQNPDAEIDWEGEAMLSRKATRPFFVTSYPKGSRGFYDREDPEVPGTLRNFD
LLAAEGFGELISGAEREFDHARIVTRMRETGENPGKYQHFLEVAREGIPASAGFGIGIER
LTRYVCGLDAVWEATAFPKIPGVVSL
selected fasta
>putative 3-methyl-asparagine synthetase [asparaginyl-tRNA synthetase-like]
ATGAGCCAGCTGCCGCCCTCACCCCGGAAGCACCTCGACAGCCCCCGCACCCGCGCCGTT
CTGCGCATCCAGCAGCAGATCGTCTCCGCGGCCCGCGACCATCTGCGCGCGCTCGGCTTC
GTCGAGCTGCTGCCGCCCGTCATCGGCCCGGCCACCGACCCCGGCGGGCGCGGCGCCAAG
CAGGTCGACGTCGACTACTACGGGCACCGCTACAAGCTGATGACCAGCGCGATCATGTAC
AAGCAGGCTGCGCTGCTGTCCTTCGACAAGATCTTCTGCGTGGCGCCCAACGTCCGTCTG
GAGCCGCCGGAGACCTGCTCGACCCAACGGCACCTCGCCGAATTCCACCAGTTCGACGTG
GAGATCGCGGGCGCCGGCGCGCAGGACGCGATGGGCGTCGCCGAGGACCTCGTCCGTGCC
GCGGTGCGTTCGGTCACCGAGCAGCTGCCCGCGGACCTCGACGTGCTCGGCCGGGACCCG
GACGCCTTCGCCGACCTGCTCGCCCAGCCATTCGACCGCCTCACCCACGCCACGGCGGTC
GCCGAGCTGGCCGTCCTGGGACACGAGCAGAACCCGGACGCGGAGATCGACTGGGAGGGC
GAGGCGATGCTGTCCCGCAAGGCCACCCGCCCGTTCTTCGTCACCAGCTACCCGAAGGGC
TCGCGCGGTTTCTACGACCGCGAGGACCCCGAAGTGCCCGGCACCCTGCGGAACTTCGAC
CTGCTGGCGGCCGAGGGGTTCGGCGAGCTGATCAGCGGTGCGGAGCGGGAGTTCGACCAC
GCGCGGATCGTCACGCGGATGCGGGAGACCGGCGAGAACCCCGGCAAGTACCAGCACTTC
CTGGAGGTGGCCCGGGAGGGCATTCCGGCCAGTGCCGGGTTCGGCATCGGCATCGAGCGC
CTGACCCGCTACGTGTGCGGCCTGGACGCGGTCTGGGAGGCCACCGCGTTCCCGAAGATC
CCCGGCGTGGTGTCGTTGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR004364 Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) (Domain)
[11-320] 7.10000000000008e-54 PF00152
PF00152   tRNA-synt_2
IPR006195 Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (Domain)
[21-318] PS50862
PS50862   AA_TRNA_LIGASE_II
SignalP
[1-30] 0.396 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
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