Strply_00260 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces lydicus
Strain	NRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry name	Streptolydigin
Contig	FN433113
Start / Stop / Direction	34,136 / 32,589 / - [in whole cluster] 34,136 / 32,589 / - [in contig]
Location	complement(32589..34136) [in whole cluster] complement(32589..34136) [in contig]
Type	CDS
Length	1,548 bp (515 aa)

Annotation

Category	5.4 hypothetical protein
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	putative ent-copalyl diphosphate synthase
Gene
Gene (GenBank)	slgX
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC D1GLV4 PmId [19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009) comment streptolydigin生合成gene clusterの報告。 ent-copalyl diphosphate synthase(Streptomyces sp. KO-3988)や terpene cyclasesと相同性を示す。 2価金属イオンをキレート化し基質結合をするために必要なisoprenoid cyclasesのモチーフを欠いている。また、slgX不活性株は、streptolydigin生産量はWTと同等量であったことから、streptolydigin生合成には関与していないとしている。
Related Reference	ACC Q5KSN5 PmId [15712669] Presence of copalyl diphosphate synthase gene in an actinomycete possessing the mevalonate pathway. (J Antibiot (Tokyo). , 2004) comment Streptomyces sp. KO-3988 Ent-copalyl diphosphate synthase(ent-cdps) mevalonate pathway geneを解析。本ORFと相同性を示すORF2の解析をしている。本文中では、isoprenoid Cyclaseとしている。 2価金属イオンをキレート化し基質結合をするために必要なモチーフはDXDD motifを保存。過剰発現株を作製し、ORF2にはdiphosphate groupが含まれていることがわかった。 NMRにより構造決定、得られた構造からanti-copalyl diphosphateあるいはそのenantiomerであるent-copalyl diphosphateが提案された。アミノ酸配列からはどちらか判別不可。

Sequence

>hypothetical protein [putative ent-copalyl diphosphate synthase]
MNQPTAQDLHPLITALVHDVRRDPTGALGPSVYETARLTALAPWLPGHAARIAFLLDEQN
PDGSWAGPDGYALVPTLSAVQALLALLGRDGSAALPVPREAVASAAVRGLTAAAAVLAKS
EQCAVPPTVVYFMIIPALVEDINARLAAPPPGLPGTALRPLPLPHGMTDAVLRSLRTDAW
RNPLAGHYLEIVGPVAVNAREMQPVDGAVGCSAAATAAWLGPDEPTDPDHPSVRFLTATQ
ARLGGPVPAMTSLTYYERAWILGNLATAGAPVELLAPLAEGLPPDVGRSGAPTAPGFAYE
AETSAIVLTALAHLDAPEEPHYLWQYDAGSHFMSTLPEHQPSNTTNAHVLEALGGYAEQH
PADAARYRDAVTRIARWLGERQQPDGSWSDKWHASPLFATARCVLALHRHAGAQSAETVR
RAVRWVLRNQHDDGSWGHWGGTAEETAYAVRILLDTRAEGDQEAVRAALRGRDHLLRHGP
GDRHPPLWIGKELYTPAHIVRAAVLGALLAAQRLD

>hypothetical protein [putative ent-copalyl diphosphate synthase]
GTGAACCAGCCCACCGCACAGGACCTCCATCCGCTGATCACCGCGCTGGTGCACGACGTC
CGCCGGGATCCGACGGGCGCGCTGGGCCCCTCCGTCTACGAGACGGCCCGGCTGACCGCG
CTGGCCCCCTGGCTCCCGGGCCACGCGGCGCGGATCGCCTTCCTCCTCGACGAGCAGAAC
CCGGACGGCAGTTGGGCCGGCCCGGACGGCTATGCGCTGGTCCCCACCCTGAGCGCGGTG
CAGGCCCTGCTGGCCCTCCTCGGCCGGGACGGCTCCGCGGCGTTGCCCGTCCCGAGGGAG
GCCGTCGCCTCCGCCGCCGTACGGGGACTGACCGCCGCGGCCGCGGTACTCGCCAAGAGC
GAGCAGTGCGCGGTGCCGCCCACGGTCGTTTACTTCATGATCATTCCGGCCCTGGTGGAG
GACATCAACGCACGGTTGGCCGCCCCGCCGCCCGGCCTCCCCGGCACCGCCCTGCGCCCG
CTGCCGCTGCCGCACGGCATGACCGACGCCGTACTGCGCAGCCTGCGGACGGACGCCTGG
CGCAACCCGCTGGCCGGCCACTACCTGGAGATCGTCGGGCCGGTCGCGGTCAACGCCCGC
GAAATGCAGCCCGTCGACGGGGCCGTGGGCTGCTCGGCCGCGGCGACCGCGGCCTGGCTC
GGCCCCGACGAACCCACCGACCCGGACCACCCCTCGGTGCGCTTCCTCACCGCCACCCAG
GCCCGGCTCGGCGGACCGGTCCCCGCCATGACCTCGCTGACGTACTACGAACGGGCCTGG
ATCCTGGGCAACCTCGCCACCGCGGGCGCCCCCGTCGAGCTGCTCGCGCCGCTGGCGGAG
GGACTGCCGCCCGACGTCGGACGCTCGGGCGCGCCCACCGCACCGGGGTTCGCCTACGAG
GCCGAGACCAGCGCCATCGTCCTGACGGCGCTCGCCCACCTGGACGCCCCGGAAGAACCC
CACTACCTGTGGCAGTACGACGCGGGCAGCCACTTCATGTCCACCCTCCCGGAACACCAG
CCCTCGAACACCACCAACGCCCACGTCCTCGAAGCGCTCGGCGGCTACGCCGAGCAGCAC
CCCGCCGACGCCGCCCGCTACCGCGACGCGGTCACCCGGATCGCCCGCTGGCTGGGGGAG
CGGCAGCAGCCGGACGGCAGCTGGTCGGACAAGTGGCATGCCTCCCCGCTCTTCGCCACC
GCGCGCTGCGTCCTCGCCCTGCACCGGCATGCCGGCGCGCAGTCCGCCGAAACGGTGCGG
CGGGCCGTCCGCTGGGTGCTGCGCAACCAGCACGACGACGGATCGTGGGGCCACTGGGGC
GGCACCGCGGAGGAGACCGCGTACGCGGTGCGGATCCTCCTGGACACCCGGGCCGAGGGG
GACCAGGAGGCCGTGCGCGCCGCGCTGCGCGGCCGCGACCACCTCCTGCGGCACGGTCCG
GGCGACCGTCATCCGCCCCTGTGGATCGGCAAGGAGCTCTACACCCCCGCCCACATCGTC
CGCGCCGCCGTCCTGGGCGCACTGCTGGCCGCACAGCGGCTCGACTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR008930 Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (Domain) SSF48239 Terp_cyc_toroid
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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