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Strply_00250 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction31,294 / 32,538 / + [in whole cluster]
31,294 / 32,538 / + [in contig]
Location31294..32538 [in whole cluster]
31294..32538 [in contig]
TypeCDS
Length1,245 bp (414 aa)
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Category3.3 modification reduction
Productputative cytochrome P450
Product (GenBank)cytochrome P450
Gene
Gene (GenBank)slgO1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
[22569159] Novel compounds produced by Streptomyces lydicus NRRL 2433 engineered mutants altered in the biosynthesis of streptolydigin. (J Antibiot (Tokyo). , 2012)
comment
[PMID:19875077]
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

上流ORFの挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域(PKS-NRPS system)であることが示されている。

SlgO1,SlgO2はcytochrome P450と相同性あり
O2 binding site、及びC末にheme binding domainを保存していると明記されている。

cytochrome P450によるepoxide groupの導入後、SlgMによるN-メチル化が起こると推測している。

本ORFの機能解析実験はされていない。


[PMID:22569159]
SlgN1, SlgN2, SlgL, SlgO2遺伝子の欠損株を作製し、機能同定を行っている。
本ORF SlgO1の欠損株は作製しておらず、配列の相同性から機能を推定している。

SlgO1は、PimD,OleP(epoxidationに関与するmonooxygenase)と相同性を示す。
また、TrdI,TamI(tetramic acid tirandamycin生合成においてoxidative modificationに関与するcytochromes P450)との相同性はSlgO2よりもよい。
さらに、slgO2の欠損株ではtrdI,tamI欠損株で生産されたようなoxidative modificationを欠いた中間体を生産しない。
以上より、SlgO2がstreptolydigin 二環式ケタール形成のための酸化的反応に関与し、SlgO1がstreptolydigin epoxide moietyに関与すると推測している。
Related Reference
ACC
P33271
PmId
[1732208] Characterization of Saccharopolyspora erythraea cytochrome P-450 genes and enzymes, including 6-deoxyerythronolide B hydroxylase. (J Bacteriol. , 1992)
comment
Saccharopolyspora erythraea_CYP107B1
Cytochrome P450 107B1(EC 1.14.-.-)
orf405に相当するentry.

catalytically active cytochrome P-450 fractionより、majorなものとminorな種類の P-450 を精製し、各々の遺伝子orf405(major) とeryF(minor)の遺伝子をクローニングしている。また、各々の遺伝子をE. coliで発現させて活性を調べ、EryFは6-deoxyerythronolide B hydroxylase activityを持つのに対して、Orf405は6-deoxyerythronolide B hydroxylase activityを持たないこと、EryF, Orf405共に弱いながらも7-ethoxycoumarinのO-dealkylation活性を持つことが示されている。

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selected fasta
>putative cytochrome P450 [cytochrome P450]
MSENPVRSRLRQLDAAFMQDPHSLYAELHGDGPAHQVVLPPDLPVCGGLPVWVVTGYDAV
RAALTDPRLSTDLRRTDPLFAQNAPDSDKRGAFSASLATHMLHSDPPDHTRLRRLVNSVF
TTRAVERFRPDIERLTHQLLDGLPDEGVVDLLDRFAFPLPIAVICLLLGIPPGEEAAFST
WSRALVAGGTSEAAAAASAELTGYLRDLIERKRRAPSGDVLSTLVAARDDEDRLSETELL
SMTFLLLVAGHETTVNTLGNGVFHLMADRDQWEKLLADRSLLPTAVEEFLRIEGPLKHAT
FRCATECVRIGDVDIPAGDFVLLSLASANRDPRRFTRPHDLDVSRATGGHLAFGHGIHHC
LGAPLARLEARIAFDALLQRFPGMELAVAPGELRWRSSTLIRGLRTLPVRLHRA
selected fasta
>putative cytochrome P450 [cytochrome P450]
ATGTCAGAGAACCCGGTCCGCTCACGCCTCCGGCAGCTCGACGCCGCCTTCATGCAGGAC
CCGCATTCCCTCTACGCCGAACTGCACGGCGACGGCCCGGCCCACCAGGTCGTCCTCCCG
CCGGACCTCCCGGTCTGCGGCGGCCTGCCGGTGTGGGTCGTGACCGGCTACGACGCGGTG
CGCGCGGCGCTCACGGACCCCCGGCTCAGCACCGATCTGCGCAGGACGGACCCGCTCTTC
GCGCAGAACGCACCGGACAGCGACAAGCGCGGCGCCTTCTCCGCCTCCCTCGCCACGCAC
ATGCTGCACAGCGACCCACCGGACCACACCAGGCTCCGCCGGCTCGTCAACAGCGTGTTC
ACCACCCGCGCCGTCGAGCGGTTCCGCCCCGACATCGAGCGCCTCACCCATCAACTGCTG
GACGGTCTGCCCGACGAGGGCGTCGTGGACCTCCTGGACCGCTTCGCGTTTCCGCTGCCG
ATCGCGGTGATCTGCCTGCTGCTGGGGATACCGCCCGGGGAGGAGGCAGCCTTCAGTACC
TGGTCCAGGGCGCTGGTCGCCGGTGGCACCTCGGAAGCGGCCGCCGCCGCATCGGCCGAA
CTGACCGGCTATCTGCGCGACCTCATCGAGCGCAAGCGCCGCGCACCGTCCGGCGATGTG
CTGTCCACGCTGGTGGCCGCCCGCGACGACGAGGACCGGCTGAGCGAGACCGAGCTGCTG
TCGATGACGTTTCTGCTGCTGGTCGCCGGCCACGAGACCACCGTCAACACCCTGGGCAAC
GGGGTGTTCCATCTGATGGCGGACCGCGACCAGTGGGAGAAGCTGCTCGCCGACCGGTCG
CTGCTGCCCACCGCGGTGGAGGAATTCCTGCGAATCGAGGGGCCGTTGAAGCACGCCACG
TTCCGCTGCGCCACGGAGTGCGTACGCATCGGTGACGTGGACATCCCCGCCGGGGACTTC
GTGCTGCTGTCGCTGGCCTCCGCCAACCGCGACCCGCGGCGGTTCACCCGGCCGCACGAC
CTGGACGTCTCCCGCGCGACCGGCGGCCACCTGGCGTTCGGGCACGGCATCCACCACTGC
CTGGGCGCGCCGCTGGCCCGGCTGGAGGCCCGGATCGCCTTCGACGCGCTGCTCCAGCGG
TTCCCCGGCATGGAACTGGCCGTCGCACCGGGCGAGTTGCGCTGGCGGTCCAGCACGCTC
ATCCGCGGCCTCCGCACGCTCCCGGTCCGTCTGCACCGCGCGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001128 Cytochrome P450 (Family)
[196-381] 2.5e-22 PF00067
PF00067   p450
[249-266] 1.30000067202732e-05 PR00385 [284-295] 1.30000067202732e-05 PR00385 [351-360] 1.30000067202732e-05 PR00385 [360-371] 1.30000067202732e-05 PR00385
PR00385   P450
[5-413] 6.10002656149838e-104 SSF48264
SSF48264   Cytochrome_P450
[4-412] 5.50000000000008e-118 G3DSA:1.10.630.10
G3DSA:1.10.630.10   Cyt_P450
IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family)
[104-115] 3.39999972437719e-53 PR00359 [150-166] 3.39999972437719e-53 PR00359 [167-182] 3.39999972437719e-53 PR00359 [203-225] 3.39999972437719e-53 PR00359 [284-295] 3.39999972437719e-53 PR00359 [302-329] 3.39999972437719e-53 PR00359 [330-345] 3.39999972437719e-53 PR00359 [351-360] 3.39999972437719e-53 PR00359 [360-371] 3.39999972437719e-53 PR00359
PR00359   BP450
IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site)
[353-362] PS00086
PS00086   CYTOCHROME_P450
SignalP
[1-26] 0.29 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Strply_00240 Strply_00240   Strply_00260 Strply_00260
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