Strply_00320 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces lydicus
Strain	NRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry name	Streptolydigin
Contig	FN433113
Start / Stop / Direction	75,897 / 76,637 / + [in whole cluster] 75,897 / 76,637 / + [in contig]
Location	75897..76637 [in whole cluster] 75897..76637 [in contig]
Type	CDS
Length	741 bp (246 aa)

Annotation

Category	5.4 hypothetical protein
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	putative integral membrane protein
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note	This ORF is not involved in streptolydigin biosynthesis.
Note (GenBank)	ORF3
Reference	ACC D1GLW0 PmId [19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009) comment streptolydigin生合成gene clusterの報告。 ORF1-6は相同性を示すSCO,SAVと同様の機能を果たすと考察している。 ORF3は、Q9K3P8(SCO1100),Q82N04(SAV1499)と相同性を示す。いずれも hypothetical protein。 streptolydigin生合成領域を特定するために、orf2から上流および orf3から下流領域の不活化株を作製。いずれも streotolydiginの生産量が変化しなかった(data not shown)ことから、Orf2から上流およびOrf3から下流領域は streptolydiginの生合成には関与していないと考察している。この領域は、一次代謝やhousekeepingに関与しているのだろうと推測している。本ORFは機能解析実験はされていない。

Sequence

>hypothetical protein [putative integral membrane protein]
MHGPPLVSWLLVLLCTGAGVYCLALAHRAPSGQRAETRGEGLMALGMAAMALPASAVAPP
AWWPWLFTAAFGAAGLWALVRRHLHHAVGAGAMVYMALVMVGPSGAMDHMRHMGGTGPMD
QVSQLDQAHQVGQLGQAGALGSVAHSAPGGLPLLTGLLLAYYTVYVIGAGVRLVPGAASA
VAEPALPEGPVTGGPVTGGPVRHGPVTGGSATRGGPVPAAGAWPAGVLRACRVAMGIGML
AMLLAV

>hypothetical protein [putative integral membrane protein]
GTGCACGGACCGCCGTTGGTCAGCTGGCTGCTGGTGCTGCTGTGTACGGGCGCCGGTGTG
TACTGCCTGGCGCTGGCGCACAGGGCGCCGTCCGGACAGCGGGCGGAGACCCGCGGCGAG
GGGCTGATGGCGCTCGGGATGGCAGCGATGGCGCTGCCGGCGTCCGCGGTGGCCCCGCCG
GCGTGGTGGCCGTGGCTGTTCACCGCGGCCTTCGGGGCCGCGGGCCTGTGGGCACTGGTG
CGACGGCATCTGCATCACGCGGTGGGGGCGGGGGCGATGGTGTACATGGCGCTCGTGATG
GTCGGACCGTCGGGGGCCATGGATCACATGCGTCACATGGGCGGGACCGGCCCCATGGAT
CAGGTGAGCCAGCTCGACCAGGCGCATCAGGTGGGTCAGTTGGGTCAGGCGGGGGCGCTG
GGTTCCGTGGCGCACTCCGCCCCGGGCGGGTTGCCGCTGCTGACGGGGCTGCTGCTCGCC
TATTACACGGTGTACGTCATCGGCGCGGGGGTCCGGCTGGTGCCGGGTGCGGCCTCCGCG
GTGGCCGAGCCGGCGCTGCCCGAGGGGCCGGTGACGGGCGGGCCGGTGACGGGCGGGCCG
GTGAGGCACGGGCCGGTGACGGGCGGATCCGCGACGCGCGGCGGGCCGGTACCGGCCGCG
GGTGCCTGGCCGGCCGGCGTACTGCGCGCGTGCCGGGTGGCGATGGGCATCGGCATGCTG
GCGATGCTGCTGGCCGTGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro	No significant hit
SignalP	Bacteria, Gram-negative Eukaryota Bacteria, Gram-positive
TMHMM	Transmembrane 5

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