Strply_00330 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces lydicus
Strain	NRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry name	Streptolydigin
Contig	FN433113
Start / Stop / Direction	76,841 / 77,776 / + [in whole cluster] 76,841 / 77,776 / + [in contig]
Location	76841..77776 [in whole cluster] 76841..77776 [in contig]
Type	CDS
Length	936 bp (311 aa)

Annotation

Category	5.4 hypothetical protein
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	putative integral membrane protein
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note	It is supposed that this ORF is not involved in streptolydigin biosynthesis.
Note (GenBank)	ORF4
Reference	ACC D1GLW1 PmId [19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009) comment streptolydigin生合成gene clusterの報告。 ORF1-6は相同性を示すSCO,SAVと同様の機能を果たすと考察している。 ORF4は、Q82N03(SAV1500),Q9K3P7(SCO1101)と相同性を示す。いずれもhypothetical protein。 streptolydigin生合成領域を特定するために、orf2から上流およびorf3から下流領域の不活化株を作製。いずれも streotolydiginの生産量が変化しなかった(data not shown)ことから、Orf2から上流およびOrf3から下流領域は streptolydiginの生合成には関与していないと考察している。この領域は、一次代謝やhousekeepingに関与しているのだろうと推測している。本ORFは機能解析実験はされていない。

Sequence

>hypothetical protein [putative integral membrane protein]
MMVPIALMILGVLAAAMAPRLMARSDWPDREPVLALWVWQCVVAGVLLCCVLAMSLSAAA
AWEAVRSPVFGFAPRVVVEAYALNAYGPWAGVLALLLAGGGAWTAVALTREVRAARARRR
QCRADLLRRAPLMPGEEPAGERLVVLESERPEAWWLQRASAQLVITTSALRRLKDRQLDA
LIAHEQGHVRARHDLLLYCSSALASGHPQIRVFAAFRDQVHRLVELAADDAASRRFGRLA
IALALIELNEDRGVFGPCPPQLAEVPARVDRLLAPAPRFTAGRRLRMTAIAALVPAVPLL
VTFIPGLTALT

>hypothetical protein [putative integral membrane protein]
ATGATGGTCCCGATCGCGCTGATGATTCTCGGCGTGCTGGCCGCGGCGATGGCGCCACGG
CTGATGGCCCGTTCGGACTGGCCCGACCGCGAGCCGGTGCTCGCCCTGTGGGTGTGGCAG
TGCGTGGTCGCCGGTGTCCTGCTGTGCTGCGTCCTCGCGATGTCGCTGAGCGCGGCCGCC
GCCTGGGAGGCCGTCCGCAGCCCGGTGTTCGGCTTCGCGCCCCGGGTGGTCGTCGAGGCG
TACGCGCTCAACGCGTACGGGCCGTGGGCCGGAGTGCTGGCCCTCCTCCTCGCGGGCGGT
GGCGCCTGGACGGCCGTCGCGCTGACCCGCGAGGTACGCGCGGCCCGGGCGCGCCGCCGG
CAGTGCCGGGCCGATCTGCTGCGCCGGGCCCCGCTTATGCCGGGCGAGGAGCCCGCCGGG
GAGCGGCTGGTGGTGCTGGAGAGTGAGCGCCCGGAGGCATGGTGGCTGCAGCGTGCCTCG
GCCCAACTGGTCATCACCACCTCGGCGTTGCGACGGCTGAAGGATCGTCAGCTCGATGCG
TTGATCGCCCATGAGCAGGGCCACGTGCGGGCCCGGCACGATCTCCTGCTCTACTGCTCC
TCGGCGCTGGCCTCCGGCCATCCGCAGATCCGCGTCTTCGCCGCCTTCCGCGACCAGGTG
CACCGGCTGGTCGAACTGGCCGCCGACGACGCGGCGTCGCGCCGTTTCGGCCGGCTGGCG
ATAGCCCTGGCGCTGATCGAACTCAACGAGGACCGCGGGGTGTTCGGCCCCTGCCCGCCG
CAACTCGCCGAGGTCCCCGCTCGCGTGGACCGCTTGCTGGCCCCCGCGCCGCGCTTCACC
GCCGGCCGCCGGCTGCGGATGACCGCGATCGCGGCGCTGGTCCCCGCGGTACCGCTGCTG
GTGACGTTCATCCCTGGCCTGACCGCGCTGACGTAA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001915 Peptidase M48 (Family) PF01435 Peptidase_M48
SignalP	Eukaryota Bacteria, Gram-negative Bacteria, Gram-positive
TMHMM	Transmembrane 4

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