Strply_00340 Strply_00340   Strply_00360 Strply_00360

Strply_00350 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction78,477 / 79,205 / + [in whole cluster]
78,477 / 79,205 / + [in contig]
Location78477..79205 [in whole cluster]
78477..79205 [in contig]
TypeCDS
Length729 bp (242 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category5.1 general function
Productputative hydrolase
Product (GenBank)putative hydrolase
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
  • It is supposed that this ORF is not involved in streptolydigin biosynthesis.
Note (GenBank)
  • ORF6
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
comment
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

ORF1-6は相同性を示すSCO,SAVと同様の機能を果たすと考察している。
ORF6は、Q82N01(SAV1502),Q9K3P5(SCO1103)と相同性を示す。いずれもPutative hydrolase。

streptolydigin生合成領域を特定するために、orf2から上流および orf3から下流領域の不活化株を作製。いずれも streotolydiginの生産量が変化しなかった(data not shown)ことから、Orf2から上流およびOrf3から下流領域は streptolydiginの生合成には関与していないと考察している。
この領域は、一次代謝やhousekeepingに関与しているのだろうと推測している。

本ORFは機能解析実験はされていない。
Related Reference
ACC
Q51645
PmId
[1376111] Molecular biology of the 2-haloacid halidohydrolase IVa from Pseudomonas cepacia MBA4. (Biochem J. , 1992)
comment
Burkholderia cepacia(Pseudomonas cepacia)
(S)-2-haloacid dehalogenase 4A (hdl IVa)

2-haloacid halidohydrolase IVaの遺伝子をクローニングしてE. coliで大量発現させ、諸性質を調べている。
Family/Domain
FD
IPR005833
comment
[IPR005833] Haloacid dehydrogenase/epoxide hydrolase (Family)

close this sectionSequence

selected fasta
>putative hydrolase [putative hydrolase]
MMDGMTTTSRMTTIKGVLFDFSGTLLRIESPESWLRAALTATGTEMDEAEIAVRAAELDR
AGALPGGTSPARLPAELAALWEIRDRDARHHRAVYTGLARQVALPQPELYDVLYDRHMTA
EAWHPYPDAAEVLAELHRRGLRIGVLSNIGWDLRPVLRAHGLDRHLDSCVLSYEHGIQKP
DPQLFALACRELGLPPSAVLMVGDDRRADGGATALGCAFLPVDHLPVDLRPDGLRPVLDV
VG
selected fasta
>putative hydrolase [putative hydrolase]
ATGATGGACGGTATGACGACGACCAGCCGTATGACCACGATCAAGGGTGTGCTCTTCGAC
TTCTCCGGGACCCTGCTGCGCATCGAGTCCCCGGAGTCCTGGCTGCGTGCGGCGCTGACC
GCGACCGGTACGGAGATGGACGAGGCCGAGATCGCCGTGCGGGCGGCCGAGCTGGACCGG
GCGGGTGCCCTCCCCGGCGGTACCTCCCCCGCACGGCTGCCCGCCGAGCTGGCCGCGCTG
TGGGAGATCCGCGACCGCGACGCCCGTCACCACCGCGCGGTGTACACCGGCCTGGCCCGC
CAAGTCGCCCTTCCGCAACCGGAGTTGTACGACGTCCTCTATGACCGCCACATGACGGCG
GAGGCATGGCACCCGTACCCGGACGCCGCCGAGGTGCTGGCGGAACTGCACCGGCGCGGC
CTCCGGATCGGCGTGCTCAGCAATATCGGCTGGGATCTGCGGCCGGTACTGCGCGCCCAC
GGCCTCGACCGCCATCTGGACAGCTGTGTGCTCTCCTACGAACACGGGATCCAGAAGCCG
GACCCGCAGCTCTTCGCCCTCGCCTGCCGGGAGTTGGGGCTCCCGCCGTCCGCCGTGCTG
ATGGTCGGCGACGACCGCCGGGCGGATGGCGGGGCCACCGCGCTGGGGTGCGCCTTCCTG
CCGGTCGACCACCTTCCGGTGGACCTCCGCCCGGACGGGCTGCGGCCGGTGCTGGACGTC
GTGGGCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR005833 Haloacid dehalogenase/epoxide hydrolase (Family)
[14-25] 9.59999914716171e-12 PR00413 [136-149] 9.59999914716171e-12 PR00413 [166-182] 9.59999914716171e-12 PR00413 [184-204] 9.59999914716171e-12 PR00413
PR00413   HADHALOGNASE
IPR006402 HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3 (Family)
[112-207] 1.4e-07 TIGR01509
TIGR01509   HAD-SF-IA-v3
IPR006439 HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1 (Family)
[126-209] 4.20000000000001e-07 TIGR01549
TIGR01549   HAD-SF-IA-v1
IPR023214 HAD-like domain (Domain)
[114-221] 4.5e-28 G3DSA:3.40.50.1000
G3DSA:3.40.50.1000   HAD-like_dom
[11-241] 1.99999636034521e-35 SSF56784
SSF56784   HAD-like_dom
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Strply_00340 Strply_00340   Strply_00360 Strply_00360
Page top