Tatmc_00110 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	CK4412
Entry name	Tautomycetin
Contig	DQ983361
Start / Stop / Direction	61,613 / 63,070 / + [in whole cluster] 61,613 / 63,070 / + [in contig]
Location	61613..63070 [in whole cluster] 61613..63070 [in contig]
Type	CDS
Length	1,458 bp (485 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative decarboxylase
Product (GenBank)	TMC biosynthetic enzyme R2
Gene
Gene (GenBank)	tmcK
EC number	4.1.1.-
Keyword	C-3''
Note
Note (GenBank)	decarboxylase; ORF R2
Reference	ACC A4KCE7 PmId [17379718] Isolation of the biosynthetic gene cluster for tautomycetin, a linear polyketide T cell-specific immunomodulator from Streptomyces sp. CK4412. (Microbiology. , 2007) comment tautomycetinの生合成遺伝子クラスターに関する文献。 tmcK: 3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase and related decarboxylases (Pseudomonas aeruginosa) carboxylyase UbiD-like protein (Candida albicans) tmcK自体の機能解析は行われていないが、相同性より、TmcA, TmcBによって生産されたpolyketide moietyに対して修飾するdecarboxylaseではないかと予想している。
Related Reference	ACC C6ZCR8 PmId [19191560] Characterization of the tautomycetin biosynthetic gene cluster from Streptomyces griseochromogenes provides new insight into dialkylmaleic anhydride biosynthesis. (J Nat Prod. , 2009) [20426415] Functional characterization of TtnD and TtnF, unveiling new insights into tautomycetin biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2010) [22339318] Functional characterization of ttnI completing the tailoring steps for tautomycetin biosynthesis in Streptomyces griseochromogenes. (Org Lett. , 2012) comment <Predicted decarboxylase, Streptomyces griseochromogenes, BLAST 1; id=100%> --- [PMID: 19191560](2009) Streptomyces griseochromogenesにおけるTautomycetin Biosynthetic Gene Clusterを同定した文献。 ttnD (485 a.a): UbiD family decarboxylase ttnD自体の機能解析は行われていないが、TmcA, TmcBによって生産されたpolyketide moietyの末端をdiene構造にするためのdecarboxylaseではないかと予想している。 --- [PMID: 20426415](2010) S. griseochromogenesにおいて、putative decarboxylase and dehydratase enzymesをコードするttnD and ttnFを不活化するとtautomycetin(TTN)産生は廃止され、その代り新規類似体が蓄積。 Delta-ttnD mutant SB13013は4つの新規tautomycetin(TTN)類似体TTN D-1, D-2, D-3, D-4を、Delta-ttnF mutant SB13014は新規TTN類似体TTN F-1のみを蓄積した。 TTN F-1はC-1" OH基が残っているが、TTN D-1, D-2, D-3, D-4にはなく、C-1" and C-2"間で二重結合が形成されている。新規TTN類似体はすべてcarboxylic acid部分を所有しており、TtnDはTtnFなしではdecarboxylationできない。以上の結果とC-5 keto基形成に割り当てられたTtnI を含めたTtnD, F, I での後期修飾経路が提唱されている。 TtnDは、最終段階でのC-3"でのdecarboxylationまたはTtnFと協調したdiene中間体形成が割り当てられている。また、新規TTN類似体はすべてtautomycetinの特徴であるprotein phosphatase (PP-1)の選択的抑制作用が減少しており、C2"-C5部分が重大な決定因子となっている。 --- [PMID: 22339318](2012) abstract TtnCがTTN生合成に必須ではないこと、TtnI がC-5 oxidationを触媒すること、TtnFDの既知の知見と組み合わせて後期修飾が TtnF-catalyzed C-1"/C-2" dehydration, TtnD-catalyzed C-3" decarboxylation, and TtnI-catalyzed C-5 oxidationの順であることが示されている。
Related Reference	ACC P0AAB4 PmId [782527] Membrane-associated reactions in ubiquinone biosynthesis in Escherichia coli. 3-Octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase. (Biochim Biophys Acta. , 1976) [11029449] Identification of the ubiD gene on the Escherichia coli chromosome. (J Bacteriol. , 2000) comment <3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase, Escherichia coli, BLAST 199; id=28%> Alternative name(s): Polyprenyl p-hydroxybenzoate decarboxylase Escherichia coliの3-Octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyaseに関する文献。 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyaseを精製し、carboxylyase activityを確認している。活性にはMn2+が必要であること、arboxy-lyase reactionはdithiothreitol と methanolによって強く刺激されることが示されている。(PMID: 782527) yigC遺伝子がubiD mutant strainを相補することより、yigCがubiDであることを示している。(PMID: 11029449)

Sequence

>putative decarboxylase [TMC biosynthetic enzyme R2]
MKRLKDLREYLAVLEAHQDVREIDEPVDPHLEAGAAARWTYENRGPALMLNDLTGTGRFC
RILAAPAGLSTIPGSPLARVALSLGLDVSATAHEIVDSLAAARTREPVAPVVVDSAPCQD
NVLLGDDANLDRFPAPLLHEGDGGPYLNTWGTIIVSTPDGSFTNWAIARVMKIDGKRMTG
TFIPTQHLGQIRKLWDNLGQPMPFAIVQGTEPGIPFVASMPLPDGIEEVGFLGAYFGEPL
ELVRAKTVDLLVPASAEIVIEGHVMPGRTAVEGPMGEYAGYQPRHTSMQPEYVVDAITYR
DDPIWPISVAGEPVDETHTAWGLVTAAEALALLRAAKLPVATAWMPFEAAAHWLIVCLTE
DWRERMPGLSRDGICLRISQVLAATRIEAMMTRVFVLDDDVDPSDQTELAWAIATRVSPA
HGRLVRHGMINPLAGCYSAEERRLGYGPKAVLNGLLPPMAERSRRSSFRHTYPEPVRQRV
IELLA

>putative decarboxylase [TMC biosynthetic enzyme R2]
ATGAAGCGACTCAAGGATCTCCGCGAGTACCTGGCGGTGCTGGAGGCGCACCAGGACGTC
CGGGAGATCGACGAGCCCGTGGACCCGCACCTGGAGGCCGGGGCGGCCGCCCGCTGGACG
TACGAGAATCGCGGTCCGGCCCTGATGTTGAACGACCTGACCGGGACCGGCCGGTTCTGC
CGGATCCTGGCCGCGCCCGCCGGGCTCAGCACCATCCCCGGGTCCCCGCTGGCGCGCGTC
GCGCTCTCGCTCGGGCTGGACGTCTCCGCCACAGCGCACGAGATCGTGGACTCCCTGGCG
GCCGCCCGTACCCGTGAGCCGGTCGCGCCGGTCGTCGTGGACTCGGCGCCGTGTCAGGAC
AACGTGCTGCTCGGCGACGACGCGAACCTCGACCGCTTCCCGGCGCCGCTGCTGCACGAG
GGCGACGGCGGGCCTTATCTCAACACCTGGGGCACGATCATAGTCTCGACCCCCGACGGG
TCGTTCACCAACTGGGCCATCGCCCGGGTGATGAAGATCGACGGCAAACGGATGACGGGT
ACGTTCATCCCGACGCAACACCTCGGGCAGATCCGCAAGTTGTGGGACAACCTCGGGCAG
CCGATGCCGTTCGCCATCGTCCAGGGCACCGAGCCGGGCATCCCGTTCGTCGCGAGCATG
CCGTTGCCCGACGGGATTGAGGAGGTGGGCTTCCTGGGTGCGTACTTCGGCGAGCCGCTG
GAGCTGGTCCGGGCGAAGACCGTCGACCTGCTGGTGCCCGCGAGTGCCGAGATCGTCATC
GAGGGGCACGTCATGCCCGGCCGCACGGCGGTCGAGGGGCCGATGGGTGAGTACGCCGGC
TACCAGCCGCGCCACACCAGCATGCAACCGGAGTACGTGGTCGACGCGATCACCTACCGC
GACGACCCGATCTGGCCCATTTCGGTCGCTGGGGAGCCGGTCGACGAGACACACACCGCG
TGGGGCCTGGTCACGGCGGCCGAGGCGCTGGCCCTGCTGCGCGCCGCGAAGCTGCCAGTC
GCCACGGCGTGGATGCCCTTCGAGGCCGCCGCCCACTGGCTGATCGTGTGTCTTACCGAG
GACTGGCGTGAGCGGATGCCCGGGCTGAGCCGTGACGGCATCTGCTTGCGCATCTCGCAG
GTCCTCGCCGCCACCCGCATCGAGGCCATGATGACGCGCGTCTTCGTGCTCGACGACGAC
GTCGACCCGTCGGACCAGACCGAGCTGGCCTGGGCCATCGCGACCCGGGTGAGTCCCGCA
CACGGTCGCTTGGTCCGTCACGGCATGATCAACCCGCTCGCGGGCTGCTACTCCGCCGAG
GAGCGGCGGCTCGGCTACGGGCCCAAGGCCGTCCTCAACGGGCTCCTGCCGCCGATGGCC
GAGCGCAGCCGGCGCAGTTCCTTCCGCCACACCTACCCCGAGCCGGTGCGGCAGCGGGTC
ATCGAGCTCCTTGCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002830 Carboxylyase-related (Family) PF01977 UbiD TIGR00148 TIGR00148: UbiD family decarboxylases IPR009002 FMN-binding split barrel-related (Domain) SSF50475 FMN-binding split barrel
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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