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Tatmc_00100 : CDS information

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Organism
StrainCK4412
Entry nameTautomycetin
Contig
Start / Stop / Direction60,951 / 61,616 / + [in whole cluster]
60,951 / 61,616 / + [in contig]
Location60951..61616 [in whole cluster]
60951..61616 [in contig]
TypeCDS
Length666 bp (221 aa)
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Category5.1 general function
Productputative decarboxylase
Product (GenBank)TMC biosynthetic enzyme R1
Gene
Gene (GenBank)tmcJ
EC number4.1.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • decarboxylase; ORF R1
Reference
ACC
PmId
[17379718] Isolation of the biosynthetic gene cluster for tautomycetin, a linear polyketide T cell-specific immunomodulator from Streptomyces sp. CK4412. (Microbiology. , 2007)
comment
tautomycetinの生合成遺伝子クラスターに関する文献。

tmcJ:
putative Pad1 protein (Kluyvera cryocrescens)
possible decarboxylase (Salmonella enterica)

tmcJ自体の機能解析は行われていないが、相同性より、TmcA, TmcBによって生産されたpolyketide moietyに対して修飾するdecarboxylaseではないかと予想している。
Related Reference
ACC
C6ZCR9
PmId
[19191560] Characterization of the tautomycetin biosynthetic gene cluster from Streptomyces griseochromogenes provides new insight into dialkylmaleic anhydride biosynthesis. (J Nat Prod. , 2009)
[22339318] Functional characterization of ttnI completing the tailoring steps for tautomycetin biosynthesis in Streptomyces griseochromogenes. (Org Lett. , 2012)
comment
<Type I modular polyketide synthase, BLAST 2; id=100%>

---
[PMID: 19191560](2009)
Streptomyces griseochromogenesにおけるTautomycetin Biosynthetic Gene Clusterを同定した文献。

ttnC (209 a.a): flavoprotein decarboxylase

ttnC自体の機能解析は行われていないが、TmcA, TmcBによって生産されたpolyketide moietyの末端をdiene構造にするためのdecarboxylaseではないかと予想している。

---
[PMID: 22339318](2012) abstract
TtnCがtautomycetin(TTN)生合成に必須ではないこと、TtnI がC-5 oxidationを触媒すること、TtnFDの既知の知見と組み合わせて後期修飾が TtnF-catalyzed C-1"/C-2" dehydration, TtnD-catalyzed C-3" decarboxylation, and TtnI-catalyzed C-5 oxidationの順であることが示されている。
ACC
P33751
PmId
[8181743] PAD1 encodes phenylacrylic acid decarboxylase which confers resistance to cinnamic acid in Saccharomyces cerevisiae. (Gene. , 1994)
comment
<Phenylacrylic acid decarboxylase, Saccharomyces cerevisiae, BLAST 102; id=58%>

Phenylacrylic acid decarboxylase (PAD) activityのないCinnamic acid (CA)-sensitive mutantsを相補する遺伝子としてPAD geneを同定している。遺伝子の配列決定、PAD activity を確認している。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative decarboxylase [TMC biosynthetic enzyme R1]
MGRRPPDGRMTGMRLIVAITGATGAALGVRLLQRLRAVGSVETHLVLSRWSRPTIELETP
FTVAQVRDLADVSYGSADQAAAISSGSFRAAGMVVIPCTMKTLAAIRAGYADDLVTRAAD
VVIKERRRLVLVTRETPLSPIHLENMLELARIGITIMPPMPAYYARPHDLDDVADNFVGR
VLDQFGLETDVVHRWGGLHVSPSGIPVHKLTDEGFLKGTGE
selected fasta
>putative decarboxylase [TMC biosynthetic enzyme R1]
ATGGGGCGGCGGCCTCCGGACGGAAGAATGACCGGCATGCGATTGATCGTTGCCATCACC
GGCGCCACCGGTGCCGCGCTGGGCGTCCGCCTGCTCCAGAGGCTGCGGGCGGTCGGCTCG
GTCGAGACCCATCTCGTGCTGAGCCGGTGGTCGAGGCCCACGATCGAGCTGGAGACGCCG
TTCACCGTGGCGCAGGTACGCGACCTCGCCGACGTGAGCTACGGGTCGGCGGACCAGGCC
GCCGCGATCTCGAGCGGCTCCTTCCGTGCGGCGGGAATGGTTGTGATCCCCTGCACCATG
AAGACGCTCGCGGCGATCCGGGCCGGCTACGCGGACGACCTCGTCACCCGGGCGGCCGAC
GTGGTCATCAAGGAGCGGCGGCGTCTCGTGCTGGTGACGCGGGAGACGCCGCTGTCCCCG
ATCCACCTGGAGAACATGCTCGAGCTGGCCCGCATCGGCATCACGATCATGCCGCCGATG
CCCGCCTACTACGCCCGCCCGCACGACCTCGACGACGTCGCGGACAACTTCGTCGGCCGG
GTCCTCGACCAGTTCGGGCTGGAGACCGACGTCGTGCACCGCTGGGGTGGCCTGCACGTG
AGTCCGTCCGGCATCCCGGTGCACAAGCTGACCGACGAGGGCTTCCTGAAGGGAACAGGT
GAATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003382 Flavoprotein (Domain)
[13-142] 4.29999999999999e-25 PF02441
PF02441   Flavoprotein
[13-198] 2.50000909916183e-61 SSF52507
SSF52507   Flavoprotein
[13-188] 9.9e-75 G3DSA:3.40.50.1950
G3DSA:3.40.50.1950   Flavoprotein
IPR004507 Phenylacrylic acid decarboxylase (Family)
[14-195] 1.5e-75 TIGR00421
TIGR00421   UbiX_pad
SignalP
[1-28] 0.561 Signal
Eukaryota   
TMHMM
[10-32] Transmembrane (o-i)
Transmembrane 1   
Tatmc_00090 Tatmc_00090   Tatmc_00110 Tatmc_00110
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