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Virg_00070 : CDS information

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Organism
StrainMAFF 10-06014
Entry nameVirginiamycin
Contig
Start / Stop / Direction13,581 / 12,187 / - [in whole cluster]
14,796 / 16,190 / + [in contig]
Locationcomplement(12187..13581) [in whole cluster]
14796..16190 [in contig]
TypeCDS
Length1,395 bp (464 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative oxygenase
Product (GenBank)phenylacetyl-CoA dioxygenase
Gene
Gene (GenBank)visG
EC number
Keyword
  • virginiamycin S
  • L-phenylglycine
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[21816878] VisG is essential for biosynthesis of virginiamycin S, a streptogramin type B antibiotic, as a provider of the nonproteinogenic amino acid phenylglycine. (Microbiology. , 2011)
comment
VisG機能解析の報告。

orf7-visFの8ORFsをvirginiae butanolide regulonとして提唱している。

visG欠損株作製により、このORFがvirginiamycin Sの生産に関与することを示した。また、visG欠損株におけるvirginiamycin S生産能は遺伝子の相補またはpheGlyの添加により回復したことから、visGはVS生産におけるpheGly分子の供給に関与していると推定。

VisGによってphenylacetyl-CoAからbenzoylformateへの反応が起こると予測しているが、詳細な反応メカニズムを解明するためのin vitroでの実験が必要とも記述している。
Related Reference
ACC
Q8KLK7
NITE
A4793_00200
PmId
[18004875] Substrate recognition and catalysis by the cofactor-independent dioxygenase DpgC. (Biochemistry. , 2007)
comment
Streptomyces toyocaensis
DpgC

結晶構造解析論文
DpgCはnonproteinogenic amino acid 3,5-dihydroxyphenylglycineの生合成経路に関与する遺伝子。活性化のためのaccessory cofactorsに依存しないoxygenasesに属する酵素。
基質認識と触媒に関与する残基はArg254, Glu299, Glu189。このORFでも全て保存されている。
cofactor-independent dioxygenase DpgCの基質認識と特異性を示した初めての論文だとしている。

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selected fasta
>putative oxygenase [phenylacetyl-CoA dioxygenase]
MPSTLIAGAVPGTTSPHTPDVADTTLTGDFATDRDTATGLLRTLTARITELPTRGERTEH
QQRTADTLHRGARTLRRDFLARHAEQVYTELTDGHTRHLRLDRLAELAADRYPGLVPGRD
LLAADGRLAQRDKEGWEIDLGIFFHAVLDSPRAGSHLLCTMLRPTPDALAALPEYRRTGR
ADLKLATVTRRDGIAHLELCNDAYLNAEDDAAVAALETGTDLVLLDEASRVGVLRGAPMS
HSAYRGRRVFSAGINLTHLYHGEISLLGFFLRREIGYIAKFTRGLCLDGEAGGERWWPQA
DKPWVGAVDSFAIGGGMQILPTLDRVVAADDSWFSLPAMEEGLVPGVANLRLTALTGSRP
ARRIVLWGHRLRAGDPDAALLVDETAPADAMDAAVERAAQHLDNPAVAANRRMMTLGEEP
LDLFRRYMAAYALEQSYRLYSPDLIANLERTWISRRARSGGGLR
selected fasta
>putative oxygenase [phenylacetyl-CoA dioxygenase]
TTGCCTTCCACCCTCATCGCCGGCGCGGTGCCCGGCACCACTTCCCCGCACACCCCGGAC
GTGGCCGACACCACCCTGACCGGCGACTTCGCCACCGACCGCGACACAGCCACCGGCCTG
CTGCGCACGCTCACCGCCCGCATCACCGAACTGCCGACCCGGGGCGAGCGGACCGAGCAC
CAGCAGCGCACCGCCGACACCCTCCACCGGGGCGCCCGCACCCTGCGCCGGGACTTCCTC
GCCCGCCACGCGGAGCAGGTCTACACCGAGCTGACGGACGGCCACACCCGCCACCTCCGC
CTGGACCGGCTCGCCGAACTGGCTGCCGACCGCTACCCGGGGCTGGTGCCCGGCCGCGAC
CTGCTGGCCGCCGACGGCCGGCTCGCCCAGCGCGACAAGGAAGGCTGGGAAATCGACCTC
GGCATCTTCTTCCACGCCGTCCTCGACTCCCCGCGGGCCGGCTCCCACCTGCTGTGCACC
ATGCTGCGGCCCACCCCCGACGCCCTGGCCGCGCTCCCCGAGTACCGCCGCACCGGCCGG
GCCGACCTGAAGCTCGCCACCGTCACCCGCCGCGACGGCATCGCCCACCTAGAGCTGTGC
AACGACGCCTACCTCAACGCCGAGGACGACGCGGCCGTCGCCGCCCTGGAGACCGGCACC
GACCTGGTGCTGCTCGACGAGGCGAGCCGGGTCGGAGTCCTGCGCGGCGCTCCCATGTCG
CACTCCGCCTACCGCGGCCGACGGGTGTTCAGCGCCGGCATCAACCTCACCCACCTCTAC
CACGGCGAGATCTCCCTCCTCGGCTTCTTCCTGCGCCGCGAGATCGGCTACATCGCGAAG
TTCACCCGCGGCCTGTGCCTGGACGGCGAGGCGGGCGGTGAGCGCTGGTGGCCACAGGCG
GACAAGCCGTGGGTGGGCGCCGTCGATTCCTTCGCGATCGGCGGCGGCATGCAGATCCTG
CCCACCCTCGACCGGGTGGTGGCCGCCGACGACTCGTGGTTCAGCCTGCCCGCCATGGAG
GAGGGGCTCGTCCCCGGCGTCGCCAACCTGCGACTCACCGCACTGACAGGCAGCCGGCCC
GCCCGCCGGATCGTCCTGTGGGGCCACCGGCTGCGCGCCGGTGACCCGGACGCGGCACTG
CTCGTCGACGAGACCGCCCCGGCCGACGCCATGGACGCCGCCGTCGAGCGGGCCGCCCAG
CACCTCGACAACCCCGCCGTCGCCGCCAACCGCCGCATGATGACCCTCGGTGAGGAGCCG
CTGGACCTCTTCCGCCGCTACATGGCCGCCTACGCCCTCGAACAGTCCTACCGGCTGTAC
AGCCCGGACCTCATAGCCAACCTGGAGCGGACCTGGATCAGTCGCCGCGCCCGCAGCGGA
GGTGGCCTGCGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001753 Crotonase, core (Domain)
[300-408] 5e-12 PF00378
PF00378   ECH
SignalP
[1-16] 0.51 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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