Virg_00060 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces virginiae
Strain	MAFF 10-06014
Entry name	Virginiamycin
Contig	AB621357
Start / Stop / Direction	12,190 / 11,087 / - [in whole cluster] 16,187 / 17,290 / + [in contig]
Location	complement(11087..12190) [in whole cluster] 16187..17290 [in contig]
Type	CDS
Length	1,104 bp (367 aa)

Annotation

Category	5.1 general function
Product	putative branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 alpha subunit
Product (GenBank)	putative branched-chain alpha keto acid dehydrogenase E1 subunit alpha
Gene	bkdC bkdA
Gene (GenBank)	bkdC
EC number	1.2.4.4
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC G1UHX4 PmId [21816878] VisG is essential for biosynthesis of virginiamycin S, a streptogramin type B antibiotic, as a provider of the nonproteinogenic amino acid phenylglycine. (Microbiology. , 2011) comment VisG機能解析の報告。 orf7-visFの8ORFsをvirginiae butanolide regulonとして提唱している。 branched-chain a-keto acid dehydrogenase (BCDH) complexは、oxidative decarboxylationに関与する。本ORFの並び(Virg_00050)にE1 beta subunit(bkdD)があり、complexは揃っている。 visG欠損とbkdD欠損のdouble mutant はvirginiamycin S生産能が見られなかった(results not shown)。 visG欠損株でもvirginiamycin S生産はみられかったが、virginiamycin Mは生産が確認された。また、この株においてvisG導入でvirginiamycin Mの生産への変化なく、virginiamycin S生産がWTと同等量の発現が見られたことから、bkdDはvirginiamycinsの生合成には関与していないと結論づけている。
Related Reference	ACC Q53592 PmId [8002616] ( , ) comment Streptomyces avermitilis E1-alpha branched-chain alpha keto acid dehydrogenase_bkdA branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase(BCDH) complex BCDH and decarboxylase(E1[ab]), dihydrolipoamide acyltransferase (E2)で構成。論文中ではE1[alpha+beta]+E2だけでも、BCDH活性があることがわかっている。 avermectinのポリケタイド骨格のスターター分子であるS(+)-alpha-methylbutyric acidやisobutyric acidのacyl-coenzyme A formを作るのに必要だとしている。

Sequence

>putative branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 alpha subunit [putative branched-chain alpha keto acid dehydrogenase E1 subunit alpha]
MTVLEAATAAPAPAGPVTAGPVTAAPAAAAPAAAGVPPDRQLLMYRAMVVGRAFNRQATA
FSRQGRLAVYPSSRGQEACQVGSALAVRPTDWLFPTYRESVALLTRGIDPVQVLTLFRGD
QHCGYDPVTEHTAPQCTPLATQCLHAAGLADAARMAGDPIVALAYIGDGATSEGDFHEAL
NYAAVRRAPVVFLVQNNQYAISVPLAKQTAARTLADKAAGYGMPGVRIDGNDVLQVYRAV
HDAAERARAGHGPTLIEAVTYRIDAHTNADDDTRYRPAGEADVWAAQDPVDRLERDLLAA
GVLDRAAADGIAAAADAFAGELSARFSAPPTGDPMQMFRHVYHHLPPHLREQSERLAAEL
AADGQGD

>putative branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 alpha subunit [putative branched-chain alpha keto acid dehydrogenase E1 subunit alpha]
GTGACCGTACTCGAAGCGGCCACCGCCGCCCCGGCCCCTGCCGGTCCGGTCACCGCCGGT
CCGGTCACCGCCGCCCCGGCCGCCGCCGCCCCGGCCGCCGCCGGGGTGCCGCCCGACCGG
CAGCTGCTCATGTACCGGGCCATGGTGGTCGGCCGCGCCTTCAACCGGCAGGCCACCGCC
TTCAGCCGGCAGGGGCGGCTCGCCGTCTACCCCTCCTCCCGCGGCCAAGAAGCCTGCCAA
GTGGGCTCGGCGCTCGCCGTCCGCCCCACCGACTGGCTGTTCCCCACCTACCGGGAGAGC
GTCGCACTGCTCACCCGAGGGATCGACCCGGTGCAGGTGCTCACCCTCTTCCGGGGCGAC
CAGCACTGCGGATACGACCCGGTGACCGAGCACACCGCCCCCCAGTGCACCCCGCTGGCG
ACCCAGTGCCTGCACGCCGCAGGGCTGGCCGACGCCGCCCGCATGGCAGGCGACCCGATC
GTGGCGCTCGCCTACATCGGCGACGGCGCCACCAGCGAGGGCGACTTCCACGAGGCGCTC
AACTACGCCGCCGTCCGCCGCGCCCCCGTCGTCTTCCTGGTCCAGAACAACCAGTACGCG
ATCAGCGTCCCGCTCGCCAAGCAGACCGCGGCCCGCACCCTGGCCGACAAGGCCGCCGGC
TACGGCATGCCCGGAGTGCGGATCGACGGCAACGACGTTCTCCAGGTGTACCGGGCCGTC
CACGACGCCGCCGAACGGGCCCGGGCCGGCCACGGGCCGACCCTGATCGAGGCGGTCACC
TACCGGATCGACGCGCACACCAACGCCGACGACGACACCCGCTACCGCCCCGCCGGGGAG
GCCGACGTCTGGGCCGCCCAGGATCCGGTCGACCGCCTCGAACGGGACCTGCTGGCCGCC
GGGGTGCTCGACCGCGCCGCCGCCGACGGGATCGCCGCGGCCGCCGACGCCTTCGCCGGC
GAACTGAGCGCTCGCTTCTCGGCGCCGCCGACGGGGGACCCGATGCAGATGTTCCGGCAC
GTGTACCACCACCTACCGCCCCACCTGCGCGAGCAGTCGGAGCGGCTGGCAGCCGAACTG
GCCGCGGACGGACAGGGGGACTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001017 Dehydrogenase, E1 component (Domain) PF00676 E1_dh
SignalP	Bacteria, Gram-negative Bacteria, Gram-positive Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Virg_00050 Virg_00070