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Virg_00290 : CDS information

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Organism
StrainMAFF 10-06014
Entry nameVirginiamycin
Contig
Start / Stop / Direction96,333 / 95,518 / - [in whole cluster]
1,586 / 771 / - [in contig]
Locationcomplement(95518..96333) [in whole cluster]
complement(771..1586) [in contig]
TypeCDS
Length816 bp (271 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Producttranscriptional regulator
Product (GenBank)Orf2
GenevmsR
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • SARP family
Note
  • This ORF is involved in both virginiamycin M and virginiamycin S biosynthesis.
Note (GenBank)
  • homolog of DnrI, RedD, ActII-orf2; probable pathway-specific regulator for virginiamycin biosynthesis
Reference
ACC
PmId
[11029453] Identification by gene deletion analysis of a regulator, VmsR, that controls virginiamycin biosynthesis in Streptomyces virginiae. (J Bacteriol. , 2000)
[19332826] Hierarchical control of virginiamycin production in Streptomyces virginiae by three pathway-specific regulators: VmsS, VmsT and VmsR. (Microbiology. , 2009)
comment
[PMID:11029453]
vmsR同定の報告。
orf2＝>vmsRへ名前変更している。

配列の相同性、保存配列からVmsRはStreptomyces antibiotic regulatory protein (SARP) familyに属し、transcriptional activatorとして機能するDNA-binding proteinであるとしている。
in vivoにおいて、VmsRはvirginiamycin M1,virginiamycin Sの生産をpositive制御する。

VmsRの転写がvirginiae butanolide-BarAにより直接制御されるのかまたは、BarBのような他の制御因子を経由した間接的な制御なのかは不明。


[PMID:19332826]
vms genesの転写解析報告。

vmsR欠損株作製。
欠損株における転写解析は、vmsRがvmsS, vmsTをupregulateすることを示した。
vmsS欠損株の解析からは、virginiamycin S structural genes(visB,C,D)の転写量が明らかに減少したことから、これら遺伝子はvmsSを経由したvmsRにより制御をうけていると考察。
また、vmsS,vmsTに非依存でvmsRはvirginiamycin M,virginiamycin S生合成遺伝子の発現に関与する。よって、virginiamycin生合成の生合成遺伝子クラスターの発現は、vmsS,T,Rのthree pathway-specific regulatorsにより階層的に制御されている。

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selected fasta
>transcriptional regulator [Orf2]
MDIDVLGSLTVREGGAPVALTAPKPRQLHAVLAMHADRTVPVPLLIEELWEGRPPRSARN
TLQTYILQLRELIGQALRLAGDAHDAKRVLVTEPDGYRLDTRGGAIDTHEFERRAASGYR
AMAQEDFAAASRRLHDALALWQGPAFAGIRTGALLEMEIRRLEEARLCALDQRIEADLRL
GRHRELVGELTVLASRHRMHESLHRQLMIALHRSGRRAEALAAYQRLRTTLVRDLGLEPS
PALRRLQHSMLASGPEREAVEPAWGQLAPTG
selected fasta
>transcriptional regulator [Orf2]
GTGGACATCGACGTGCTGGGATCGCTGACCGTACGAGAGGGCGGGGCGCCCGTGGCTCTG
ACCGCCCCCAAGCCGCGCCAACTGCACGCCGTCCTGGCGATGCACGCGGACCGGACGGTG
CCGGTGCCGCTTCTGATCGAGGAACTGTGGGAAGGCCGGCCCCCGCGATCGGCCCGCAAC
ACCCTCCAGACCTACATCCTCCAGCTCCGCGAACTGATCGGCCAGGCACTGCGGCTCGCC
GGCGACGCGCACGACGCCAAGCGGGTCCTCGTCACCGAACCCGACGGCTACCGCCTGGAC
ACCAGAGGCGGCGCCATCGACACCCACGAGTTCGAGCGCCGGGCCGCATCCGGCTACCGG
GCCATGGCCCAGGAGGACTTCGCCGCCGCCTCCCGCCGCCTGCACGACGCGCTTGCCCTG
TGGCAGGGGCCGGCCTTCGCGGGCATACGCACCGGCGCGCTGCTCGAGATGGAGATCCGC
CGCCTCGAGGAGGCCCGGCTGTGCGCCCTCGACCAGCGGATCGAGGCCGATCTGCGGCTC
GGCCGGCACCGAGAACTGGTCGGCGAGCTGACCGTTCTGGCGTCCCGTCACCGCATGCAC
GAGTCGCTGCACCGTCAGCTGATGATCGCGCTCCACCGCTCGGGCCGGCGCGCAGAGGCA
CTCGCCGCCTACCAGCGGCTGCGTACGACGCTCGTTCGCGACCTGGGCCTGGAGCCCTCA
CCGGCCCTGCGCCGCCTCCAGCACTCGATGCTCGCGTCCGGCCCGGAGCGGGAGGCCGTC
GAACCGGCCTGGGGGCAACTCGCCCCCACCGGTTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain)
[15-99] 6.29999562859499e-10 SM00862
SM00862   Trans_reg_C
[21-99] 4.5e-17 PF00486
PF00486   Trans_reg_C
IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain)
[106-251] 4.70000000000003e-53 PF03704
PF03704   BTAD
[106-251] 5.40001756046195e-54 SM01043
SM01043   BTAD
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[10-100] 7.90000000000001e-08 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[1-100] 1.59999889349252e-12 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP
[1-30] 0.115 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Virg_00280 Virg_00280   Virg_00300 Virg_00300
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