Actino_00130 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces coelicolor
Strain	A3(2) (=NBRC 15146)
Entry name	Actinorhodin
Contig	M64683
Start / Stop / Direction	12,042 / 11,263 / - [in whole cluster] 972 / 193 / - [in contig]
Location	complement(11263..12042) [in whole cluster] complement(193..972) [in contig]
Type	CDS
Length	780 bp (259 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	TetR family transcriptional repressor
Product (GenBank)
Gene	actII-ORF1 actR
Gene (GenBank)	actII
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	ORF1
Reference	ACC Q53901 PmId [1878971] The act cluster contains regulatory and antibiotic export genes, direct targets for translational control by the bldA tRNA gene of Streptomyces. (Cell. , 1991) [17644591] Investigation of transcription repression and small-molecule responsiveness by TetR-like transcription factors using a heterologous Escherichia coli-based assay. (J Bacteriol. , 2007) [17338074] Initiation of actinorhodin export in Streptomyces coelicolor. (Mol Microbiol. , 2007) [18207163] Crystal structures of the Streptomyces coelicolor TetR-like protein ActR alone and in complex with actinorhodin or the actinorhodin biosynthetic precursor (S)-DNPA. (J Mol Biol. , 2008) [18804114] Ligand recognition by ActR, a TetR-like regulator of actinorhodin export. (J Mol Biol. , 2008) [23073761] A two-step mechanism for the activation of actinorhodin export and resistance in Streptomyces coelicolor. (MBio. , 2012) comment [PMID: 1878971](1991) actinorhodin biosynthetic gene clusterのactII領域の解析論文。 -- [PMID: 17644591](2007) E.coli-based biosensorsを開発し、DNAと小分子リガンドとの相互作用の調査に使用。 ActRはactII-ORF2(actA)の発現を抑制する。 actII-ORF2(actA)のオペレーター_OactはActRと特異的に結合。 ActRはactinorhodinと関連分子と相互作用する。 -- [PMID: 17338074](2007) ActII-ORF1 and ActII-ORF2は、TetR and TetAに似ているので、これらをActR and ActAと呼ぶ。 tetAを抑制するTetRのように、ActRはactAのrepressorである。 actinorhodin生合成経路の中間体である(S)-DNPAと、中間体dihydrokalafunginに関連した分子kalafunginが、特に強力なActR ligandsであり、ActRによる抑制を軽減する。 -- [PMID: 18207163](2008) ActRの構造解析。 -- [PMID: 18804114](2008) abstract ActRは、actinorhodinより(S)-DNPAときつく結合。よってactinorhodin合成の途中の時点で放出の引き金が引かれる。 ActRはリガンド多様性が大きく、それらの結合でDNAからActRが放出されるので、他の抗生物質への抵抗性付与にも関与すると示唆される。 -- [PMID: 23073761](2012) ActII-ORF2 (ActA) and ActII-ORF3 (ActB)はactAB operonを形成し、2つのputative export pumpsをコードする。actAB発現はtranscriptional repressor protein ActRによって調節される。普通のactinorhodin収量を得るにはactAB発現が必要。 actinorhodin生合成経路の3環中間体は生合成初期にactAB発現を十分なレベルで活性化する。これらの結果からactinorhodin export and resistanceのためのtwo-step modelを提唱。 3環中間体はactinorhodin産生初期のactAB発現を誘導して、自己防衛のためのpumpsを確実にする。このactAB発現は維持されず、時間と共に薄れる。その後、主にactinorhodin自身によって高レベル維持のactAB発現を導く。 (actAB発現の活性化は、actinorhodin or 中間体がrepressor ActRに結合することによる抑制の解除による。) actAB発現を活性化する分子を調査するため、変更されたリガンド特性を持つActR T142W mutantを作成、利用している。

Sequence

>TetR family transcriptional repressor
MSRSEEGRPMPEEIPVPPWRRPKKAPPRMPLTQDRIVVTALGILDAEGLDALSMRRLAQE
LKTGHASLYAHVGNRDELLDLVFDIVLTEVEVPEPEPGRWAEQVKEMCRSLRRMFLAHRD
LARIAIDRVPLGPNGMVGMERTMNLLRSGGLHDELAAYGGDLLSTFVTAEALEQSSRNPG
TEQGREQAGVFADQLHGYLKSLPATSFPNLVHLAGPITSLDSDRRFELGLEIIIAGLLAG
AGEAADDQVRTAGSPPAES

>TetR family transcriptional repressor
GTGTCGCGAAGCGAGGAAGGGAGGCCCATGCCCGAGGAGATTCCCGTGCCTCCGTGGCGC
CGGCCGAAGAAGGCGCCGCCGCGCATGCCCCTGACCCAGGACCGGATCGTCGTCACGGCG
CTCGGCATCCTCGACGCCGAGGGACTCGACGCCCTGAGCATGCGGCGGCTCGCGCAGGAG
CTGAAGACCGGACACGCCTCGCTGTACGCGCACGTGGGGAACCGGGACGAGCTGCTCGAC
CTCGTCTTCGACATCGTGCTGACCGAGGTGGAGGTCCCGGAACCGGAACCCGGCCGCTGG
GCGGAGCAGGTCAAGGAGATGTGCCGGTCGCTGCGGAGGATGTTCCTGGCCCACCGGGAC
CTGGCACGGATCGCGATCGACCGGGTGCCGCTGGGACCCAACGGGATGGTGGGGATGGAG
CGCACCATGAACCTGCTGCGCTCCGGGGGCCTGCACGACGAACTCGCCGCCTACGGGGGC
GACCTGCTGTCGACCTTCGTCACGGCGGAGGCCCTGGAGCAGTCGTCCCGCAACCCCGGA
ACGGAACAGGGCCGGGAGCAGGCCGGCGTGTTCGCCGACCAGCTCCACGGCTACCTGAAG
TCACTGCCGGCCACCAGTTTCCCGAACCTGGTCCACCTGGCCGGCCCGATCACCTCGCTC
GACTCCGACCGCCGGTTCGAGCTCGGCCTCGAGATCATCATCGCCGGCCTGCTGGCCGGG
GCCGGCGAGGCCGCGGACGACCAGGTCAGGACGGCAGGATCGCCCCCCGCGGAGTCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001647 DNA-binding HTH domain, TetR-type (Domain) PF00440 TetR_N PS50977 HTH_TETR_2 IPR003012 Tetracycline transcriptional regulator, TetR (Family) PR00400 TETREPRESSOR IPR004111 Tetracycline transcriptional regulator, TetR, C-terminal (Domain) PF02909 TetR_C IPR009057 Homeodomain-like (Domain) G3DSA:1.10.10.60 no description SSF46689 Homeodomain-like IPR011075 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-related, C-terminal (Domain) SSF48498 Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain IPR015893 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-like, C-terminal (Domain) G3DSA:1.10.357.10 no description
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Actino_00120 Actino_00140