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Mith_00020 : CDS information

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Organism
StrainATCC 12956
Entry nameMithramycin
Contig
Start / Stop / Direction3,416 / 4,246 / + [in whole cluster]
3,416 / 4,246 / + [in contig]
Location3416..4246 [in whole cluster]
3416..4246 [in contig]
TypeCDS
Length831 bp (276 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Producttranscriptional activator
Product (GenBank)mithramycin regulator MtmR
Gene
Gene (GenBank)mtmR
EC number
Keyword
  • SARP family
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[9882681] The mithramycin gene cluster of Streptomyces argillaceus contains a positive regulatory gene and two repeated DNA sequences that are located at both ends of the cluster. (J Bacteriol. , 1999)
comment
mithramycin産生株Streptomyces argillaceusの染色体のシークエンスから、orfAとmtmRを同定。
mtmRの推定AA配列はSARP familyに属するpositive regulatorsに似ている。

mtmRの不活化で、mithramycin生合成は完全に廃止される。
よってmtmRはmithramycin生合成に必須である。

mtmRのextra copiesがあるとmithramycin産生は16倍に増えた。
actinorhodin-specific activator ActII-orf4が不活化されたStreptomyces coelicolor JF1 mutantにおいてmtmRを発現すると、actinorhodin産生を回復する。
actinorhodin entire clusterを持つが普通の条件下では発現されていないStreptomyces lividans TK21においてmtmRを発現すると、actinorhodin産生を活性化する。
よって、mtmRはmithramycin生合成のpositive regulatorであると示唆される。

orfAのN末にかかった241bpの配列がmithramycin gene clusterの反対側の端にも見られたことから、このclusterは環状染色体外要素の一部から獲得されたと提唱している。

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selected fasta
>transcriptional activator [mithramycin regulator MtmR]
MSVLGPLRLSVNGVDVTPTAPKQMQVLALMALNEGQVVTASSFVDELWAECPPRSAKTTL
QTYILHLRKLISKAFKDESPVVRDILLTRQGGYLLRLPMAPFDLRQFNEFSTEGRIALSQ
GDPFRGSQLLRKALSFWQGPALVDVPTGSILGPKVRGLQAEHQIALECRIEADLQMGRYD
DAIGDLVTLTAQQPLNENIHDQYMRALHLAGRRSEALGIFHRLRKNLMDDLGLEPSEQVQ
RTQQVILSSASSREDGAARNWWTPWAPDRHHGPSAA
selected fasta
>transcriptional activator [mithramycin regulator MtmR]
ATGTCTGTCCTCGGCCCGTTACGGCTCAGTGTCAACGGCGTCGACGTCACTCCTACCGCG
CCGAAGCAGATGCAGGTTCTCGCGCTCATGGCGCTCAATGAAGGGCAGGTGGTGACGGCG
TCGAGCTTTGTGGACGAGCTGTGGGCGGAGTGTCCACCGCGCAGCGCGAAAACAACCCTG
CAAACGTATATCCTGCATCTTCGAAAGCTCATATCGAAGGCTTTCAAAGACGAGTCGCCA
GTGGTCCGGGATATTCTGCTGACCCGGCAGGGCGGCTATCTCCTGCGGCTGCCCATGGCG
CCCTTCGACCTTCGTCAGTTCAATGAATTCTCGACGGAGGGGAGAATTGCACTTTCTCAG
GGGGATCCGTTCCGGGGATCCCAGTTGCTGCGTAAGGCATTGAGCTTCTGGCAGGGGCCT
GCTTTGGTGGACGTGCCGACCGGATCTATTCTCGGGCCGAAGGTGAGGGGGCTTCAGGCG
GAGCATCAGATCGCACTGGAATGCCGTATCGAAGCCGACCTGCAGATGGGCAGGTACGAC
GACGCCATAGGCGACTTGGTCACGCTGACCGCCCAGCAGCCGCTCAACGAGAACATCCAC
GATCAATACATGCGGGCGCTCCACCTAGCCGGACGCCGATCGGAGGCTCTCGGCATCTTC
CACCGACTCCGGAAGAATTTAATGGACGATCTCGGCCTGGAGCCGTCCGAGCAGGTGCAG
CGCACGCAGCAGGTGATCCTCAGCTCGGCGTCGTCGCGAGAGGACGGCGCCGCCCGGAAC
TGGTGGACCCCCTGGGCGCCGGACCGACATCACGGGCCGAGCGCGGCGTAG

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain)
[13-95] 6.29999562859499e-10 SM00862
SM00862   Trans_reg_C
[17-95] 1e-16 PF00486
PF00486   Trans_reg_C
IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain)
[102-247] 2.1e-40 PF03704
PF03704   BTAD
[102-247] 1.20000117458134e-39 SM01043
SM01043   BTAD
IPR011990 Tetratricopeptide-like helical (Domain)
[112-224] 2.5e-05 G3DSA:1.25.40.10
G3DSA:1.25.40.10   TPR-like_helical
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[19-98] 1.9e-09 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[1-96] 5.69999708783953e-12 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Mith_00010 Mith_00010   Mith_00030 Mith_00030
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