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Oxtet_00140 : CDS information

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Organism
StrainATCC 10970 (=NBRC 12907)
Entry nameOxytetracycline
Contig
Start / Stop / Direction14,855 / 15,628 / + [in whole cluster]
14,855 / 15,628 / + [in contig]
Location14855..15628 [in whole cluster]
14855..15628 [in contig]
TypeCDS
Length774 bp (257 aa)
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Category3.4 other modification
Productcyclase
Product (GenBank)OxyN
GeneoxyN
otcD4
Gene (GenBank)oxyN
EC number
Keyword
  • 2nd and 3rd ring
Note
Note (GenBank)
  • putative second ring cyclase
Reference
ACC
PmId
[16597959] Engineered biosynthesis of a novel amidated polyketide, using the malonamyl-specific initiation module from the oxytetracycline polyketide synthase. (Appl Environ Microbiol. , 2006)
[17631493] Investigation of early tailoring reactions in the oxytetracycline biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2007)
comment
[PMID:16597959](2006)
oxytetracycline gene clusterのシークエンス、配列解析。
resistance genes otrAとotrBの間に全21genesを同定。
わかりやすくするため、gene namesがotc → oxyに変更され、振り直されている。

oxyN (otcD4): Cyclase

DpsYのようなsecond-ring cyclasesに強い配列類似性を示すので、C-5 carbonyl と acidic C-14 methylene の間のaldol縮合をおそらく触媒する。

---
[PMID:17631493](2007)
異種性に6-methylpretetramidを産出するために要求されるoxytetracycline生合成経路由来酵素の最小セットを同定している。

CH999株でamidated decaketide tetracycline骨格を産生するにはOxyABCDJで必要十分であることがわかっている。これに2つのcyclase genes (oxyK and oxyN)を追加したplasmidにすると4環化合物が蓄積された。よって、tetracyclineの4環すべての環化に必要なのはOxyK and OxyNのみ。
Related Reference
ACC
Q9L4U2
NITE
Acla_00250
PmId
[12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003)
comment
Blast 7th, id68%, 2e-95
Streptomyces galilaeus_aknW
Putative cyclase

異種性遺伝子発現によるanthracycline生合成での2nd and 3rd ring cyclizationの研究に焦点を合わせた論文。

cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。

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selected fasta
>cyclase [OxyN]
MRIIDLSTTVDAGRWEVDPVEHEILTPAEGGRHMAEGMRRHHGIDFDPADLPDGELLSLD
TLRLTTHTGTHVDAPSHYGSRARYGTPRHIDQMPLDWFLRPGLKLDLTDEPVGAIGADRI
RRALDEAGRDPRPYDIVLLHTGADRRAGKPEYFTEFAGLDAAATHLLLDFGVRVIGTDAF
SLDAPFGHMIKEYQRTGDRGVLWPAHFVGREREYCQIERLDNLGALPGPDGFLVSCFPFK
IAGAGAGWTRAVAVVEE
selected fasta
>cyclase [OxyN]
ATGCGCATCATCGATCTGTCGACAACCGTGGACGCCGGCCGGTGGGAGGTCGATCCGGTC
GAACACGAAATCCTCACCCCGGCCGAGGGCGGCCGGCACATGGCCGAGGGGATGCGGCGC
CACCACGGCATCGACTTCGACCCCGCCGACCTCCCGGACGGCGAACTGCTGTCCCTCGAC
ACCCTGCGGCTGACCACCCACACCGGCACCCACGTCGACGCCCCGTCGCACTACGGGTCC
CGCGCGCGCTACGGCACGCCGCGCCACATCGACCAGATGCCACTGGACTGGTTTCTGCGG
CCGGGCCTCAAGCTCGACCTTACCGACGAGCCGGTGGGCGCCATCGGAGCCGACCGGATA
CGGCGGGCCCTCGACGAAGCGGGCCGCGACCCGCGTCCGTACGACATCGTGCTGCTGCAC
ACCGGCGCGGACCGGCGGGCCGGAAAGCCGGAGTACTTCACCGAGTTCGCCGGCCTGGAC
GCCGCGGCGACCCACCTGCTGCTCGACTTCGGCGTCCGGGTCATCGGCACCGACGCCTTC
AGCCTCGACGCCCCGTTCGGGCACATGATCAAGGAGTACCAGCGCACCGGCGACCGCGGT
GTGCTGTGGCCCGCCCACTTCGTGGGACGGGAGCGCGAGTACTGCCAGATCGAGCGGCTG
GACAACCTCGGCGCGCTGCCCGGACCGGACGGCTTCTTGGTCTCCTGCTTTCCGTTCAAG
ATCGCGGGAGCGGGGGCGGGGTGGACGCGGGCGGTGGCGGTGGTGGAGGAGTAG

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR007325 Putative cyclase (Family)
[3-185] 1.6e-37 PF04199
PF04199   Cyclase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Oxtet_00130 Oxtet_00130   Oxtet_00150 Oxtet_00150
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