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Madu_00180 : CDS information

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Organism
StrainATCC 39144
Entry nameMaduropeptin
Contig
Start / Stop / Direction30,944 / 32,590 / + [in whole cluster]
30,944 / 32,590 / + [in contig]
Location30944..32590 [in whole cluster]
30944..32590 [in contig]
TypeCDS
Length1,647 bp (548 aa)
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Category3.4 other modification
Product6-methylsalicylic acid--CoA ligase
6-methylsalicylyl-CoA synthetase
Product (GenBank)CoA ligase
Gene
Gene (GenBank)mdpB2
EC number
Keyword
  • 3,6-dimethylsalicylic acid
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17918933] Characterization of the maduropeptin biosynthetic gene cluster from Actinomadura madurae ATCC 39144 supporting a unifying paradigm for enediyne biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2007)
[20718468] Enediyne antitumor antibiotic maduropeptin biosynthesis featuring a C-methyltransferase that acts on a CoA-tethered aromatic substrate. (J Am Chem Soc. , 2010)
comment
[PMID:17918933(2007)]
Maduropeptin生合成遺伝子クラスターの報告

mdpB2: Adenylate Ligase

MdpB,MdpB1,MdpB2が3,6-dimethylsalicylyl-CoA biosynthesisに関与するとしている。MdpB3がenedyine coreへの3,6-dimethylsalicylic acid moietyの付着に関与するとしている。

MdpB2は最後に3,6-dimethylsalicylyl-CoA thioesterを産生するためにfree acidを利用すると推測された。MdpB1ともっともホモロジーが高いのはnaphthoic acid-CoA ligaseとして機能解析されたNcsB2。


[PMID:20718468]
MdpB1,MdpB2の機能解析

in vitroでMdpB1は基質として6-methylsalicylic acidを認識するC-methyltransferase だと同定した。mdpB1を大腸菌にて過剰発現・精製し、6-methylsalicylic acidを合成したことを確認した。実験した全ての条件下でS-adenosyl-L-methionine存在下で6-methylsalicylic acidをメチル化出来なかったことから、提案してきた経路を改変する必要性を認めた。

MdpB2についても大腸菌で発現・精製し、in vitroで予測されたCoA ligase activityを確かめた。ATP or CoA存在下でMdpB2とともに6-methylsalicylic acidをincubateさせると、新規産物が得られた。これは、CoA thioesterと一致した。つまり、MdpB2はMdpB1よりも以前に反応することを示した。

反応速度論的解析より、MdpB2は様々なsalicylic acidsを活性化できる雑多なCoA ligaseであることが判明した。

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selected fasta
>6-methylsalicylic acid--CoA ligase [CoA ligase]
MTSIPRMIPWPAEAAARYRAAGCWLGRPLGEHMWRWADNWGDRVAVVDGDVRLTFRDLAV
RADALARGLAERGLGRGDTVLVQLPNRWDFVVTALACFRLGVAPVMMLPPHREYELTSIG
RHVAAKALIVPDRWRGFDHRALAHRVAAALPEPPLVVVMGGGPHPGDVAGHELILRDGDV
AGRRRWLDERAPDPGDVALFLLSGGTTGVPKLINRTHDDYEYNMRCSAAACGFGPGTVYL
AVLPVGHNFPLASPGVFGALSSGGRAVLLPSPRSDAVFAAIEAERVTTTSAVPAVALAWA
EAAGTTRRDLSSLRHVHVGGSMLSPEVAATIGPALGCRLQQVYGMAEGLICYTRPDAPDE
IAHATQGTPVSPHDELLVVDHDGRPVPAGAIGELLTRGPYTPRGYFGAPVQNRESFTPDG
WYRTGDLVRITAEGNVVVCGRSKDLINRAGEKIAAGEIETLVQELPQVAEAAAVAVPDPA
VGERVCLVVRLHPGHALTLAEVAGALTARGLAAFKIPERLEILDRLPHTPVGKPDKPALR
DLVTAPTR
selected fasta
>6-methylsalicylic acid--CoA ligase [CoA ligase]
ATGACCAGCATTCCGCGCATGATCCCCTGGCCCGCCGAGGCGGCCGCCCGCTACCGGGCG
GCGGGCTGCTGGCTGGGCCGCCCGCTGGGCGAGCACATGTGGCGCTGGGCGGACAACTGG
GGCGACCGGGTCGCCGTGGTCGACGGCGACGTCCGGCTGACGTTCCGCGACCTGGCGGTC
CGGGCCGACGCGCTCGCCCGCGGGCTCGCCGAGCGCGGCCTCGGGCGCGGCGACACCGTC
CTCGTCCAGCTCCCCAACCGCTGGGACTTCGTCGTGACGGCGCTGGCCTGCTTCCGGCTC
GGCGTCGCGCCGGTCATGATGCTGCCGCCGCACCGCGAGTACGAGCTGACCTCCATCGGA
CGGCACGTCGCGGCCAAGGCGCTGATCGTCCCCGACCGGTGGCGCGGCTTCGACCACCGG
GCGCTCGCGCACCGGGTCGCCGCCGCGCTGCCGGAGCCGCCGCTGGTGGTGGTCATGGGC
GGCGGCCCGCACCCCGGGGACGTCGCCGGGCACGAGCTGATCCTGCGGGACGGCGACGTC
GCCGGGCGGCGGCGCTGGCTGGACGAGCGGGCGCCCGATCCGGGCGACGTGGCGCTGTTC
CTGCTGTCGGGCGGCACCACGGGCGTGCCCAAGCTCATCAACCGGACGCACGACGACTAC
GAGTATAACATGCGGTGCAGCGCCGCGGCCTGCGGTTTCGGCCCCGGCACCGTCTACCTG
GCGGTACTGCCGGTCGGGCACAACTTCCCGCTGGCCAGCCCGGGGGTGTTCGGGGCGCTG
TCGTCCGGCGGACGGGCGGTGCTGCTGCCCTCGCCGCGGTCCGACGCGGTCTTCGCCGCG
ATCGAGGCGGAGCGCGTGACGACGACCTCGGCCGTCCCGGCGGTCGCGCTGGCGTGGGCG
GAGGCGGCCGGGACGACCCGGCGCGACCTGTCCAGCCTGCGGCACGTCCACGTCGGCGGC
TCGATGCTGTCGCCCGAGGTGGCCGCGACCATCGGCCCCGCGCTGGGCTGCCGGCTGCAG
CAGGTCTACGGCATGGCCGAGGGCCTCATCTGCTACACGCGGCCGGACGCCCCCGACGAG
ATCGCCCACGCGACGCAGGGGACGCCCGTCAGCCCGCACGACGAACTGCTCGTCGTGGAC
CACGACGGCCGTCCCGTCCCGGCCGGCGCGATCGGCGAGCTGCTCACCCGCGGCCCGTAC
ACGCCGCGCGGGTACTTCGGGGCGCCCGTCCAGAACCGCGAGTCGTTCACCCCGGACGGC
TGGTACCGCACCGGCGACCTGGTGCGGATCACCGCCGAGGGGAACGTCGTGGTGTGCGGG
CGCAGCAAGGACCTGATCAACCGGGCCGGGGAGAAGATCGCCGCCGGTGAGATCGAGACC
CTGGTCCAGGAGCTGCCGCAGGTGGCCGAGGCCGCCGCGGTGGCGGTGCCGGACCCGGCC
GTCGGCGAGCGGGTCTGCCTGGTCGTCCGGCTGCACCCCGGGCACGCCCTGACGCTGGCG
GAAGTGGCCGGAGCGCTCACCGCGCGCGGCCTCGCCGCCTTCAAGATCCCCGAGCGCCTG
GAGATCCTGGACCGGCTCCCGCACACGCCCGTCGGCAAGCCCGACAAGCCGGCGCTCCGC
GACCTCGTCACCGCCCCGACCCGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000873 AMP-dependent synthetase/ligase (Domain)
[54-472] 4.89999999999996e-92 PF00501
PF00501   AMP-binding
IPR020845 AMP-binding, conserved site (Conserved_site)
[200-211] PS00455
PS00455   AMP_BINDING
IPR025110 Domain of unknown function DUF4009 (Domain)
[514-543] 5e-05 PF13193
PF13193   DUF4009
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Madu_00170 Madu_00170   Madu_00190 Madu_00190
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