Madu_00380 Madu_00380   Madu_00400 Madu_00400

Madu_00390 : CDS information

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Organism
StrainATCC 39144
Entry nameMaduropeptin
Contig
Start / Stop / Direction59,561 / 60,574 / + [in whole cluster]
59,561 / 60,574 / + [in contig]
Location59561..60574 [in whole cluster]
59561..60574 [in contig]
TypeCDS
Length1,014 bp (337 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative transcriptional regulator
Product (GenBank)regulatory protein
Gene
Gene (GenBank)mdpR1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17918933] Characterization of the maduropeptin biosynthetic gene cluster from Actinomadura madurae ATCC 39144 supporting a unifying paradigm for enediyne biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2007)
comment
Maduropeptin生合成遺伝子クラスターの報告

mdpR1: Regulatory protein

配列解析から、mdpR1-mdpR4はtransport, regulation, and resistanceに関連すると推定している。MdpR1, MdpR2, MdpR3は、C-1027, Neocarzinostatin clusterにhomolog geneあり。

MdpR1は、StrR family of regulatory proteinsに属すると推測している。
機能解析はされていない。
Related Reference
ACC
Q8GI86
PmId
[12617515] kasT gene of Streptomyces kasugaensis M338-M1 encodes a DNA-binding protein which binds to intergenic region of kasU-kasJ in the kasugamycin biosynthesis gene cluster. (J Antibiot (Tokyo). , 2002)
comment
Streptomyces kasugaensis
Transcriptional regulator protein_kasT

KSM transporter genes (kasKLM)をエンコードするkasKの上流にkasT, kasU, kasJの遺伝子を同定している。kasTについては、中央領域にhelix-turn-helix motif を持ち、fusion protein (Trx-KasT) を使ってDNA結合実験を行ったところ、kasU-kasJ間のintergenic regionへの結合が確認されたことから、KasTは autoregulatorではないがkasugamycin biosynthesis gene cluster特異的なregulatorであると推測している。
ACC
Q8GME5
NITE
C1027_00480
PmId
[19159491] Role of sgcR3 in positive regulation of enediyne antibiotic C-1027 production of Streptomyces globisporus C-1027. (BMC Microbiol. , 2009)
[20551990] Manipulation of pathway regulation in Streptomyces globisporus for overproduction of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (J Antibiot (Tokyo). , 2010)
[21250756] Improvement of the enediyne antitumor antibiotic C-1027 production by manipulating its biosynthetic pathway regulation in Streptomyces globisporus. (J Nat Prod. , 2011)
comment
Streptomyces globisporus
Putative regulatory protein

[PMID:19159491]
C-1027の生合成遺伝子SgcR1。
制御遺伝子として同定されたSgcR1,R2,R3のSgcR3に関しての機能解析。
cross-complementation studyにて、SgcR3がプロモーター領域に直接結合することでsgcR1R2の転写を活性化することを示した。


[PMID:20551990]
SgcR1,SgcR2の機能解析論文。

SgcR1過剰発現株はsgcR1,sgcR2,sgcR3の過剰発現株よりも力価の改善でより効果的であったことから、SgcR1による一つ、あるいは多数の遺伝子の制御がC-1027の生産のボトルネックになっていると予想している。

sgcR1 の過剰発現株では、enedyne生合成メカニズムの早期段階でheptaeneの生産を活性化した。また、sgcR2,sgcR3の過剰発現株で産生したheptaeneの力価はWTより高かったことから、SgcR1,SgcR2,SgcR3はpositiveなregulatorであると同定した。


[PMID:21250756]
C-1027 regulation proteinsの解析

sgcR欠損株においてsgcR1の過剰発現させると、C-1027産生は約7倍に上がったことをみている。

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selected fasta
>putative transcriptional regulator [regulatory protein]
MMSDTEPPREAPPTDTGETGTESNSPALPPVNTVLVDELLPGISPRRAEDPEHIHRLAQT
DSKLPPILVHYPSMRVIDGMHRLKAALLQGKREIDVIFFDGSDDSAFLRAVQENIAHGLP
LSLAERKAAALRIIDTWNDLSDRAIAANTGLSTRTVAQLRKRSTDESPHLNKRRGLDGRM
RPLDHHEGRRRAAEAMTRWPDASLREIARIADVSLGTAHDVRRRLHRGEDPVPSGARPAT
PPVRTVRNDGDLRTPPAEDPILMLQKLARDPALRQTEPGRQLLRLLHSRMATPRDWSALI
VSVPPHCAETAAAVARHCARNWEQMAQLLERRAESPP
selected fasta
>putative transcriptional regulator [regulatory protein]
ATGATGAGTGACACGGAACCCCCCCGAGAGGCACCCCCGACGGACACCGGCGAGACGGGA
ACCGAATCGAATTCGCCTGCTCTGCCGCCCGTTAATACCGTACTCGTCGACGAACTCCTG
CCCGGAATCTCGCCACGGCGCGCCGAGGACCCGGAACACATACATCGGCTCGCCCAAACC
GACTCGAAGCTTCCACCCATCCTGGTCCATTACCCGAGTATGCGCGTCATCGACGGCATG
CATCGCCTGAAGGCCGCCCTTTTACAGGGTAAGCGCGAGATCGACGTGATTTTTTTCGAC
GGCAGCGACGACAGCGCCTTCCTCCGGGCCGTGCAGGAGAACATCGCGCACGGGCTGCCG
TTGTCGCTCGCCGAGCGCAAGGCCGCGGCGCTGCGCATCATCGACACCTGGAACGACCTT
TCGGACCGCGCGATCGCCGCCAACACCGGGCTGTCCACGCGGACCGTCGCCCAGTTGCGG
AAGCGCTCGACCGACGAATCGCCGCACTTGAACAAACGCCGGGGGCTGGACGGCCGCATG
CGGCCACTGGACCATCACGAGGGTCGGCGGCGGGCGGCGGAGGCGATGACCCGGTGGCCC
GACGCCTCGCTCCGGGAGATCGCCAGGATCGCCGACGTCTCGCTGGGCACGGCGCACGAC
GTCCGCCGGCGGCTGCACCGCGGGGAGGACCCGGTGCCGTCCGGCGCCCGGCCCGCGACA
CCCCCCGTCAGGACCGTCCGCAACGATGGCGACCTGCGCACTCCTCCCGCCGAGGACCCC
ATCCTCATGCTCCAGAAGCTCGCCCGGGACCCGGCGCTGCGGCAGACCGAGCCCGGACGC
CAGCTGCTGCGGCTCCTGCACTCGCGCATGGCGACCCCCCGGGACTGGAGCGCCCTCATC
GTCTCGGTCCCCCCGCACTGCGCGGAGACGGCCGCCGCCGTCGCCCGGCACTGCGCCCGC
AACTGGGAGCAGATGGCGCAATTGCTGGAGCGCCGCGCAGAGTCACCGCCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003115 ParB-like nuclease (Domain)
[31-117] 1.59999889349252e-11 SSF110849
SSF110849   ParBc
[32-115] 1.20000117458134e-09 SM00470
SM00470   ParB
[61-115] 4.1e-09 PF02195
PF02195   ParBc
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Madu_00380 Madu_00380   Madu_00400 Madu_00400
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