Madu_00400 : CDS information

Location

Organism	Actinomadura madurae
Strain	ATCC 39144
Entry name	Maduropeptin
Contig	AY271660
Start / Stop / Direction	60,834 / 61,589 / + [in whole cluster] 60,834 / 61,589 / + [in contig]
Location	60834..61589 [in whole cluster] 60834..61589 [in contig]
Type	CDS
Length	756 bp (251 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative AraC family transcriptional regulator
Product (GenBank)	transcription regulatory protein
Gene
Gene (GenBank)	mdpR2
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC B0BLP9 PmId [17918933] Characterization of the maduropeptin biosynthetic gene cluster from Actinomadura madurae ATCC 39144 supporting a unifying paradigm for enediyne biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2007) comment Maduropeptin生合成遺伝子クラスターの報告 mdpR2: Transcription regulatory protein 配列解析から、mdpR1-mdpR4はtransport, regulation, and resistanceに関連すると推定している。MdpR1, MdpR2, MdpR3は、C-1027, Neocarzinostatin clusterにhomolog geneあり。 MdpR2は、AraC-type transcriptional regulatory proteinsに属するとしている。機能解析はされていない。
Related Reference	ACC Q8GME4 NITE C1027_00490 PmId [19159491] Role of sgcR3 in positive regulation of enediyne antibiotic C-1027 production of Streptomyces globisporus C-1027. (BMC Microbiol. , 2009) [20551990] Manipulation of pathway regulation in Streptomyces globisporus for overproduction of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (J Antibiot (Tokyo). , 2010) comment Streptomyces globisporus Putative regulatory protein [PMID:19159491] C-1027の生合成遺伝子SgcR2。制御遺伝子として同定されたSgcR1,R2,R3のSgcR3に関しての機能解析論文。 sgcR3過剰発現株はC-1027の産生能が上がり、sgcR3欠損株はC-1027が産生されなかった。また、sgcR3欠損株の転写解析ではsgcA1やsgcC4のような生合成構造遺伝子だけでなく、制御遺伝子sgcR1,sgcR2の転写量も減少した。 cross-complementation studyにて、sgcR3がsgcR1R2のプロモーター領域に直接結合することでsgcR1とsgcR2の転写を活性化した。 [PMID:20551990] SgcR1,SgcR2の機能解析論文。 sgcR1,sgcR2,sgcR3の過剰発現株を各作製し、これらの株におけるC-1027とheptaene産生の変化および生物活性を見ている。 C-1027の生産にpositive activatorとして機能していることが示された。

Sequence

>putative AraC family transcriptional regulator [transcription regulatory protein]
MDARTTDSIKRVIETIHHNIGEKITIDDMARTAMFSKFHFTRLFQRATGVSPGRFLSAVR
LQEAKRLLLTTELSVTEISHRVGYTSVGTFSSRFKSSVGLSPSAYRELTGYAPHITDAPP
AKGRNASVVHGEIVPPPSDDETGPVFLGLFPDTIPQGNPVRCTVLPRPGRFKLENVPDGC
WYLLAQSVRPGYEEVLGDLPPIVGAHGPITMHGEPVVRLVEVRLRPMQTLDPPVLLALLD
ARRTALHAAAG

>putative AraC family transcriptional regulator [transcription regulatory protein]
ATGGACGCGCGCACGACGGACAGCATTAAGCGGGTCATCGAAACCATTCATCACAATATC
GGGGAGAAGATCACGATCGACGACATGGCCCGCACCGCGATGTTCAGTAAATTCCACTTT
ACCCGACTCTTCCAGCGAGCGACCGGCGTCTCACCAGGAAGATTCCTCTCCGCAGTCCGC
CTGCAGGAGGCGAAACGGCTGCTGCTCACCACGGAACTCAGCGTCACCGAGATCAGCCAC
CGCGTCGGATACACCAGCGTCGGCACCTTCAGTTCCCGTTTCAAGAGCAGCGTGGGCCTT
TCGCCCAGCGCCTATCGCGAGTTGACGGGCTACGCGCCGCACATCACCGACGCGCCCCCG
GCAAAAGGGCGCAACGCCAGCGTGGTGCACGGGGAGATAGTGCCGCCGCCGTCGGACGAC
GAAACCGGCCCGGTCTTTCTGGGGCTGTTTCCCGACACCATCCCGCAGGGGAATCCGGTC
CGCTGCACGGTGCTCCCCCGGCCGGGCCGCTTCAAGCTGGAGAACGTTCCCGACGGCTGC
TGGTACCTGCTCGCCCAGTCGGTCCGGCCGGGCTACGAGGAGGTCCTCGGCGACCTGCCC
CCGATCGTCGGAGCGCACGGGCCCATCACGATGCACGGGGAACCGGTCGTCCGGCTGGTG
GAGGTGCGGCTGCGGCCGATGCAGACGCTGGATCCCCCCGTGCTGCTCGCCCTGCTCGAC
GCGCGGCGCACGGCGCTGCACGCCGCGGCGGGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR009057 Homeodomain-like (Domain) G3DSA:1.10.10.60 Homeodomain-rel SSF46689 Homeodomain_like IPR018060 DNA binding HTH domain, AraC-type (Domain) PS01124 HTH_ARAC_FAMILY_2 SM00342 HTH_ARAC IPR018062 HTH domain AraC-type, conserved site (Conserved_site) PS00041 HTH_ARAC_FAMILY_1 IPR020449 Transcription regulator HTH, AraC- type (Family) PR00032 HTHARAC
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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