Madu_00440 Madu_00440   Madu_00460 Madu_00460

Madu_00450 : CDS information

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Organism
StrainATCC 39144
Entry nameMaduropeptin
Contig
Start / Stop / Direction70,900 / 69,908 / - [in whole cluster]
70,900 / 69,908 / - [in contig]
Locationcomplement(69908..70900) [in whole cluster]
complement(69908..70900) [in contig]
TypeCDS
Length993 bp (330 aa)
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Category5.3 uncharacterized protein (biosynthesis involved)
Producthypothetical protein
Product (GenBank)unknown
GenemdpE5
unbU
Gene (GenBank)mdpE5
EC number
Keyword
  • enediyne core
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17918933] Characterization of the maduropeptin biosynthetic gene cluster from Actinomadura madurae ATCC 39144 supporting a unifying paradigm for enediyne biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2007)
[12536216] A genomics-guided approach for discovering and expressing cryptic metabolic pathways. (Nat Biotechnol. , 2003)
comment
[PMID:17918933]
Maduropeptin生合成遺伝子クラスターの報告

mdpE5: Unknown

12のORFs(MdpE through MdpE11)はenediyne core生合成に関与すると言っている。
機能解析はされていない。

機能解析されているC-1027 SgcE, neocarzinostatin(NCS) NcsEの解析plasmidにmdpE/E5/E6/E10を組み込みC-1027, NCSの合成能を確かめ、相補出来る事を確認している。


[PMID:12536216]
warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)の報告。

awarhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)はactinomyceteにおいて全てのenediyne生合成遺伝子座で保存されているが、機能は未知のままである。enediyne warheadのformation, stabilization, or transport に関与しているのではないかと推測している。

UNBUは、7 or 8のmembrane-spanning alpha helicesを持つ内在性膜蛋白質だと推定している。
MaduropeptinでもMadu_00430-Madu_00470で保存されている。

close this sectionSequence

selected fasta
>hypothetical protein [unknown]
MSETKATPPRHDPKVVTALRNFAMSMSVFNILGYTILGFEQPWTWPFIALATAYTFEALL
EAIGAKVEGRTPRFAGRGFRGVMEFLYPAHITALAMNMLIYVNDRVWVMVFGVLVAVGAK
WVLRAPVRGRMRHYMNPSNFGITAILLLFPWASIAPPYHFTERFDAPVDWLVPVIILSAG
TMLNAKLTGRMWLIMGWLSIYVVQAVVRGWLLDTSIPAALIMMTGVAFVLYTNYMVTDPG
TSPSAPAAQFAFGGGIAIIYGFLTGAGIAYGLFFATALVCLIRGVYLWALHFSNKAREER
ATAEAATHDAAANGRSGAGRPDSGKEVVPA
selected fasta
>hypothetical protein [unknown]
ATGTCCGAGACCAAGGCAACCCCACCGCGTCACGACCCGAAGGTCGTCACGGCGCTGCGC
AACTTCGCCATGTCGATGTCGGTCTTCAACATCCTGGGCTACACGATCCTCGGGTTCGAG
CAGCCGTGGACCTGGCCGTTCATCGCGCTGGCCACCGCGTACACGTTCGAGGCCCTGCTG
GAGGCCATCGGGGCCAAGGTGGAGGGCCGCACCCCCCGCTTCGCGGGCCGCGGCTTCCGC
GGCGTCATGGAGTTCCTCTACCCGGCGCACATCACCGCCCTGGCGATGAACATGCTGATC
TACGTCAATGACCGCGTGTGGGTCATGGTCTTCGGCGTGTTGGTCGCGGTCGGGGCCAAG
TGGGTGCTGCGGGCCCCGGTGCGGGGCCGTATGCGGCACTACATGAACCCGTCGAACTTC
GGCATCACCGCCATCCTGCTGCTGTTCCCGTGGGCCAGCATCGCCCCGCCGTACCACTTC
ACCGAGCGGTTCGACGCCCCCGTCGACTGGCTCGTCCCGGTGATCATCCTGAGCGCGGGC
ACGATGCTCAACGCCAAGCTCACCGGGCGGATGTGGCTGATCATGGGCTGGCTCTCGATC
TACGTCGTCCAGGCCGTGGTCCGCGGCTGGCTGCTGGACACCTCGATCCCGGCGGCACTG
ATCATGATGACCGGCGTCGCGTTCGTCCTCTACACCAACTACATGGTGACCGACCCCGGC
ACCAGCCCGTCGGCGCCGGCCGCGCAGTTCGCCTTCGGCGGCGGCATCGCGATCATCTAC
GGCTTCCTCACCGGGGCGGGCATCGCGTACGGCCTGTTCTTCGCGACGGCGCTCGTCTGC
CTCATCCGCGGCGTCTACCTGTGGGCGCTGCACTTCTCGAACAAGGCGCGCGAGGAACGG
GCGACGGCCGAGGCCGCCACCCACGACGCCGCCGCCAACGGCCGGTCCGGTGCCGGACGG
CCCGACTCCGGCAAGGAGGTCGTGCCCGCATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM
[21-38] Transmembrane (i-o) [43-65] Transmembrane (o-i) [85-102] Transmembrane (i-o) [106-123] Transmembrane (o-i) [136-155] Transmembrane (i-o) [170-189] Transmembrane (o-i) [210-232] Transmembrane (i-o) [252-274] Transmembrane (o-i)
Transmembrane 8   
Madu_00440 Madu_00440   Madu_00460 Madu_00460
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